В истории споров о соединении в Лице Спасителя двух естеств, как и в истории триадологических споров, весьма важное значение имели терминологические недоразумения. В триадологических спорах отстаивавшие единство Божества по существу говорили не только о «μία ουσία», но и о «μία ύπόστασις», не отвергая действительного различия божественных Лиц, тогда как их противники, наоборот, говорили не только о «τρεις υποστάσεις», но и о «τρεις ούσίαι», не подвергая сомнению божественное достоинство трех Лиц; те и другие употребляли лишь весь запас своих терминов для выражения одной только стороны дела. Теперь в христологических спорах отстаивавшие единство Божественной ипостаси воплотившегося Логоса говорили не только о «μία ύπόστασις», но и о «μία φύσις»; представители же противоположного направления, утверждая «δύο φύσεις», склонялись к признанию и двух ипостасей, хотя говорили о едином Лице (πρόσωπον) Христа. Учение о единстве и троичности Божеств в конце концов нашло выражение в формуле «μία ουσία (φύσις) τρεις υποστάσεις», введенной в употребление каппадокийцами. Решением возникшего теперь христологического вопроса явилась установленная Халкидонским собором формула «δύο φύσεις (ούσίαι) έν μία ύποστάσει».
Понятно само собой, что теперь спорили далеко не об одних лишь словах. В этих спорах обнаружилась со всей резкостью при решении центрального вопроса греческой догматики окончательно определившаяся противоположность двух направлений восточного богословия, александрийского и антиохийского. Первое, сродное по общей тенденции с идеализмом платоновской философии, обращало внимание преимущественно на божественную сторону в христианстве, на абсолютное содержание и значение христианского Откровения. Для второго, пользовавшегося услугами аристотелевской науки и философии, особый интерес в христианстве представляла его историческая сторона, тот конечный, человеческий элемент, который служит формой для откровения бесконечного. Представители первых выступают защитниками интересов религиозных, антиохийцы хотели руководиться данными своей науки. Общее различие этих направлений отражалось, как известно, и в их экзегетике, и в догматике.
В данном случае, в вопросе о Лице Христа, александрийцы утверждали единство божественного субъекта в Богочеловеке по тем же самым мотивам, по каким они отстаивали божественное достоинство Искупителя, именно как постулат восточного понимания вообще сущности христианства: только Бог мог спасти человека, соединить с Собой человеческую природу во Христе, поэтому субъектом всех действий, хотя бы и совершенных через человеческую природу, был Сам Бог. Антиохийцы исходили в своих рассуждениях из исторического явления Христа как человека и, представляя Его как аналогичную со всеми другими человеческую личность, естественно не могли при всей своей научно — положительной точке зрения установить действительное единство богочеловеческой личности Христа, которое александрийцы провозглашали как необходимую тайну веры. Повторилась до известной степени та же борьба между верой и наукой в религиозной области, какая происходила на Востоке в IV в. Александрийцы заняли и теперь позицию защитников веры против притязаний антиохийской науки, подобно тому как они занимали ее раньше против оригенистов.
Борьба приняла чрезвычайно острый характер вследствие того, что осложнилась неприязненными отношениями догматических противников, Александрийского и Константинопольского епископов, на почве церковно — иерархических притязаний. Александрийский патриарх до Константинопольского собора 381 г. считался вторым после Римского во всем христианском мире и первым на Востоке по церковному значению своей кафедры. Власть его в собственном Египетском диоцезе стояла весьма прочно, опираясь на преданность местного коптского населения, на верность и единодушие подчиненных ему епископов и, наконец, на готовность оказать в случае нужды поддержку монашества. Заслуги перед православием во время арианских смут св. Александра и особенно Афанасия Великого возвышали значение самой кафедры, которую они занимали, и как бы подтверждали право этой кафедры на руководственное значение в общецерковных делах всего Востока и в лице дальнейших ее представителей, поскольку именно последние хотели быть на деле верными заветам своих великих предшественников. Между тем провозглашение Константином Великим Византии столицей Империи неожиданно выдвинуло на первый план епископа этого города. Никаких особых церковных преданий за новой кафедрой не было. История ее в IV в. далеко не была славной: в течение почти 40 лет перед Вторым Вселенским собором ее занимали покровительствуемые императорами ариане. Все значение ее основывалось исключительно на том, что она — столичная кафедра, и на этом именно основании на соборе 381 г. епископ «нового Рима» получил первенство чести на Востоке, отстранив Александрийского папу на второе место. В Александрии с этим сначала даже совсем не согласились и тем более не хотели отказываться от своей прежней роли в пользу Константинополя, что видели на Константинопольской кафедре лиц чуждого для себя антиохийского направления (Нектарий, Иоанн Златоуст); Несторий же прямо воспользовался своим положением столичного епископа для утверждения ереси.
В догматической и иерархической борьбе Александрии и Константинополя принимали ближайшее участие, как было это и в эпоху арианских споров, и имели решающее влияние на ход и результаты ее еще два сторонних фактора: Римский епископ и государственная власть.
Папа не мог остаться безучастным и в отношении к богословскому спору восточных, так как именно к нему обращались сами спорившие, какова бы ни была его собственная компетентность в вопросе. Но Рим особенно чувствителен был и к тому, что происходило на Востоке в области иерархических отношений. С Александрией Рим давно уже находился в союзе, потому возвышение епископа «нового Рима» было для него и само по себе столь же неприятно, как и для Александрии. В первом моменте борьбы папа становился поэтому всецело на сторону Александрии против Константинополя, содействуя ниспровержению ереси Нестория (431 г., Ефесский собор, Кирилл и Целестин). Но затем александрийское направление в своем крайнем развитии само порождает из себя ересь, представитель Александрийской кафедры приобретает влияние на Востоке, нежелательное для самого папства. Происходит разрыв прежних близких отношений Рима и Александрии, папа переходит на сторону Константинополя и обусловливает этим догматическую победу над евтихианством православия (451 г., Халкидонский собор, Диоскор и Лев Великий), хотя видам папы нисколько не соответствовало имевшее при этом место дальнейшее возвышение Константинопольского патриарха (28–е пр. Халкидонского собора).
Совершенно обратные позиции в сравнении с папами занимала в оба эти момента императорская власть на Востоке в лице Феодосия II. Слишком бесхарактерный сам по себе, он играл, собственно, будучи носителем верховной власти, роль пассивного орудия для непосредственно окружавших его и воздействовавших на него лиц. Сначала он склоняется на сторону Нестория, или, по крайней мере, колеблется в выборе между восточными и александрийцами. Но потом он принимает не только сторону Кирилла, но покровительствует Евтихию и Диоскору. Халкидонский собор был уже при Маркиане.