В 1407 году Цонгкхапа основал новую школу тибетского буддизма - Гелугпа, что означает "добродетельные". Это название восходит к строгому образу жизни, который он пропагандировал: сексуальная воздержанность, отказ от алкоголя, мяса, материальных благ и т.п. В течение небольшого промежутка времени к Цонгкхапе присоединилась большая часть практикующих школы Кадампа, а также бывшие приверженцы других школ. Подчёркивая свою самостоятельность по отношению к уже существующим школам, ламы новой школы при совершении ритуалов стали надевать жёлтые шапки, а не красные, как это было принято в старых традициях - Ньингма, Кагью и Сакья. Поэтому их иногда также называют "жёлтошапочниками". В 1409 году Цонгкхапа основал монастырь Ганден недалеко от Лхасы. В последующие 10 лет его ближайшие ученики основали в той же местности монастыри Дрепунг и Сера. Позже эти три монастыря прослыли самыми крупными во всём Тибете (их населяло несколько тысяч монахов), и в конце концов они образовали так называемые "три столпа" - оплот власти линии Гелугпа в центральном Тибете.