Устав гласил: «Академия наук есть первенствующее ученое сословие в Российской империи», она «старается расширить пределы всякого рода полезных человечеству знаний, совершенствуя и обогащая оные новыми открытиями», кроме того «Академии предоставляется право избрания на открывающиеся места академиков и адъюнктов» причем «при равных достоинствах ученый русский предпочитается иноземцу». После смерти академика Зинина в феврале 1880 г была назначена комиссия для составления списка кандидатов на место покойного химика. В комиссию вошли: ординарный академик по минералогии Н. А. Кокшаров, ординарный академик по физике Г. И. Вильд, экстраординарный академик по физике Гадолин и ординарный академик по химии Бутлеров. Комиссия составляла список, в который по предложению Бутлерова внесли Д. И. Менделеева и Н. Н. Бекетова бывшего ректором Харьковского университета, а по предложению Вильда и Гадолина — профессора Технологического института Бейльштейна. По уставу же, комиссия ожидала шестимесячного срока, чтобы дать возможность остальным академикам «числом не ниже трех» предлагать своих кандидатов. Четыре академика: Бутлеров, Чебышев, Овсянников и Кокшаров представили профессора Д. И. Менделеева.
Место Менделеева в Академии наук казалось совершенно бесспорным. Тем не менее, в своем представлении академики еще раз тщательно перечислили все заслуги Дмитрия Ивановича, ссылаясь на многочисленные научные авторитеты всего мира. Предыдущий 1879 г. в науке лишний раз подчеркнул значение периодического закона, так как химиками Клеве и Нильсоном был открыт еще один предсказанный Менделеевым элемент — эка-бор, названный открывшими его шведами «скандием». Ученые, рекомендовавшие Менделеева, постарались подвести итог работам Дмитрия Ивановича не только по чистой науке, но и по прикладной химии на пользу русской промышленности и трудам по сельскому хозяйству.
Их записка «Дело Менделеева», напечатанная в четырех номерах газеты, занимала десятки столбцов мелкой газетной печати. Ученые и общественность напряженно и внимательно следили за выборами в Академию. Казалось, для беспокойства нет поводов, в науке не было конкурента на академическое кресло, равного Менделееву. Тем удивительнее и неожиданнее было его забаллотирование.
Газеты, снабдив эту весть красноречивыми комментариями, разнесли ее по всей стране, по всему миру. Русская общественность посчитала забаллотирование вызовом себе, газеты всех возможных в Российской империи направлений завопили об этом. Факт действительно был возмутителен и не удивительно, что все прослойки русского общества соединились в протесте. Поднялись голоса о засилье немецкой партии в Академии, о необходимости пересмотра академического устава и вообще о чистке среди академиков. Больше всего пресса подчеркивала засилье иностранцев в Российской академии наук, сплоченность их партии и нежелание вливать в нее русских ученых. В свое время были забаллотированы Сеченов, Коркин, Пыпин. Теперь эта участь постигла Менделеева. Причем это было второе забаллотирование. Первый раз, представленный тем же Бутлеровым, всемирно известный творец периодического закона не получил достаточного количества шаров, чтобы занять место… адъюнкта химии.
Газеты писали: «Давай бог всякому заслуженному и авторитетному ученому так «проваливаться», как в конце-концов «провалился» Менделеев. Единогласно принят он в Академию всею Россиею». Действительно вся научная Россия откликнулась на забаллотирование. Все русские университеты выразили свое возмущение. В «Голосе» было помещено «коллективное заявление профессоров-химиков по поводу забаллотирования проф. Д. И. Менделеева в Академию наук», под заявлением подписалось восемнадцать таких виднейших химиков, как Н. Н. Бекетов, А. П. Бородин, Н. А. Бунге, А. А. Вериго и др. Четырнадцать членов физико-математического факультета Московского университета писали Менделееву: «Для людей, следивших за действиями учреждения, которое по своему уставу должно быть «первенствующим ученым сословием» России, такое известие не было вполне неожиданным. История многих академических выборов с очевидностью показала, что в среде этого учреждения голос людей науки подавляется противодействием темных сил, которые ревниво закрывают двери Академии перед русскими талантами». «Но пора сказать прямое слово, пора назвать недостойное недостойным. Во имя науки, во имя народного чувства, во имя справедливости, мы считаем долгом выразить наше осуждение действию, несовместимому с достоинством ученой корпорации и оскорбительному для русского общества».
