Воля Ивана закалилась еще в юности. Он стал помощником слепому отцу Василию II. Он поставил перед собой неслыханно сложную задачу – подчинить себе все русские земли. Эту задачу он фактически выполнил.
Еще Василию II советовали отобрать «отчину» у ярославских князей. Но у него не хватило для этого характера. Иван III сделал это на исходе XV века. Фактически им была проведена реформа, касавшаяся прежде всего землевладения. Летописец отмечал, что все князья ярославские «простилися со всеми своими отчинами навек, подавали их великому князю Ивану Васильевичу, а князь великий противу их отчины подавал им волости и села…» Другими словами, суверенитет Ярославского княжества был ликвидирован. Ярославские князья традиционные права как статьи их дохода в Ярославле утрачивали. Взамен из рук суверена они получали принадлежащие им ранее «волости и села». Суть дела хорошо объяснена в письме Ивана IV (Грозного) к князю А.М. Курбскому. Грозный считал, что князья-бояре нарушили закон, «еже деда нашего великого государя уложение: которые вотчины (князей) у вас (вотчинников) взимати (конфисковать в казну) и которым вотчинам еже несть потреба от нас даятися, и те вотчины ветру подобно раздаяли неподобно…» По сути речь шла о переделе земель между казной и бывшими местными суверенами. С точки зрения интересов казны закрепление больших вотчин за князьями было положительным шагом. Позднее Иван Грозный сосредоточился на вопросе о конфискации наследственных родовых земель. При Иване III казна должна была оставить князьям значительные вотчинные земли.
Реформа проходила не один день, а растянулась на многие годы. Результатом ее было превращение наследников великого князя и удельных князей в так называемых «служебных» князей. В последующем это коснулось и бояр. В итоге реформы в начале XVI века в Ярославском княжестве сохранилось только гнездо богатых вотчинников из местного княжеского дома. Зато их обедневшие братья ушли в услужение.
Проблема решалась комплексно – упорядочивалась служба бояр и детей боярских в пределах Ярославля. «Добрых» бояр и детей боярских записывали в службу. У тех, кто не служил, села и деревеньки отбирались в пользу казны. Ведал переписью Иван Агафонов. Летописец так описал эту миссию Агафонова: «…у кого село добро, ин отнял, а у кого деревня добра, ин отнял да описал на великого князя, а кто будет сам добр, боярин или сын боярский, ин его самого записал».
Ликвидация суверенитета Ростова происходила по иной схеме. Великий князь не просто насильственно отнимал земли у князей. Московская казна за «половину» Ростова выплатила соответствующую компенсацию.
Путем проводимой реформы в ярославской, суздальской и ростовской землях решалась очень важная задача создания фонда государственных земель в центральных уездах государства. Без этого было невозможно внедрить поместную систему по всей России.