Корневая система вишни располагается на разной глубине в зависимости от сортовых особенностей.
Для порослевой вишни характерно неглубокое залегание корней (основная масса корней находится в слое почвы 20–50 см от поверхности земли). В ширину они могут распространяться на 5–6 м и больше. Они хорошо разветвлены, но общая мочковатость системы невелика.
Корни сеянцевых растений уходят глубже.