Устоявшийся ритм жизни Сергея Непобедимого разрушила война. 22 июня 1941 г. группа Сергея Павловича сдавала один из последних экзаменов по теории резания. По радио прозвучали тяжёлые, как камни, слова Молотова о вероломном нападении фашистской Германии и призыв к защите Отечества. На второй день после начала войны Непобедимый подал записку с просьбой зачислить его добровольцем в армию. Было ему тогда неполные двадцать лет. Уверенный в том, что его призовут, Сергей Павлович собрал вещи, попрощался со своим младшим братом Виктором, также учившемся в Москве, и отправился в Бауманский райком. Однако там ему объяснили, что касательно студентов правительство примет специальное решение. Действительно, через несколько дней вышло распоряжение Сталина, объявляющее, что в действующую армию призываются учащиеся первого и второго курсов института. Третий курс оставляли для продолжения учёбы, а старшекурсники направлялись на промышленные предприятия для работы по специальности в качестве инженеров. [2, с.30]
До начала нового учебного года оставалось два месяца. Однако Сергей Павлович и его одногруппники жаждали активности, всем хотелось что-нибудь сделать для Родины. Такая возможность вскоре представилась: из трёхсот учащихся Бауманского института был организован специальный стройбат, направленный в прифронтовую зону. Уже 30 июня студенты оказались под Ельней, где по реке Десне в составе специального батальона строили, так называемую, Вторую линию обороны Москвы.
Вместе с другими студентами Сергей был высажен посреди леса в десяти километрах от станции Снопоть у села Загляжья Слобода. Их задача заключалась в строительстве основной линии обороны вдоль Десны. Разместили парней в деревенских ригах, как здесь называли сараи. Точно такие же риги, стоявшие на окраине деревни, разбирали по брёвнышку и использовали при сооружении деревоземляных огневых точек. Затем ДЗОТы сдавали военным, и они проводили пристрелку. Самыми тяжёлыми, по воспоминаниям Сергея Павловича, были земляные работы. Батальон, состоявший из студентов, скальпировал берег реки – убирал все кусты и ветки, строил противотанковый ров. Распорядок дня был жёстким: в четыре утра подъём, в одиннадцать вечера отбой. Сначала норма на человека была по семь кубометров земли, затем она выросла до десяти. Часто руки не держали лопату, однако командиры подгоняли – наступали немцы очень быстро. Охрану батальона осуществляли сами ребята. Оружия ни у кого из них не было, однако рядом было расположено армейское подразделение, при необходимости готовое прийти на помощь.