Историю ареста Келли живо описывает Чарльз Николл: «Во вторник 30 апреля [1591 г.] около полудня группа чиновников и солдат прибыла к дому Келли, находившемуся в пражском районе „На Слованех“. Им было велено „привести его силою и не вдаваться ни в какие объяснения“. Они явились „большим числом“, неся с собой цепи, кандалы и „пыточные орудия“. Но Келли не оказалось на месте: „он уехал накануне ночью, причем столь секретно, что даже его домашние об этом не знали“. Солдаты довольствовались тем, что учинили в доме погром; они „разбили все двери, прорубили кровати алебардами“ и арестовали слуг; при этом „чрезвычайные меры“ были применены к младшему брату и доверенному лицу хозяина — Томасу Келли. Дом был взят под стражу, лаборатории Келли опечатаны. Все находившиеся в них „эликсиры“ были изъяты; та же участь постигла и некоторые „таблицы“ — по-видимому, стенные панели, на которых были нарисованы загадочные иероглифы. Узнав о бегстве Келли, импера-тор „ругался как сапожник“…» Джоанна Келли и Дайер оказались под домашним арестом, одного из слуг пытали на дыбе.
Причины императорской немилости в точности не известны. Рудольф то ли боялся, что Келли уедет в Англию, то ли был раздражен отсутствием явных результатов Делания. Поговаривали также, что Эдварда Келли перед смертью оклеветал Брагадино ( см. комм. 264); что враги Келли и Рожмберков донесли на него: он якобы порочил императора или даже намеревался отравить его, поднеся яд под видом средства от перебоев сердца.
«Королевский указ, в котором Келли назван преступником, укрывающимся от правосудия, подписан в Пражском замке „в четверг, в день Святого Сигизмунда, 1591 года“, то есть 2 мая 1591 года. Человек, которому поручалось арестовать Келли, был „квартирмейстером“ Рудольфа; его звали Грегор Бюль… [Он] отбыл из Праги в сопровождении отряда офицеров и солдат (всего их было 25 человек, и разместились они в четырех „фургонах“) и направился на юг», в город Табор, имение Рожмберка, где Келли тоже не оказалось. Настигли его в городе Собеславе, в десяти милях от Табора. «Саму сцену ареста Бюль не описывает, но это сделал талантливый английский осведомитель Томас Уэбб, посланный в Прагу несколькими неделями позже. По его словам, „проехав шесть голландских миль в сторону поместья лорда Розенберга, Келли прибыл в некий городок, находящийся под его юрисдикцией, там почувствовал себя усталым и, ничего не подозревая, после обеда лег на кровать и уснул. В это время императорские солдаты ворвались в комнату, схватили его, обошлись с ним крайне грубо, изрезали его камзол ножом, обыскали с ног до головы и объявили, что император велел им привезти его живым или мертвым, после чего надели на него кандалы и доставили по назначению“» — в замок Кривоклат под Прагой, где Келли и просидел до 1594 г., трудясь над алхимическими трактатами.