Сергей Леонидович Рубинштейн родился 18 июня 1889 г. в Одессе. Его родители принадлежали к высокообразованным кругам российской интеллигенции. Содержание большой семьи (у Рубинштейнов было четверо сыновей) требовало от отца огромных усилий. Он был известным, очень популярным адвокатом, имевшим широкий социальный, экономический, юридический кругозор.
Мать Сергея Леонидовича сумела передать сыновьям все лучшее, что несла в себе культура XIX столетия. Сергей, с детства страдавший болезнью сердца, получил свое первое образование в семье – он блестяще знал мировую литературу, очень рано познакомился с русской и западной философией, увлекался математикой, свободно владел тремя европейскими языками, читал на греческом и латинском. Нравственно-этические проблемы, поставленные Л. Н. Толстым, Ф. М. Достоевским, Н. Бердяевым, очень рано стали для него проблемами жизненными.
Напряженный труд подорвал здоровье отца, и Сергей стал духовной, нравственной опорой семьи, помогая матери разрешать свалившиеся на ее плечи жизненные трудности. Проведенное дома детство, судьба семьи, оказавшейся в одиночестве в мелкобуржуазной процветающей среде, затем отказ царя на его прошение учиться в университетах России как лицу еврейского происхождения и вынужденный отъезд в Европу для обучения в университетах Германии – все это наложило отпечаток на его личность. Очень рано он осознал всю серьезность жизни, став старшим в семье, взяв на себя большую ответственность, пережил горечь одиночества, а с ним – привычку самостоятельно справляться с трудностями.
Неизгладимое впечатление на его мировоззрение оказала смерть Л. Толстого, через осмысление которой он подошел к осознанию трагической невозможности построить жизнь по своему замыслу, противоречию этического и реальной жизни.
Мир его философских и научных размышлений не поглотил его, не увел от реалий жизни, которые он также очень рано стал осмыслять не только житейски, но философски, этически.
В двадцать лет он уезжает в Германию, где в университетах Берлина, Фрайбурга и Марбурга с 1909 по 1913 г. изучает философию, социологию, математику, естествознание, а также логику и психологию. Кроме подлинно энциклопедического образования, Сергей Леонидович творчески овладел, чтобы затем блестяще применять на протяжении всей жизни, методом, методологией – «логикой» организации знания, способами его получения. Он научился применять философские конструкты в качестве методологии научного познания. Основным предметом разработки и дискуссий марбургской школы была проблема метода – задача синтеза наук о духе и наук о природе (естественнонаучных знаний, математики, физики и т. д.). Его учителями были крупнейшие представители неокантианства: Герман Коген и Пауль Наторп.
Однако, освоив присущуюимкультуруи искусство мышления, Сергей Леонидович не стал ни последователем своих учителей, ни продолжателем марбургской школы. Досконально овладев гегелевским и кантовским методами, он специально посвятил свою первую кандидатскую (по старым критериям – докторскую) диссертацию проблеме метода («К проблеме метода»), в которой сумел преодолеть рационализм гегелевского мышления, формализм и априоризм Канта и неокантианства и извлечь жемчужину диалектического метода и как философского и как научной методологии. Применив гегелевский метод и концепцию познающего субъекта для преодоления основной формалистической парадигмы марбургской школы, он по-новому поставил проблему методологии познания.