Ф.6 — Госархив, разряд VI — Уголовные дела по государственным преступлениям;
Ф.7 — Госархив, разряд VII. — Преображенский приказ, Тайная канцелярия и Тайная экспедиция Сената;
Ф.199 — Портфели Г.-Ф. Миллера;
Ф.248 — Сенат;
Ф.259 — Секретная экспедиция I департамента Сената;
Ф.349 — Тайная канцелярия, Казанская и Оренбургская секретные комиссии;
Ф.1100 — Оренбургская губернская канцелярия («Канцелярия оренбургского губернатора И. А. Рейнсдорпа»);
Ф.1274 — Фамильный архив Паниных.
Ф.8 — Генерал-аудиторская экспедиция Военной коллегии;
Ф.13 — Казачья экспедиция Военной коллегии;
Ф.20 — Секретная экспедиция Военной коллегии;
Ф.41 — Канцелярия президента Военной коллегии Н. И. Салтыкова;
Ф.52 — Канцелярия шефа иррегулярных войск Г. А. Потемкина;
Ф.405 — Департамент военных поселений;
Ф.489, Ф.490 — Коллекции офицерских сказок;
Ф. ВУА — Военно-ученый архив.
Ф.1343 — Департамент герольдии Сената.
Ф.2 — Уфимское губернское правление;
Ф.138 — Уфимская казенная палата.
Ф.6 — Канцелярия оренбургского генерал-губернатора;
Ф.49 — Бердское станичное правление;
Ф.98 — Оренбургская казенная палата;
Ф.172 — Оренбургское духовное правление;
Ф.173 — Оренбургская духовная консистория.
Ф.43 — Архив К. А. Буха;
Ф.222 — Архив П. И. Панина.