Дед Михаила Афанасьевича, Иван Авраамиевич (1830–1894), был сельским священником. Афанасий Иванович, его сын, предпочел карьеру ученого-богослова: сначала обучался в Орловском духовном училище (до 1876 г.), затем в Орловской духовной семинарии (до 1881 г.), а в 1881–1885 гг. в Киевской духовной академии на церковно-историческом отделении. Степень кандидата богословия позволила ему преподавать, параллельно изучая западные вероисповедания. Афанасий Иванович имел чин статского советника. В 1885–1887 гг. он преподавал греческий язык в Новочеркасском духовном училище, а после, защитив диссертацию «Очерки истории методизма», получил степень магистра и стал доцентом Киевской духовной академии, где два года спустя уже заведовал кафедрой.