Как показывают сохранившиеся документы, первым официальным местом службы новообразованного зондербатальона «Дирлевангер», по количеству личного состава в то время скорее соответсвующего одной полной роте, являлась территория Генерал-Губернаторства — так называлась тогда оккупированная немцами часть Польши.
В самом начале зондеркоммандо принимало участие в работах при сооружении оборонительных рубежей на новой границе с Советским Союзом — так называемой «Линии Отто», при этом также несло обязанности по охране небольшого еврейского рабочего лагеря у городка Дзиков. В течение этого времени личный состав части начал впервые, для пробы, привлекаться к операциям по «зачистке» лесных массивов в районе от новых восточных границ до реки Сан от различных элементов местного сопротивления, как правило, являвшихся остатками частей польской армии, ушедшими в леса и отказывающимися сложить оружие. Первые подобные операции «браконьеров», как было отмечено командованием, были проведены настолько успешно, что это и предопределило их будущую боевую судьбу.
Несмотря на успех первых лесных противопартизанских операций, в 1941 году зондеркоммандо снова переходит на деятельность, для которой не было приспособлено, — ему поручена охрана еврейских гетто в Кракове, позднее в Люблине. В это время впервые появились негативные отзывы о поведении личного состава и командования зондеркоммандо по отношению к населению гетто. Лично Дирлевангера и его людей обвиняли в негуманном отношении к своим подопечным, поборах, рукоприкладстве и изнасилованиях. Террор, проводимый в Люблинском гетто, был, видимо, настолько силён, что судебным отделением полиции СС[7] было начато официальное расследование по этому делу.
Несмотря на это, высшее командование было явно более чем удовлетворено деятельностью Дирлевангера — уже 5 августа 1941 года лично бригадефюрер СС Одило Глобоцник[8] подписал рекомендацию к его внеочередному повышению в звании. 14 августа СС-группенфюрер Бергер направляет рекомендацию на повышение с приложенной наилучшей характеристикой кандидата в кадровое управление СС.
На этом основании 9 ноября 1941 года Оскару Дирлевангеру присвоено звание штурмбанфюрера СС.
Расследование тем не менее шло своим чередом. Делом Дирлевангера занялся СС-унтерштурмфюрер доктор юриспруденции Конрад Морген, в то время один из лучших юристов на службе СС. К предыдущим обвинениям прибавилось также несколько убийств, а изнасилования, так как жертвами были женщины из гетто, также получили классификацию «расового преступления» — возможным результатом могло быть недопустимое кровосмешение с евреями. По многоступенчатым командным инстанциям огромного бюрократического аппарата гиммлеровской империи СС, наряду с положительными отзывами об успехах зондеркоммандо, в Берлин приходили и удручающие результаты начатого расследования, сопровождаемые критическими замечаниями официальных лиц из центрального аппарата СС в Варшаве. Опасаясь нежелательного развития событий и охраняя браконьерскую команду, как своё детище, в ход событий снова вмешался Бергер — по его инициативе 29 января 1942 года зондеркоммандо «Дирлевангер» было переведено в прямое подчинение Главного оперативного штаба рейхсфюрера СС в Берлине. Уже оттуда лично СС-штурмбанфюрер Оскар Дирлевангер получил приказание о переброске его части в Белоруссию.
Интересно, что именно на этом факте строится послевоенная теория о том, что зондеркоммандо «Дирлевангер» официально не являлось подразделением Ваффен-СС как таковым, а Ваффен-СС поэтому не может нести ответственность за совершённые его членами преступления, впервые возникшая как одна из версий при разборе деятельности данной части в ходе Нюрнбергских процессов.
Дело в том, что Главный оперативный штаб рейхсфюрера СС являлся командной организацией целой системы СС и уже ему подчинялись в отдельности центральные аппараты Ваффен-СС, Альгемайне-СС (общегражданских СС) и полиции, также находящейся в ведении СС. Таким образом получалось, что зондеркоммандо, являясь субъектом, находившимся в прямом подчинении штаба Гиммлера, формально не могло являться частью ни одной из трёх вышеуказанных структур СС.
В подтверждение данного факта говорит и то, что Дирлевангер, выполняя конкретные боевые задачи на местах, в действительности никогда не находился постоянно в подчинении штаба какого-либо определённого крупного воинского формирования или местных властей, получая приказы к началу и концу своей деятельности в каждом конкретном районе и передислокации непосредственно «с самого верху».
Напротив, снабжение Дирлевангера обмундированием, оружием и экипировкой происходило со складов в ведении Ваффен-СС, смена, обновление и пополнение всех эшелонов командного состава части также происходили непосредственно из кадровых ресурсов Ваффен-СС.
10 февраля 1942 года, после перевооружения, частичной докомплектации личного состава и получения необходимой экипировки, зондеркоммандо «Дирлевангер» покидает Генеральное губернаторство и направляется к новому месту прохождения службы — в тыл немецких войск в Советском Союзе, зону деятельности группы армий «Центр», оккупированную Белоруссию. К тому времени партизанское движение в данном районе достигло таких масштабов, что наносимый им ущерб поставил под угрозу само существование системы тылового обеспечения немецких войск и управления оккупированными территориями.