Эстуа́рий (от лат. aestuarium – затопляемое устье реки) – однорукавное, воронкообразное устье реки, расширяющееся в сторону моря.
Образование эстуария происходит, если приносимые рекой наносы удаляются морскими течениями или приливом и прилегающая к устью часть моря имеет значительные глубины; в этих случаях отложение наносов не происходит даже при большом их выносе на устьевом участке.
Противоположностью эстуария является дельта – устье, разделенное на несколько проток.