Вернувшись из Америки в Европу, Реклю вступил на французскую почву таким же бедняком, каким он отправился в Америку четыре года тому назад. Из Нового Света он вывез только богатый запас впечатлений и наблюдений над жизнью природы.
С первого же дня по приезде во Францию перед Реклю встал материальный вопрос, который требовал немедленного разрешения. Реклю избрал местом своего жительства Париж, где жил его брат Эли и куда его привлекала возможность пополнять свои знания и образование.
Первое время по приезде в Париж Реклю снова принялся за преподавание языков, но это занятие ему совершенно не нравилось, в чем он откровенно сознавался сам: «я мало люблю профессию преподавателя языков, — писал он одному из друзей, — но я чувствую себя счастливым, когда мне приходится говорить о геологии, истории и географии, — мысль, что я мог бы быть преподавателем географии, наполняет радостью все мое существо».
Но, не имея на преподавание географии официального диплома, Реклю было трудно рассчитывать добиться места преподавателя этого предмета.
«Мне остается только выбор, — писал Реклю, — или поступить служащим в какую-нибудь торговую контору или, в лучшем случае, устроиться секретарем при редакции какого-нибудь журнала».
Однако, к счастью, этого не случилось. Благодаря своим знаниям в области географии, Реклю скоро удалось найти литературную работу в крупной издательской фирме, в Париже, «Ашет и К°». Эта фирма предприняла в то время издание целой серии путеводителей, известных под названием «Guides-Joanne». В эти сухие справочные книжки для путешественников Реклю сумел внести столько живого и интересного, что фирма Ашет стала очень дорожить сотрудничеством Элизе Реклю.
В конце 1858 г. Элизе Реклю женился на одной молодой девушке-мулатке, дочери негритянки из Сенегала и одного торговца из Бордо. Молодая женщина оказалась преданной и любящей подругой своего мужа. Живя в Париже и работая в издательстве Ашета, Реклю стал принимать также участие в журнале «Revue des Deux Mondes», в «Bulletins de la Societe de Geographie», в «Revue Germanique» и в журнале «Le Tour du Monde». Статьи Реклю в этих изданиях обратили на себя внимание, и Парижское Географическое Общество избрало Реклю своим членом.
Литературная деятельность Реклю не ограничивалась, однако, только статьями географического характера. Им была написана также статья об Американской войне, имевшая целью выяснить великую освободительную роль Авраама Линкольна. Эта статья оказала большое влияние на общественное мнение Франции в пользу Линкольна и северян, так что посланник Северо-Американских Соединенных Штатов пожелал отблагодарить молодого писателя за услугу, оказанную его отечеству, крупной денежной суммой. Однако Реклю категорически отказался от предложенных денег, несмотря на то, что он в то время терпел недостаток в материальных средствах.
Находясь на службе у Ашета, Реклю много путешествовал по Европе, собирая материал для путеводителей Жоана. Таким образом он посетил Германию, Швейцарию, Италию, Францию, Испанию и Англию.
В свободное от занятий время Реклю обрабатывал свое сочинение «Земля», которое он задумал еще в Ирландии в 1852 г. Первый том этого сочинения вышел в конце 1868 г. и сразу поставил автора в ряды лучших ученых-географов девятнадцатого века. Это сочинение было переведено на многие европейские языки и выдержало несколько изданий.
Но одна только научная деятельность не могла удовлетворить кипучую натуру Реклю и он, вместе с братом Эли, принимал участие в общественном движении того времени. В эту эпоху во Франции снова стало крепнуть республиканское и рабочее движение, и быстро распространялись рабочие союзы и кооперативные общества. Оба брата Реклю принимали активное участие в этом движении и одно время издавали кооперативный журнал. В 1865 г. Элизе Реклю стал членом знаменитого «Международного Товарищества Рабочих».
В этот же период своей жизни Элизе Реклю близко сошелся со многими русскими деятелями освободительного движения, между прочим с Герценом, Бакуниным, Жуковским, Благосветловым (издателем журнала «Дело»), Вырубовым и др. Позднее, в числе своих ближайших друзей Реклю считал П. А. Кропоткина и Л. И. Мечникова, которых он впоследствии пригласил к себе в сотрудники по составлению «Всеобщей Географии».