Д. И Менделеев 1880 г.
Ученые корпорации считали возможным подчеркивать засилье немцев в Академии, что же оставалось делать газетам, который могли выжать из этого факта легкий и сенсационный успех.
Все выпады против иностранного, преимущественно немецкого, засилья в Академии имели за собой длинный путь развития Российского государства, заимствования западно-европейских образцов и насаждения их на российской почве. При Петре I Российская Академия наук впервые была создана под руководством немецкого ученого Вольфа и состав академиков был сплошь немецким. Русских же в Академии не было или они занимали самые незначительные места. Русской науки не существовало, не было еще и русских ученых. Первыми видными русскими академиками были Ломоносов, часто вступавший с немцами в бой, иногда даже рукопашный, и Тредьяковский. Но Ломоносовы долгое время насчитывались единицами, пополнение Академии иностранными учеными стало прочной вековой традицией, всемерно поддерживаемой и извне и внутри страны, т. к. российским монархам Академия представлялась надежной опорой на Германию, служившую образцом феодальной культуры и благонамеренной науки, устои которой всячески внедрялись в Россию германскими представителями династии.
За полтораста лет государство постепенно превращалось из феодально-дворянского в дворянско-буржуазное. Русская культура росла и борьба за нее возглавлена была буржуазией. В стране начиналось национальное движение, начиналось национальное самоутверждение. Буржуазия, чувствуя свои силы в вопросах промышленности, стремилась независимости и в вопросах культуры. Ярче всего отражала эти стремления пресса, находившаяся в руках буржуазии. На смену французским шантанам появился интерес к русской музыке, представленной «Могучей кучкой» композиторов, культивировавшей русский песенный лад, на выставках большим успехом пользовались «передвижники», демонстративно отколовшиеся от второго оплота феодальной императорской культуры — Академии художеств и работавшие над русской жанровой тематикой взамен пасторальной, библейской и мифологической, царивших в Академии художеств. Понятным продолжением этих стремлений являлось желание иметь своих, русских ученых в своей, русской Академии наук.
Дмитрий Иванович, учитывавший обстановку яснее, чем многие другие, ответил ректору Киевского университета, пославшему протест против забаллотирования Менделеева: «Душевно благодарю вас и совет Киевского университета. Понимаю, что дело идет об имени русском, а не обо мне… Посеянное на поле научном взойдет на пользу народную».
Все русские университеты последовали примеру Киевского университета. За границей тоже поднялась волна протеста, множество иностранных университетов и ученых обществ избрало Дмитрия Ивановича Менделеева почетным членом.
B России газета Краевского «Голое» предложила открыть подписку на премию имени Менделеева для награждения выдающихся исследователей в области естественных наук. Общество всеми силами демонстрировало свой протест. Забаллотирование Менделеева оказалось национальным событием, перехлестнувшим рамки академических интриг. Активнее всех протестовали профессора Петербургского универсятета, сами страдавшие от отношения Академии к русским ученым. Бутлеров приводит характерный разговор, бывший у него с непременным секретарем Академии: «Вы хотите, — заявил секретарь, — чтобы мы спрашивали позволения университета для наших выборов. Этого не будет. Мы не хотим университетских. Если они и лучше нас, то нам их все-таки их не нужно. Покамест мы живы — мы станем бороться».
В честь Менделеева профессора, товарищи его по университету, устроили торжественный обед, который предложено было ежегодно возобновлять.
Заканчивая печальную в истории науки страницу, необходимо отметить, что на кресло химии вместо Дмитрия Ивановича избрали профессора Технологического института Бейльштейна, того самого Бейльштейна, через которого проникло в немецкую печать первое и искаженное сообщение об открытии Менделеевым периодического закона.
Выборы в Академию происходили в ноябре 1880 г.
В апреле 1881 г. Дмитрий Иванович уехал в Рим, оставив Россию все еще смятенной, после убийства Александра II 1 марта 1881 года.