Восстание в Семиреченской области возникло значительно позже, чем в остальных областях Туркестана. Предвидев неизбежность восстания, генерал Фольбаум произвел заранее учет всем военным силам и расставил их в тех пунктах, где можно было ожидать восстания. Куропаткин и Фольбаум заранее определили, где в первую очередь должно вспыхнуть восстание, изучили все горные перевалы и ущелья, через которые могли пройти повстанцы. Дальнейшее развертывание стратегического плана сводилось к тому, чтобы, оттеснив восставших к узким горным проходам, истреблять их.
Одновременно с этим предполагалось отобрать возможно больше скота и земли у киргиз, чтобы экономически их ослабить.
Восстание киргиз Пржевальского уезда началось 9 августа, после того как около селения Рыбачьего киргизами Атекинской к Сарыбагишевской волости был захвачен транспорт с оружием. Восстание началось с разгрома конных почтовых станций и русских поселков: оно охватило весь северный берег Иссык-куля, а затем: перекинулось на южный — в селения Тарханы, Барскаун и Гоголевку.
11 августа восстали дунгане села Мариинского. В Пржевальске был срочно организован добровольческий карательный отряд под руководством урядника Овчинникова. Отряд 13 августа вступил в. Мариинку, разгромил дунган и сжег село.
Документы, утверждающие об осаде Пржевальска, не соответствуют действительности: со стороны киргиз не было ни одной попытки напасть на Пржевальск.
Наиболее крупные стычки между русскими войсками и восставшими киргизами произошли близ села Покровского, где было уничтожено киргизское стойбище в составе около 800 юрт, и селения Преображенского, где было убито до 800 киргиз. В Пржевальский уезд были двинуты войска. Киргизы, видя бессмысленность дальнейшей борьбы, двинулись в Китай. Все имущество убитых туземцев по приказанию уездного начальника Иванова было конфисковано; отобрано было имущества на несколько сот тысяч рублей. Из официальных данных видно, что грабеж продолжался с 10 по 25 августа. В самом г. Пржевальске убито до 700 человек киргиз, не принимавших активного участия в восстании.