Первым открытым из современных общеобразовательных учебных заведений, стало открытое в 1853 г. на Покровской площади четырехклассное училище. В данный момент в этом здании находится МБОУ ООШ №5 им. Героя Советского Союза
П.А. Михайличенко.
В 1890 году открывается земская трёхклассная школа "Школа на балочке", до нашего времени она дошла как ГКОУ Краснодарского края специальная (коррекционная) школа №8 1 сентября 1912 года открывается школа, дошедшая до нашего времени как МБОУ СОШ 3 им. генерал-фельдмаршала М. С.
Воронцова.
В ноябре 1935 года в поселке Союзплодоовощ совхоза «Плодоовощ» (ныне поселок Краснофлотский) создается школа -
МОУ СШ № 11 г. Ейска. В 1937 году в Ейске открываются сразу две школы - это будущие МБОУ СОШ № 1 им. С.Соболя и МБОУ лицей №4 им.
профессора Е.А. Котенко. 1 сентября 1963 года, в здании бывшей Ксенинской женской гимназии, создается школа, дошедшая до нашего времени как МБОУ СОШ №2 им. героя Советского союза А.В. Ляпидевского. 1 сентября 1964 года свои двери распахнула Средняя школа №20. В 1967 году в поселке Широчанка начинает работу средняя
общеобразовательная школа №15. В 1976 году открывается средняя школа № 14, с 1993 года она носит название Гимназии (в наше время её полное название МБОУ гимназия № 14 имени первого лётчика-космонавта Ю.А.
Гагарина).
Самой молодой из ейских школ на данный момент является МБОУ СОШ № 7 им. профессора Н.И.Павленко, открывшая свои
двери 1 сентября 1987 года.