Модификация появилась в апреле 1944 года. Это был высотный истребитель, оснащенный двигателем ВК-105ПД с двухступенчатым наддувом. Расчеты показали возможность достигнуть потолка 12900 метров. На высоте 5000 метров максимальная скорость составляла бы 656 км/ч, высоту 10000 метров самолет набирал бы за 10,8 минут. Практические характеристики оказались немного хуже расчетных. В январе высотный двигатель установили на планере Як-3 (36–20). В феврале провели два пробных полета. Удалось достичь высоты лишь 9000 метров, после чего давление топлива упало до нуля. 19 февраля 1945 года самолет передали в ЛИИ. Тут он получил новый двигатель с наддувом Э-100, а испытания продолжались до 5 мая 1945 года. Кроме того, самолет получил новое вооружение, состоявшее из пушки НС-23 (60 выстрелов). Размах крыльев увеличили на 60 см. двигатель вращал винт ВИШ-105Л-2 диаметром 3 метра. Хотя самолет имел потолок 11500 метров, на практике лететь горизонтально на высотах более 10000 метров истребитель не мог из-за перегрева двигателя.
Работы по созданию высотной модификации Яка-3 велись и на базе машины 44–19, выпущенной на заводе № 292. Истребитель оснастили двигателем М-105ПВ и винтом ВИШ-105ТЛ-2, в конструкцию самолета внесли ряд других изменений. Заводские испытания продолжались с 29 сентября по 7 октября 1944 года. На них не ставилось целью достичь максимального потолка, а шло исследование работы двигателя и измерение скорости полета на разных высотах. Кроме того, аналогичные испытания проводились со стандартным винтом ВИШ-105СВ-01. Двигатель работал неустойчиво, поэтому и эту машину отправили в ЛИИ.
Тут на машину установили новый двигатель ВК-105ПВ с наддувом Э-100, а также внесли в конструкцию машины ряд других изменений. В результате самолет смог подняться на высоту 13300 метров. Возросла и скорость самолета — на 11000 метрах истребитель развил 710 км/ч. Вооружение состояло из пушки НС-23 (60 выстрелов), взлетная масса 2625 кг.
Несмотря на обнадеживающие результаты Як-3ПД с двигателем ВК-105ПВ в серию не пошел, хотя испытания его продолжались до 1947 года.