Старцу Герману довелось возрождать Зосимову пустынь, которую он только обустроил, но и насадил в ней духовное окормление братии. Сам ученик великого старца Александра, старец Герман, видел в старчестве великую силу для нравственного созидания инока; в этом еще много помог ему преподобный старец Алексий, поступивший в обитель почти одновременно с ним. Их трудами Зосимова пустынь процвела, "яко крин в пустыне", и сделалась известна не только в Москве, но и во всей России. Со всех сторон потянулись сюда мирские люди, ища молитвы, покаяния, совета и утешения.
В эти годы у старца Алексия получали духовное окормление святая мученица великая княгиня Елисавета Феодоровна (1918) и сестры Марфо-Мариинской обители, члены Императорского Дома, высшие сановники государства, иерархи Церкви.
В Зосимову стекались сотни и тысячи богомольцев со всей необъятной России. Пустынь стала одним из духовных центров русского Православия того времени. Офицеры и чиновники, священники и монахи, крестьяне и ремесленники, промышленники и торговцы — все они, мужчины и женщины, старики и молодежь, молодые супруги и юные девы, обновлялись духом, принимая наставления старцев Зосимовой пустыни, и уносили с собой в мир ее особенный свет — отблеск Света Невечернего.
Читайте непременно молитву Иисусову: имя Иисусово должно быть постоянно у нас в сердце, уме и на языке: стоите ли, лежите ли, сидите ли, идете ли, за едой — и всегда-всегда повторяйте молитву Иисусову. Это очень утешительно! Без нее нельзя. Ведь можно молитву Иисусову и короче говорить: это отцы святые советуют для новоначальных. Это полезнее и крепче будет. Помните шесть слов: "Господи Иисусе Христе, помилуй мя, грешнаго". Повторите медленнее: "Господи Иисусе Христе, помилуй мя, грешную" — и еще медленнее: "Господи — Иисусе — Христе, — помилуй мя, — грешную". Так хорошо!
Учитесь самоукорению: без него нельзя. Вот я пятьдесят лет в монастыре живу, мне семьдесят шесть лет, слепой, еле ноги передвигаю; и только потому меня Господь милует, что я вижу свои грехи: свою лень, свое нерадение, гордость свою; и постоянно себя в них укоряю — вот Господь и помогает моей немощи.
Молитва — это главное в жизни. Если чувствуете лень, нерадение, что же делать? Таков уж есть человек! А вы молитесь Богу в полном внимании, просто, как дети, говорите слова молитвы Самому Господу: "Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя, грешную". Господь Сам знает, что вы — грешная. Так и молитесь: "Господи Иисусе Христе, помилуй мя". Так легче, короче и лучше будет внимание удерживать на словах. Вот так и молитесь.
Вникайте в каждое слово молитвы умом; если ум отбежит, опять его возвращайте, принуждайте его тут быть, а сами языком слова молитвы повторяйте. Так будет хорошо! А сердце пока оставьте и не думайте о нем, довольно вам такой молитвы. Главное, чтобы чувство самоукорения неотступно было бы. чувство своей греховности и безответности — перед Богом. Разве это трудно? Говорите: "Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя, грешную" — и чувствуйте, что говорите. Вы говорите: "Страшно". Но разве сладчайшее имя Господа может быть страшно? Оно благодатно, но надо произносить Его с благоговением. Епископ Феофан говорит: "Надо стоять перед Богом, как солдат на смотру". А укорять себя надо не только в дедах плохих. Дел-то греховных у вас, может быть, и немного, а за мысли греховные тоже будем отвечать.
После смерти преподобного Варнавы из Гефсиманского скита многие из его духовных чад обратились за помощью и поддержкой к преподобному Алексию, старцу и духовнику Зосимовой пустыни. Старчество стало самым главным делом монашеской жизни преподобного Алексия. К нему стремились государственные деятели, митрополиты и архиепископы, епископы и архимандриты, священники и простые монахи, военные, врачи, чиновники, учителя, профессора и студенты, рабочие и крестьяне. Можно было удивляться, как его больное сердце выдерживало это огромное напряжение. Телесная немощь и чувство близости смерти вынудили его в 1916 году "уйти от мира". Выйти из затвора старцу пришлось лишь для того, чтобы участвовать во Всероссийском Поместном Соборе, на котором было решено восстановить на Руси патриаршество. Вынуть жребий поручили преподобному Алексию. В воскресенье 5 (18) ноября в храме Христа Спасителя он вынул жребий, и митрополит Владимир огласил имя избранника Божия — святителя Тихона.
После закрытия пустыни старец жил в Сергиевом Посаде, у своей духовной дочери.
"Если нет духа исповедничества, трудно будет умирать. Тяжело будет отвечать перед Богом, которого не исповедовала открыто, а только тайно, боясь насмешек. Ты стыдилась отвечать неверующим, открыто исповедовать свою веру. Всегда, при любых обстоятельствах, можно говорить о Боге. Например, дети тебе скажут: "Нам не удается какая-то арифметическая задача". А ты в ответ: "Ничего, с Божией помощью одолеете ее. Молитесь Богу усерднее" и т. д. На каждом шагу можешь так поступать.
"Знаешь ли ты, — поучал старец, — что люди оттого только и страдают, что не понимают истинного самоотречения во имя Распятого нас ради. Помни, где горе, где беда, ты должна быть первой. Много слез сокрушенного сердца проливает человек, чтобы сделаться способным утешать других о Господе. Нужно идти туда, где тяга душевная так мучает человека, что он склоняется на самоубийство. Это нелегкий подвиг, граничащий с истинным распятием собственной греховности, ибо только тот может уврачевать отчаявшегося, кто сам, силой своего духа, сможет взять на себя его душевное страдание".
"Нет ничего удивительного, что ты страдаешь, — нередко говорил старец, — это нужно, чтобы понять страдания других. Терпи, Христос, будучи безгрешным, терпел поношения от твари, а ты кто такая, чтобы не страдать? Знаешь ли ты, что душа очищается страданием; знаешь ли, что Христос помнит тебя, если Он посещает тебя скорбями. Избрать путь жизни самой труднее всего. При вступлении в жизнь нужно молить Господа, чтобы Он управил твой путь. Он, Всевышний, всякому дает крест сообразно со склонностями человеческого сердца. Кто тебе сказал, что Бог наказывает людей за грехи, как принято у нас часто говорить при виде ближнего, впавшего в какую-либо беду или болезнь. Нет, пути Господни неисповедимы. Нам, грешным, не надо знать, почему Всесильный Христос часто допускает непостижимые для человеческого ума как бы несправедливости. Он знает, что Он делает и для чего. Ученики Христовы никогда не думали, что Христос даст им счастье, в смысле земного благополучия. Они были счастливы лишь духовным общением со Сладчайшим своим Учителем. Ведь Иисус явился в мир для того, чтобы Своей жизнью утвердить Своих последователей в мысли, что земная жизнь есть непрестанный подвиг. Христос мог избежать Своего страдания, однако Он Сам добровольно пошел на крест. Бог любит особенно тех, кто добровольно идет на страдания Христа ради".
Старец требовал: "Принуждай себя к милосердию, к добру к ближним, нужно помогать нуждающимся, развивать в себе жалость и любовь".