Трудным испытанием для Болгарской Православной Церкви стали годы Второй мировой войны, в этот период существенно обострились противоречия между деятельностью Церкви в качестве защитницы национальных интересов (что было характерно для церковного развития Болгарии со второй половины XIX века) и каноническими нормами. В то же время это был яркий и по-своему героический период, что проявлялось в спасении Церковью евреев, помощью в возрождении русской религиозной жизни и т. д.
Следует отметить, что для Болгарской Церкви в 1930-е гг. была характерна ярко выраженная антивоенная позиция. Статьи, резко осуждавшие войну, неоднократно публиковал многолетний секретарь Синода и редактор официального печатного органа «Церковного вестника» протопресвитер Стефан Цанков, но самым последовательным и энергичным сторонником мира на страницах этого журнала являлся Софийский митрополит Стефан. С начала Второй мировой войны, в первом же военном номере «Церковного вестника» было заявлено: «Страшное зло пришло!» В ближайших последующих номерах журнала выражалась надежда на восстановление мира, и давался совет Болгарии сохранять нейтралитет. По мере разрастания войны владыка Стефан опубликовал в «Церковном вестнике» серию статей, ставших своеобразным манифестом христианского миролюбия: «Антихрист», «Второе Пришествие» и «Признаки конца света»[52]