Ночью в понедельник 5 июня израильские военно-морские суда атаковали две главные военно-морские базы Египта на Средиземном море: Порт-Саид и Александрию. Когда отряд израильских судов в составе эсминца и нескольких торпедных катеров приблизился к Порт-Саиду, он был встречен перед волнорезом двумя египетскими ракетными катерами типа «Оса». Израильтяне открыли по ним огонь из 20-миллиметровых пушек, и египтяне поспешно повернули назад в гавань, не сделав ни одного выстрела. Оба египетских катера были повреждены. Затем израильские водолазы безуспешно пытались установить местонахождение трех египетских торпедных катеров и трех спецсудов по борьбе с подводными лодками, которые, по их сведениям, должны были находиться в порт-саидском порту, помимо двух ракетных катеров типа «Оса». Им удалось обнаружить только два нефтеналивных танкера, которые они не решились подорвать из опасения, что от пожара могут пострадать мирные жители. Отряд патрулировал всю ночь у входа в гавань, ожидая прибытия египетских подкреплений, но никто не появился, ибо египетские силы в Александрии были также заняты отражением израильской атаки.
Атака израильских военных кораблей на Порт-Саид не привела к уничтожению судов противника, но она достигла одной важной цели: предотвратила обстрел Тель-Авива ракетами с радиусом действия 35 миль, снабженными 1000-фунтовыми боеголовками. Этими ракетами были оснащены 18 египетских ракетных катеров. На следующее утро (вторник 6 июня) египтяне перевели свой флот из Порт-Саида в Александрию, и Тель-Авив оказался вне досягаемости ракет, которыми были оснащены катера типа «Оса» и «Комар».
В то время как израильские военно-морские силы атаковали Порт-Саид, единственная исправная израильская подводная лодка тайком проникла в Александрийский порт. Группа водолазов с зарядами для подрыва египетских военных судов, вышла через люк подводной лодки и пробралась вглубь порта. Ночь была темной и безлунной: идеальное условие для подобных операций. По израильским сведениям, водолазам удалось повредить, а возможно и уничтожить две египетские подводные лодки и два ракетных катера типа «Оса». Подводная лодка ждала своих водолазов почти до рассвета, прежде чем выйти в открытое море, но водолазы не возвратились. Безуспешной оказалась также попытка экипажа подводной лодки подобрать их по истечении суток, как было условлено на случай, если водолазы не уложатся в установленное время или перед ними возникнут непредвиденные трудности. Полуофициальная каирская газета «Аль-Ахрам» сообщила, что в полдень 6 июня четыре израильских водолаза были замечены в воде вблизи яхтенной гавани восточнее Александрии и взяты в плен. Еще двое были схвачены четыре часа спустя. По утверждению египтян, они были схвачены в тот момент, когда пытались овладеть моторной лодкой и бежать на ней.
Единственная наступательная операция египетского флота, привлекшая внимание израильтян, была предпринята 6 июня, когда три подводные лодки приблизились к израильским берегам: одна появилась севернее Хайфы, другая — южнее Хайфы и третья — около Ашдода. Неясно, намеревались ли египтяне атаковать израильские суда или высадить диверсантов, как это сделали израильтяне в Порт-Саиде и Александрии.
Военно-морской флот Израиля имел лишь четыре гидролокатора, но израильским морякам удалось засечь все три египетские подводные лодки и атаковать их глубинными бомбами. Нет сомнения, что одна из них, судя по большому масляному пятну, всплывшему на поверхность, была повреждена. Тем не менее всем трем лодкам удалось уйти. Генерал Харэль, командующий израильскими военно-морскими силами, комментировал впоследствии: «Они слишком злоупотребляли своими перископами. При той технике, какой располагали египтяне, они могли устраивать пикники в предместьях Хайфы».
Израильтяне запланировали высадить морской и воздушный десанты и провести в понедельник ночью комбинированную атаку на Эль-Ариш — важнейший опорный пункт и центр снабжения египтян в Синае. Но уже в понедельник днем, узнав о темпах продвижения бронетанковых сил генерала Таля, устремившихся к Эль-Аришу через Хан-Юнис и Рафиах, они отменили эту операцию. Парашютистов срочно перебросили в район Иерусалима и на Иорданский фронт, где, к удивлению израильтян, через несколько часов после начала военных действий между Египтом и Израилем иорданские войска предприняли наступление.
