Период Камакура стал величайшей религиозной эпохой в истории Японии и временем, когда буддизм оказал сильнейшее влияние на все слои населения. Пользуясь покровительством сегунов дома Хёдзё, дзэн пустил глубокие корни на японской почве. Влияние китайской культуры в ранний период носило в основном религиозный и интеллектуальный характер.
В последующую эпоху Асикага, включавшую периоды правления Йосино (1333–1393) и Муромачи (1393–1573), китайское влияние достигло наивысшего уровня. В это время, не без помощи буддийских монахов, стали завязываться торговые отношения со странами континентальной Азии. В отличие от других буддийских школ, испытывавших период упадка, учение дзэн доказало свою живучесть и стало распространяться по всей стране. Великие дзэнские храмы, построенные в период Камакура в Киото и Камакуре, стали центрами религиозной и культурной жизни. Повсеместно возводились и новые монастыри.
Храм Дайтокудзи был основан (1324 г.) ревностным поборником буддизма императором Го-Дайго. Первым настоятелем храма был назначен Миёсё (Дайто Кокуси, 1283–1337), выпестованный наставником Йомиё (Дайо Кокуси), принадлежавшим к суровой китайской секте Янцзи. Каноном секты стал сборник высказываний наставников Дайо и Дайто, которые отличались китайским стилем, характерным для чань-буддизма династии Тянь и школ сунского периода. С момента основания храм Дайтокудзи высоко почитался, и иногда его причисляли к «Пяти горам» дзэнского движения в Киото. Однако позднее его не включили в официальные списки, отведя ему особое положение. О его влиянии на японскую культуру свидетельствуют такие имена, как Иккью, Суке и Кобори Энею.
Еще при жизни первого настоятеля храма Дайтокудзи, Мьёсё, в момент отречения императора Ханадзоно, был основан храм Мьёсиндзи (1335 г.). В качестве монастырских построек служили строения резиденции императора в Киото. Мастер Дайте предложил назначить настоятелем своего любимого ученика Кандзану. После достижения первого сатори последний удалился в уединенную обитель в провинции Дзифу, где занялся дальнейшей практикой. Несмотря на его протесты, он был вынужден принять императорское приглашение. Прибыв в столицу, он установил в храме Мьёсиндзи строгую дисциплину, которая царит там и поныне. Несмотря на размеры храмовых строений, они не отличались роскошью и архитектурными излишествами. Вокруг не было ни садов, ни произведений искусства. В храмовом приделе похоронен основатель одной из самых значимых школ японской философии Нисидо Китаро.
После одинокой смерти низверженного императора Го-Дайго в Йосино победоносный сёгун Асикага Така-удзи воздвиг храм Тэнрюдзи на восточной окраине Киото (1339 г.) в память о покойном и во искупление собственных грехов. Он доверил главенство над храмом самому известному буддийскому монаху того времени — Сосэки (Мусе Кокуси, 1275–1351), который был доверенным лицом покойного императора. Неоспоримые личные достоинства и богатый опыт делали его лучшей кандидатурой для столь высокой и ответственной должности. Будучи уроженцем Исэ, Сосэки стал монахом в возрасте девяти лет. Изучив сутры и тантрические ритуалы, он обладал всем объемом религиозного знания того времени. Он получил печать Просветления от наставника Кэнниси (Буккоку Кокуси, умер в 1314 году), сына императора Го-сага, который еще в юности отказался от мирской жизни и встал на путь просветления. За долгие годы скитаний Сосэки, движимый религиозным рвением, любовью к природе и уединению в горах, посетил множество великих храмов и святилищ. Какое-то время (1334–1336) он возглавлял храм Нандзэндзи.
