Родина высоко оценила заслуги Н. М. Пржевальского и увековечила память о нем. Город Каракол в 1889 г. был переименован в Пржевальск.[60]
У могилы великого путешественника, на высоком берегу Иссык-Куля, в 1893 г. был сооружен величественный памятник. Он создан по проекту друга Н. М. Пржевальского генерала А. А. Бильдерлинга скульптором И. Н. Шредером.
Памятник выполнен в виде гранитной скалы, на вершине которой распростерший крылья большой бронзовый орел — олицетворение ума, силы и бесстрашия. В клюве орла оливковая ветвь — эмблема мирных завоеваний науки, под когтями — карта Азии с маршрутами путешествий Пржевальского. На лицевой стороне скалы, в верхней части, выделяется бронзовый крест, под ним, в середине скалы, куда ведут высеченные в ней ступени, — увеличенная бронзовая медаль с барельефом путешественника. Под медалью — высеченная в камне надпись: «Николай Михайлович Пржевальский. Первый исследователь природы Центральной Азии. Род. 31 марта 1839 г., ск. 20 окт. 1888 г.».
В советское время по соседству с памятником вырос поселок городского типа Пристань-Пржевальск, подчиненный Пржевальскому горсовету. Город Пржевальск стал центром Иссык-Кульской области Киргизской ССР.
Годом раньше, чем на Иссык-Куле, Пржевальскому был поставлен памятник в Петербурге. Здесь, напротив Адмиралтейства, недалеко от памятников В. А. Жуковскому, Н. В. Гоголю, М. Ю. Лермонтову, М. И. Глинке, на постаменте в виде гранитной скалы установлен бронзовый бюст Пржевальского. У подножия постамента лежит навьюченный верблюд — олицетворение экспедиций. Памятник сооружен также по проекту А. А. Бильдерлинга скульптором И. Н. Шредером.
Недалеко от могилы Пржевальского в 1959 г. открыт первый мемориальный музей, экспонаты которого рассказывают о жизни и деятельности великого путешественника.
В связи со 125-летием со дня рождения Н. М. Пржевальского в 1964 г. село Слобода переименовано в село Пржевальское. Тогда же в нем был открыт народный краеведческий музей с экспозицией о Пржевальском. В 1974 г. село Пржевальское было преобразовано в поселок городского типа, а в 1975 г. завершилось восстановление дома Н. М. Пржевальского, который он построил незадолго до кончины (дом в 1941 г. был сожжен гитлеровцами). Ныне здесь открыт второй мемориальный музей Н. М. Пржевальского.
Русское географическое общество утвердило в 1891 г. в честь Н. М. Пржевальского Большую серебряную медаль и премию его имени. В том же году первыми получили медаль им. Пржевальского за труды по изучению Центральной Азии геолог К. И. Богданович, географы П. К. Козлов и В. И. Роборовский, а премию — географ, зоолог и востоковед Г. Е. Грумм-Гржимайло.
В связи со столетием Географического общества в 1946 г. было утверждено новое положение о его медалях и премиях. Кроме Большой золотой медали, присуждаемой раз в три года, учреждены золотые медали имени Ф. П. Литке, П. П. Семенова и Н. М. Пржевальского, присуждаемые раз в два года. Золотая медаль им. Н. М. Пржевальского присуждается за труды по картографии, геодезии, математической географии, геоморфологии, военной географии, за важные по научным результатам путешествия в малоизвестные местности. Первым Золотой медалью им. Н. М. Пржевальского был награжден в 1947 г. Э. М. Мурзаев — за географические исследования в МНР.
По случаю столетия со дня рождения Н. М. Пржевальского (1839 — 1939) в 1940 г. вышел специальный выпуск «Известий Всесоюзного географического общества» с посвящением:
Великому путешественнику
Николаю Михайловичу Пржевальскому,
навеки прославившему русское имя
и беззаветно отдавшему свою жизнь
на служение науке и Родине
В сборнике помещены статьи крупных ученых о Пржевальском и опубликованы его дневники второго и начала пятого путешествий в Центральную Азию, автобиографический рассказ, «Воспоминания охотника» и письма к казаку Телешову.
Имя Николая Михайловича Пржевальского навсегда вошло в науку. Оно присвоено некоторым из открытых им животных и растений. Его имя носят хребет в системе Куньлуня, ледник на Алтае и ледник в горном узле Хан-Тенгри, полуостров на острове Итуруп в Курильской гряде.