Израиль, население которого не превышало двух с половиной миллионов человек, расходовал фактически весь свой военный бюджет на авиацию и армию: флоту почти ничего не перепадало. В израильском флоте с давних пор ходила шутка: если тебе нужно новое оборудование, добудь его сам. Израильтяне так и сделали в 1956 году, захватив египетский эскадренный миноносец «Ибрагим аль-Аваль».
Когда египтяне ввели свои войска на Синайский полуостров, только один из трех израильских эскадренных миноносцев находился в удовлетворительном состоянии. А из трех израильских подводных лодок — все образца до Второй мировой войны — одна была списана за негодностью, а другая — «Рахав» — настолько стара, что не могла погружаться в воду. Правда, личного состава израильских морских сил хватило бы на два таких флота. Начиная с 19 мая, израильтяне приступили к ускоренной программе повышения боеспособности морских сил с учетом ограниченного количества и устарелости судов. В Ашдоде была построена новая морская база, рассчитанная на торпедные катеры и другие легкие морские суда. Были установлены новые радиолокационные станции на судах, многие получили новые пушки. Траулеры были переоборудованы так, чтобы сделать их пригодными для несения патрульной службы, а подводная лодка «Рахав» была снабжена гидролокаторами и пусковыми устройствами для глубинных бомб против подводных лодок противника. Бывший египетский эскадренный миноносец «Ибрагим аль-Аваль», который, по словам британского консула в Хайфе, был в конце мая во время ремонта на Хайфской верфи покрашен в красный цвет, чудодейственным образом посерел за 48 часов и вышел в море. Десантное судно, которое должны были спустить на воду в августе, было достроено в течение шести дней гражданской судоверфью. «Оно имело только два или три двигателя и импровизированный руль, но нам было не до придирок», — сказал генерал Харэль.
К началу войны между израильским и египетским флотами существовало следующее соотношение сил:
Класс судна: Израиль / Египет
Эскадренные миноносцы: 3 / 7
Подводные лодки: 3[17] / 12
Ракетные катера : — / 18
Противоподлодочные суда: 1 / 12
Торпедные катера: 8 / 32
Учитывая смехотворные размеры и устарелость оборудования своего военного флота по сравнению с египетским флотом, командование израильскими ВМС вынуждено было в еще большей мере прибегать к военной хитрости, чем их коллеги по сухопутным войсках и авиации. Свою главную задачу израильтяне усматривали в ослаблении египетского флота в Средиземном море, где он мог представлять большую угрозу для Тель-Авива и густонаселенных прибрежных районов страны. Надо было побудить Египет перебросить некоторые свои судна в Красное море. Израильтяне достигли этого, перебросив четыре десантных судна по суше через пустыню Негев в израильский порт Эйлат, расположенный на северной оконечности Акабского залива. Прибытие судов засветло в Эйлат было замечено. В ту же ночь под покровом темноты суда были снова перевезены в пустыню на десять или пятнадцать миль севернее Эйлата и вновь доставлены в Эйлат днем. Израильтяне повторяли этот маневр несколько раз, и, хотя они спустили на воду только три торпедных катера в районе Эйлата для несения патрульной службы в Красном море, египтяне, очевидно, сочли, что Израиль намерен повторить атаку 1956 года на Шарм-эш-Шейх. (Израильские суда имели запас хода достаточный, чтобы проплыть из Эйлата в Шарм-эш-Шейх и обратно только в том случае, если бы им сопутствовал ветер с севера при курсе на Шарм-эш-Шейх и ветер с юга на пути назад).
Начало войны застало 30 процентов египетских ВМС закупоренными в Красном море, где они представляли слабую опасность для Израиля. Было замечено, что даже 3 июня, за 2 дня до начала военных действий, два египетских эскадренных миноносца прошли через Суэцкий канал из Средиземного в Красное море. Несмотря на то, что одна египетская флотилия в Красном море превосходила весь израильский флот, единственное, что египтяне смогли предпринять в ходе войны, это направить в ночь на 6 июня два эсминца и шесть торпедных катеров вверх по Акабскому заливу к Эйлату. Не пройдя половины пути, командование флотилии отказалось от своего намерения, изменило курс и направилось к своим базам. Это было, несомненно, благоразумное решение: южнее Эйлата их поджидали три израильских торпедных катера.
Даже после окончания войны египетский флот в Красном море не мог вернуться на свои средиземноморские базы: канал был перегорожен по приказу президента Насера погружением барж и двух пришедших в негодность египетских судов, которые долгое время стояли на приколе в Порт-Саиде. Египетским боевым кораблям пришлось взять курс на йеменский порт Ходейду в самой южной точке Красного моря.
