Во время вторжения в Ирак в 2003 году армия США провела ряд бомбардировок объектов муджахединов в Ираке, несмотря на утверждения ОМИН о её нейтральности. Вскоре стороны договорились о прекращении огня, разоружении МХ и перемещении организации в лагерь Ашраф на северо-востоке страны — бывшую военную базу ВС Ирака размером 14 квадратных километров. В 2004 году Министр обороны США Дональд Рамсфилд определил группу как «лиц, пользующихся покровительством согласно Женевской конвенции», хотя такое определение противоречило рекомендации Госдепа США, Верховного комиссариата ООН по делам беженцев, и международного представительства Красного Креста.
В середине мая 2003 года отряды коалиции собрали у МХ более 2139 танков, бронемашин, единиц артиллерии и прочих военных машин. Четвёртая пехотная дивизия отчиталась об уничтожении большей части оружия и боеприпасов, принадлежавших МХ.
По разным оценкам, от 3400 до 4000 членов МХ были собраны в лагере Ашраф — в одном месте (до этого МХ имели имела как минимум шесть баз: вблизи г. Джалула в 100 км от Багдада, в г. Кут, в г. Басра, в г. Аль-Амара и вблизи г. Микдийа в 80 км. от Багдада), задержаны, разоружены и проверены на принадлежность к террористическим атакам в прошлом. Там они пробыли последующие 10 лет, выживая с помощью кустарного производства, пожертвований из-за границы и, возможно, помощи антиирански настроенных стран.
Однако в таком состоянии члены МХ были достаточно уязвимы для атак со стороны проиранских сил, — что, в итоге, и случилось.
В июле 2008-го МХ обратилась в Госдеп США за отменой решения о признании их иностранной террористической организацией (FTO). В случаях такой процедуры организация, которая подаёт заявку, должна привести доказательства того, что сегодняшние обстоятельства существенно разнятся от тех, когда организация была признана террористической. Госдеп изначально пришел к выводу, что МХ остается иностранной организацией, сохраняющей способность и желание включаться в террористическую активность. При этом данное определение не угрожало статусу членов МХ в лагере Ашраф.
28 июля 2009 года, воспользовавшись уходом войск США на территорию своих баз, ВС Ирака штурмом вошли в лагерь Ашраф. Как минимум 10 жителей лагеря были убиты в ходе рейда. Пресс-секретарь правительства Ирака Али аль-Дабба назвал произошедшее «контролируемой мерой для поддержания стабильности в лагере».
Причины рейда до конца не ясны — возможно, это была акция устрашения против формально неподконтрольной Багдаду политической группы, возможно, у иракских властей было подозрение, что МХ отдала США не всё своё вооружение. Возможно, новые иракские власти хотели отомстить за участие МХ в подавлении восстания 1991 года. По некоторым данным, этот и подобные рейды проводились под давлением Ирана.
Так или иначе, члены МХ, присутствовавшие во время рейда, заявляли, что американские военные снимали происходящее на видео и никак не реагировали на насилие. МХ ответила на произошедшее возмущением, апелляцией к соглашениям с США и голодовкой своих членов. Очевидно, это было уже единственным, чем они могли ответить в той ситуации.
Аналогичный случай произошёл в апреле 2011-го, после того, как войска США покинули лагерь Ашраф. В результате погибло 35 участников МХ. После инцидента Ирак заявил о своем желании закрыть лагерь Ашраф.
В декабре 2011-го Ирак и ООН достигли соглашения относительно лагеря Ашраф: его было решено передислоцировать в лагерь Хурийа (Camp Liberty), прилегающий к международному аэропорту Багдада. Совокупная численность активистов МХ по всему миру на то время оценивалась Госдепом США в 5–10 тысяч тыс. человек, значительная часть из которых находилась в Европе.
Несмотря на формальное разоружение, МХ изо всех сил старалась сохранить себя как милитарную структуру и поддерживать в своих членах боевой дух. В конце 2008-го года доклады США сообщали, что жители лагеря носят военную униформу, используют дореволюционные иранские флаги и по ночам отрабатывают военную тактику действий малыми группами.