Когда в июле 1936 года вспыхнула гражданская война в Испании, фашистское правительство Италии вскоре начало оказывать помощь националистам во главе с генералом Франко. В результате Regia Aeronautica уже в августе организовывала «Aviacion del Terico» (Воздушные силы Испанского Иностранного Легиона), на вооружении которого были бомбардировщики S. 81 и истребители CR. 32. Вооруженный конфликт в Испании предоставил компании «SIA1» идеальную возможность проверить новый бомбардировщик, и в феврале 1937 года три S. 79 из 12. Stormo были направлены в Сан-Хуан (San Juan) на Майорке (Majorca), Балеарские острова, откуда они предпринимали атаки республиканских судов, а так же бомбили наземные цели, например авиационную базу в Реус (Reus) и арсенал в Картахене (Cartagena). Бомбардировщик S. 79 был одним из наиболее совершенных военных самолетов в испанском небе, который не могли перехватить республиканские истребители, за исключением советского И-16 «Rata».
В течение весны 1937 года итальянский воздушный контингент был реорганизован и увеличен, в результате став называться «Aviacion Legionaria» (Воздушные силы ле-гиона). Значительно увеличившееся количество бомбардировщиков S. 79, было перебазировано непосредственно на территорию Испании, где в составе 29. Gruppo (SquadrigHe 280. и 289.) играли значительную роль во всех проводимых в дальнейшем кампаниях националистов. Летом 1937 года была сформирована новая - 30. Gruppo. с 28 К и 285. SquadrigHe, которая вместе с 29. Gruppo образовала III. Sformo "Sparvieri". 8. Stormo "Falchi delle Baleari" («Ястребы Балеаров») базирующийся на Балеарс-ких островах был единственным итальянским подразделением, которое воевало в Испании до самого окончания боевых действий. 28. Gruppo была возвращена в Болонью (Bologna) в ноябре 1937 года, а за ней, в январе 1938 года, вернулась и 27. Gruppo. До самого окончания войны, «Falchi delle Baleari» препятствовали судоходству республиканцев, бомбили гавани на средиземноморском побережье Испании, атаковали цели в крупных тродах - Валенсия (Valencia) и Барселона (Barcelona), а так же осуществляли общее давление на республиканцев, которое было больше политическим, чем военным. К моменту окончания войны самолеты 8. Stormo налетали 7527 часов и сбросили 1293 тонн бомб.
1 января 1938 года, генерал Балле (Valle). начальник штаба Regia Aeronautica. вылетел с секретной миссией из Гуидони (Guidonia) в Барселону (Barcelona), для проведения испытаний по адаптации S.79 для ночных бомбовых ударов. После успешного, хотя и опасного полета (для 51-летнего пилота) в течение пяти с половиной часов над морем 800 кг бомб было сброшено на гавань в Барселоне.
Националисты были в таком восторге от бомбардировщиков S. 79, что использовали свои валютные резервы, для закупки двадцати шести самолетов ценой по 1109600 лир каждый, с поставкой первого самолета, в августе 1937 года.
Бомбардировщики S.79 из 10. Squudrigliu, 8. Stormo заходят на посадку в Майорке (Majorca). Они пролетают над британскими, французскими, немецкими и итальянскими военными кораблями, отправленными Комитетом по невмешательству для предотвращения поставок оружия в Испанию.
Эта группа бомбардировщиков S.79 с желтыми бортовыми номерами принадлежит к 8. Stormo “Falchi delle Haleari", весна 1938 года. Различные цвета индивидуальных номеров самолетов служили для идентификации их Squadriglie в пределах Stormo.
Этот сохранившийся испанский самолет S.79 был переоборудован компанией «AISA» в транспорт для высокопоставленных персон (VIP), Мадрид 1943 год.
Первым испанским подразделением, которое получило на свое вооружение бомбардировщики S. 79, стала Grupo 3-G-28 - восемь самолетов S. 79 (серийные номера от 28-30 до 28-37), в конце года к нему присоединились 4-G-2S и 5-G-28 в составе которых находились S. 79 (серийные номера от 28-38 до 28-55) и. наконец, весной 1938 года, была сформирована Grupo 6-G-28 в состав которой входило восемь S. 79 (серийные номера от 28-56 до 28-63).
Общее количество S. 79 посланных в Испанию составляло девяносто девять штук. В конце войны шестьдесят один еще оставшийся в строю итальянский бомбардировщик был передан испанским ВВС, они получили бортовые номера от 28-64 до 28-124. Итальянские предложения, о лицензионной постройке S. 79 в Испании не достигли успеха, но «Jorobado» (Горбун по-испански) - такое прозвище они получили в Испании, оставался в составе испанских ВВС в течение всей Второй мировой войны и после нее, а отдельные экземпляры самолета эксплуатировались в Испании и в африканских колониях Ифни (Ifiii) и Рио-де-Оро (Rio de Ото) до начала шестидесятых годов.
Бывший S.79 CS, стал воздушным лайнером компании “Ala Littoria", получив регистрационный код «l-.ALAN». Он эксплуатировался на южно-атлантическом маршруте в Бразилии, 1939 год. Этот самолет имеет модифицированную V -образную кабину и отогнутые трубы выхлопных коллекторов, аналогичные по форме тем, которые устанавливались на воздушном лайнере S.M. 83. В фюзеляже имелся топливный бак, установленный позади пилотского отсека, а за ним кабина для четырех пассажиров. Атлантическое отделение авиалиний "Ala Littoria''организовало авиалинию L.A.T.I. в 1939 году.
Когда в июне 1940 года Италия вступила во Вторую мировую войну, белый крест Савойской династии, выбранный в качестве опознавательного знака для военных самолетов заменил зелено-бело-красные полосы на руле направления. Эти бомбардировщики из 36. Stormo базировавшегося в Болоньи (Bologna), несут на хвостовой части эмблемы в виде двух башен, они были символом города Болонья.
Бомбардировщик S.79 бортовой номер «229-3» из 32. Stormo, остров Сардиния (Sardinia). Это подразделение, выполнившее большое количество бомбардировочных ударов по кораблям британского флота было позднее перевооружено самолетами S.M. 84, став торпедоносным подразделением.
Успехи S. 79 в Испании, достигнутые в ходе начального периода тайны, стали предметом восторженной пропагандистской кампании. К сожалению, она ввела в заблуждение и сами Regia Aeronautics, которые поверили собственной пропаганде.