Днем 8 июня американское разведывательное судно «Либерти», снабженное электронным оборудованием, шло курсом вест-норд-вест со скоростью 5 узлов и находилось в 14 милях севернее синайского побережья вблизи Эль-Ариша. В заявлении того же дня министерства обороны Соединенных Штатов говорится: «2 июня «Либерти» покинуло Роту в Испании и прибыло на место своего назначения этим утром для обеспечения связи между различными американскими представительствами на Ближнем Востоке, а также для передачи информации о ходе эвакуации американских граждан из стран этого района». Было неясно, почему эти задачи не могли быть выполнены с помощью новейших и эффективных средств связи, имеющихся в американских посольствах во всем мире.
Совершенно неожиданно несколько израильских истребителей, летевших с юго-востока, спикировали с высоты 5-6 тысяч футов и обстреляли «Либерти» из бортовых пушек. Несколько минут спустя три израильских торпедных катера, подойдя к судну с северо-востока, обстреляли его из пулеметов и выпустили по нему две торпеды, одна из которых, попав в цель, сделала 40-футовую пробоину ниже ватерлинии в середине корабля в его правом борту.
Когда израильтяне поняли свою ошибку и прекратили обстрел, 34 офицера и члена экипажа «Либерти» были уже убиты и 76 ранены. Судно было изрешечено 821 попаданием, в носовой и средней части корабля вспыхнули пожары.
Один израильский торпедный катер сигнализировал «Либерти», спрашивая, нуждается ли он в помощи. Ответ был, судя по всему, короткий. Благодаря мужеству и сноровке экипажа пожар на «Либерти» был потушен в течение получаса и судно смогло, несмотря на крен в 30°, отплыть на север со скоростью 10 узлов.
Было много и неудачных попыток дать объяснение этому событию. В частности, утверждали, что, считая подслушивание разговоров в этой части света своей монополией, израильтяне были возмущены американским вторжением; согласно другому мнению, израильтяне предприняли эту атаку по просьбе ЦРУ, стремившегося доказать необоснованность распространяемых египтянами сообщений о сговоре между Израилем и Соединенными Штатами. Но так или иначе, никому не удалось опровергнуть объяснение, которое было дано израильтянами и принято американцами, что просто произошла крупная ошибка. Командование авиацией возложило вину на флот, который, по его утверждению, был ответствен за неопознание судна. Морская разведка сперва сообщила, будто это египетское судно, затем признала судно советским, затем снова египетским и, наконец, сообщила, что это «несомненно военное судно, которое чертовски близко». За три дня до инцидента израильское правительство запросило американцев о том, какие суда США будут находиться в районе в течение недели, но не получило ответа. По утверждению одного израильского морского офицера, на «Либерти» к моменту атаки не был поднят флаг. «На его палубе не было видно ни души, словно корабль-призрак, он казался безлюдным». Согласно заявлению комиссии морского министерства США, сделанному после недельного расследования, «американское судно «Либерти» находилось в международных водах и было снабжено принятыми опознавательными знаками», в частности, звездно-полосатый флаг размером 5×8 футов развевался на его гафеле.
Возможно, поспешность, с какой реагировали израильтяне, объясняется тем обстоятельством, что в начале того дня радиолокационная установка одного из израильских разведывательных самолетов, несших патрульную службу над Средиземным морем, зафиксировала большое количество пятен, надвигавшихся на Израиль с запада, что могло быть истолковано как переход египетских ВМС в генеральное наступление. Учитывая, что средиземноморский флот египтян сохранил свою боевую мощь, несмотря на вылазки в Порт-Саид и Александрию, предпринятые израильтянами ночью 5 июня, их тревога вполне понятна. Впоследствии было установлено, что пятна на экране израильского радиолокатора были вызваны облакообразованием, необычным для этого района.
Израильские ВМС, понимая всю несоизмеримость своих подвигов с подвигами армии и авиации, обескураженные инцидентом с «Либерти», предпочитают оставаться «молчаливым родом войск». Однако, несмотря на недостаток в самых необходимых средствах и на отсутствие современного оборудования, они с успехом предотвратили нападение на побережье и мирное население страны с моря, обеспечили свободный проход торговых судов в средиземноморские порты Израиля и смогли осуществить в ходе войны рейды на главные морские базы противника — Александрию и Порт-Саид — под носом у египетских ВМС, в несколько раз превосходивших их по боевой мощи и имевших самые современные морские суда, поставленные Советским Союзом: эскадренные миноносцы класса «Z», подводные лодки класса «W» и ракетные катера «Комар» и «Оса». Как заметил генерал Харэль, «это было большой дерзостью с нашей стороны».