Вы можете положить дополнительные шрифты *.ttf в папку Fonts на SD карте или внутренней памяти. Добавленные шрифты появятся в списке только после рестарта программы.
Для тонкой настройки стилей отображения документа можно подложить исправленные файлы каскадных таблиц стилей (CSS) в директорию /.cr3/ на SD карте. Имена файлов - в соответствии с форматом (fb2.css, epub.css, htm.css, rtf.css, txt.css, chm.css). В этом случае эти стили будут использоваться вместо встроенных в программу. За основу можно взять .css файлы из репозитория GIT с исходным кодом CoolReader (crengine) на странице проекта на SourceForge.
Для использования своих фоновых картинок (.jpg, .png) в качестве фона страницы в режиме "замостить" положите из в папку /.cr3/textures/ на SD карте.
Для использования своих фоновых картинок в режиме "растянуть" положите их в папку /.cr3/backgrounds
Настройки хранятся в *.ini файлах в папке /.cr3/ на SD карте или встроенной памяти (так как имя папки .cr3 начинается с точки, она может быть невидима в файл-менеджерах, пока не разрешить показ скрытых файлов)
Для сброса настроек удалите .ini файлы из этой папки.
Возможная причина падения программы при повторном открытии недавно успешно открывавшейся книги - повреждение ее кэш-файла. Вы можете исправить проблему, почистив кэш-файлы вручную. Кэш файлы расположены в папке /.cr3/cache на SD карте или внутренней памяти устройства (так как имя папки .cr3 начинается с точки, она может быть невидима в файл-менеджерах, пока не разрешить показ скрытых файлов). Удалите папку cache для очистки.