После назначения на должность настоятеля храма Тэнрюдзи Сосэки становится центральной фигурой буддийского движения в столице. В соавторстве с Гэньё (1269–1352), Сюсином (1321–1388) и своим высокоодаренным учеником Дзэккаем (умер в 1405 году) он составил «Сборник писаний Пяти гор», посвященный исследованиям китайского классического наследия периода Сун и неоконфуцианской философии Чжу Си. Ранее мы уже упоминали о том, какое влияние на китайский буддизм оказали неоконфуцианство и дзэн. Японские монахи более склонялись к метафизике неоконфуцианства, идеи которого они интерпретировали в натуралистическом духе. Благодаря их усилиям китайская философия укоренилась и в Японии.
В Китае восхищение наставником Мусе (Сосэки) не ограничилось сферами искусства и науки. По его совету сёгун снарядил корабль под командованием монаха Са-кугэна для закупки в Китае драгоценностей и потребительских товаров (1342 г.). Это положило начало торговым отношениям, которые благодаря усилиям усердных монахов со временем весьма расширились. В японской истории этот эпизод упомянут в связи с «Тэнрюдзи-бунэ» («кораблем из Тэнрюдзи»).
Имя Мусе ассоциировалось с возведением новых храмов и многими художественными произведениями того времени. По его настоянию сегун обнародовал указ от 1338 года, что привело к построению дзэнских храмов в шестидесяти шести местах — «храмов для умиротворения страны» (анкокудзи). Фактически это стало продолжением древней традиции провинциальных храмов (кокубун-дзи), благодаря которой в эпоху Нара буддизм распространился по всей Японии и обрел популярность среди населения. В то время как наставник Мусе и многие его последователи обладали политическим влиянием и нередко занимали высокое положение при дворе сегуна, провинциальные монастыри привлекали представителей всех сословий.
Японский дзэн достиг высокой степени развития во время долгого правления третьего сегуна Асикага Йоси-мицу (1367–1395). По его приказу в 1383 году был возведен монастырь Сёкокудзи, в качестве филиала Тэн-рюдзи. Первым настоятелем этой обители стал Мьёха — племянник и любимый ученик Мусе, также известный как наставник Фумиё (умер в 1388 году). Согласно новому дзэнскому уложению этот храм был включен в список «Пяти гор» Киото. В 1386 году сёгун официально установил иерархию дзэнских храмов. Превыше двух групп киотских и камакурских монастырей стоит главный храм страны — Нандзэндзи. К концу XIV столетия строительство новых храмов прекратилось, как и остановилось распространение самого дзэнского движения. Провинциальные обители стали получать указания и духовные наставления непосредственно из Киото и Камакуры.
Следует особо отметить два дзэнских храма, основанные в резиденциях сегунов Йосимицу и Йосимаса, причем не столько в силу их религиозной значимости, сколько вследствие несомненной художественной ценности. Оба храма ассоциируются с именем Мусе, и это несмотря на то, что ко времени их возведения наставника уже не было в живых. Дворец Кинкакудзи («Золотой павильон», 1397 г.), в котором Йосимицу провел последние годы своей жизни, после его смерти стал дзэнским храмом Рокуондзи, но именно Мусе почитается его основателем.
Следуя примеру своего великого предшественника, Йосимаса построил на Восточной горе великолепный дворец Хигасияма-доно, причем несмотря на то, что это было время, когда его имущество подверглось жесточайшему истреблению огнем и мечом. После его смерти в 1490 году дворец был перестроен в храм Дзисёдзи. Фактически первым настоятелем стал монах Суимэй, но опять же в качестве основателя монастыря верующие почитают Мусе. Резиденция Тёгудо, в которую удалился сёгун, посвятив последние годы своей жизни аскетической практике, представляет собой старейшую комнату для чаепития, размером, который впоследствии стал стандартом, в четыре с половиной длины коврика в поперечнике (около десяти квадратных футов). Буквально в двух шагах от этого строения Йосимаса воздвиг двухэтажный «Серебряный павильон» — Гинкакудзи. Дворцовый сад, созданный по проекту Сёами, просуществовал с 1450-го по 1530 год. В нем сочетались песок и вода, деревья и скалы. В то время как в других монастырских садах ощущался дух духовности, садово-дворцовый комплекс Гинкакудзи отличался природной гармонией и представлял собой произведение высокого искусства.