Система органов бюджетного контроляпредусмотрена положениями ст. ст. 266–270 БК РФ.
Представительные (законодательные) органы всех уровней власти создают свои контрольные органы.
На федеральном уровне таким органом является Счетная палата РФ, созданная в соответствии с положениями Федерального закона от 11 января 1995 г. № 4–ФЗ «О Счетной палате Российской Федерации», на региональном уровне – представительными (законодательными) органами власти субъектов РФ создаются собственные контрольно—счетные палаты, деятельность которых регулируется законодательством соответствующего субъекта. Органами местного самоуправления создаются муниципальные органы контроля в соответствии с требованиями, закрепленными в Федеральном законе «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» и нормативных правовых актах соответствующих органов местного самоуправления.
Бюджетный контроль осуществляют органы исполнительной власти и органы местного самоуправления: Федеральная служба финансово—бюджетного надзора, Федеральное казначейство, финансовые органы субъектов РФ и муниципальных образований, главные распорядители, распорядители бюджетных средств. Формы и порядок осуществления контроля органами исполнительной власти, органами местного самоуправления устанавливаются Бюджетным кодексом РФ, иными актами бюджетного законодательства и нормативными правовыми актами РФ, субъектов РФ и органов местного самоуправления.
Федеральная служба финансово—бюджетного надзора и Федеральное казначейство действуют в соответствии с Положением о Федеральной службе финансово—бюджетного надзора (утв. постановлением Правительства РФ от 15 июня 2004 г. № 278) и Положением о Федеральном казначействе (утв. постановлением Правительства РФ от 1 декабря 2004 г. № 703).
Контрольные органы исполнительной власти субъектов РФ создаются в соответствии с законодательством соответствующего субъекта РФ (законы и кодексы субъекта РФ, нормативные правовые акты высших должностных лиц исполнительных органов власти), а контрольные органы местного самоуправления – в соответствии с нормативными правовыми актами муниципальных образований.
Главными распорядителями и распорядителями бюджетных средств являются органы исполнительной власти и иные прямые получатели средств бюджета, которые осуществляют внутриведомственный финансовый контроль. Названный контроль проводится в подведомственных учреждениях и организациях контрольно—ревизионными отделами министерств и ведомств, соответствующими управлениями исполнительных органов власти. Контрольные функции названными органами осуществляются в соответствии с нормативными правовыми актами соответствующего уровня, определяющими порядок работы указанных органов.