Окраска и обозначения Яков-7 и -9 почти не отличались от окраски Яков-1 и 3. Яки -1 и Яки-7 эксплуатировались одновременно, и имели одинаковый, соответствующий тому периоду, камуфляж: верхние и боковые поверхности были окрашены в зеленый цвет, с нанесенными поверх него черно-зелеными или черными пятнами. Низ фюзеляжа имел стандартную светло-голубую окраску. Ввиду того, что для нанесения камуфляжа, как правило, применялись воздушные краскораспылители, то границы между цветами были обычно размытыми. Такой же камуфляж использовался и на Як-9.
Расположение пятен на отдельных самолетах отличалось друг от друга. Хотя и имелся стандартный образец камуфляжа, но трафаретов для его нанесения не существовало. В частях, зимой 1941/42 годов, а так же зимой 1942/ 43 годов, на стандартный камуфляж очень часто наносилась белая легкосмываемая краска, для того, чтобы самолеты не выделялись на фоне земли. Эта краска была очень нестойкой, поэтому каждый самолет в результате имел свой собственный неповторимый камуфляж.
В некоторых частях верхние поверхности консолей крыльев окрашивались красной краской, либо ей же окрашивалась передняя часть фюзеляжа, для того, чтобы самолет можно было легче найти после вынужденной посадки. На аэродромах такие машины укрывались чехлами.
В июле 1943 года была разработана новая схема окраски. В соответствии с ней верхние и боковые поверхности Яков окрашивались двумя оттенками серого цвета. Полотняная и фанерная обшивка окрашивалась темно-серой краской АМТ-12 и серо-голубой АМТ-14, тогда как металлические части красились соответственно темно-серой А-32М и серо-голубой А-33М. Низ планера продолжал оставаться светло-голубым. В соответствии с директивой, границы между цветами на верхних и боковых поверхностях должны были быть резкими, хотя этого и не всегда придерживались, особенно в последний период войны. Этот камуфляж продержался до 1945 года. Таким образом, окрашивались Як-9 и поздние Як-7. В конце войны начала использоваться однотонная окраска в светло-серый цвет.
После войны Яки-9П чаще всего летали окрашенными в светло-серый цвет. Это относится и большинству послевоенных Яков, эксплуатировавшихся в других странах (например Польша, Корея). В Польше в конце 40-х годов часто окрашивали Яки, особенно учебные, в однотонный зеленый цвет (на верхних и боковых поверхностях), низ оставался светло-голубым.
Сборочная линия на заводе в Новосибирске. Як-7Б, 22-й производственной серии. Пространство за кабиной пилота, закрывалось крышкой из фанеры, откидывающейся на правую сторону. Надпись на лопастях винта: «Фронту сверх плана».