В 1869 г. Реклю постигло большое несчастие: у него умерла любимая им жена, не вынесшая европейского климата, оставив на руках Реклю двух маленьких девочек.
Между тем над Францией в это время собирались тучи социальной грозы. Республиканское и рабочее движение росло и крепло с каждым днем и император Наполеон III, чтобы спасти свой колеблющейся трон, предпринял в 1870 г. войну с Германией, но был побежден немцами и разбит при Седане.
После того, как немцы взяли в плен французского императора, в Париже была провозглашена республика. В это время немецкие войска уже подступали к стенам Парижа. Республиканцы спешно организовали национальную гвардию для защиты родного города. Элизе Реклю был одним из первых, записавшихся в ряды гвардии, хотя как отец семейства, он и имел право быть освобожденным от участия в военных действиях. Вскоре Реклю перешел в воздухоплавательную команду, организованную его близким другом фотографом Надаром, которому он помогал в установке правильных сношений при посредстве воздушных шаров осажденного Парижа с остальными городами Франции. Своих малолетних дочерей Реклю отправил в Нормандию, в местечко Вакёйль, под присмотром одной своей знакомой, Фанни Лерминец, на которой он вскоре и женился.
Между тем в начале 1871 г. республиканское правительство решило сдать Париж немцам. Этот поступок вызвал взрыв негодования всего парижского народа, и национальная гвардия не захотела отдать свое оружие, решив продолжать защиту Парижа. 18-го марта 1871 г. в Париже вспыхнула снова революция, и Париж был объявлен свободным и независимым городом-коммуной. Республиканское правительство бежало в Версаль и собрало войско, которое было послано на усмирение восставшего Парижа.
4-го апреля версальские войска окружили Париж сплошным кольцом и решили прекратить доступ в город всяких съестных припасов. Тогда осажденные сделали вылазку около Шатильонского холма. В этой вылазке приняли участие и братья Реклю, но их отряд был разбит версальцами и Элизе попал в плен. В этот день — пятого апреля — Элизе Реклю пережил всевозможные нравственные и физические страдания и перенес много унизительных оскорблений. Этот день остался памятным для Реклю на всю жизнь. В Версале Реклю вместе с другими пленниками заковали в кандалы и отправили в Брест.
В Бресте Реклю, ожидая суда заканчивал второй том «Земли». Несмотря на просьбу самого Реклю и его друзей о том, чтобы снять с него ручные кандалы, страшно мешавшие ему писать, правительство не разрешило Реклю этой льготы, и Элизе заканчивал скованными руками описание жизни на земле, призывая людей к любви к природе и ко всему живущему.
После шестимесячного пребывания в разных тюрьмах и на понтонах в Бресте, Реклю был снова переслан этапным порядком в Версальскую тюрьму и 15-го ноября 1871 г. был приговорен военным судом к вечной ссылке на поселение. (Во Франции местом ссылки служили тогда далекие острова Новой Каледонии.)
Такой жестокий приговор суда вызвал сильное негодование среди всех европейских ученых, и в Англии образовался особый комитет для защиты Элизе Реклю. Во главе этого комитета стали знаменитый Чарльз Дарвин, Уоллес, Карпентер и др. Этот комитет составил петицию французскому правительству, требуя смягчения приговора. «Мы осмеливаемся думать, — говорилось в петиции, — что жизнь такого человека, как Элизе Реклю, услуги которого, оказанные литературе и науке и признанные многочисленной публикой, кажутся нам лишь обещанием других еще более крупных заслуг, — мы осмеливаемся думать, что жизнь этого человека принадлежит не только его родной стране, но и целому миру, и что, обрекая такого человека на вынужденное молчание или заставляя его томиться далеко от центров цивилизации, Франция нанесет себе большой ущерб и уменьшит принадлежащее ей по праву свое моральное влияние в целом мире».
Под давлением этой петиции, подписанной выдающимися европейскими учеными, французское правительство в феврале 1872 г. заменило вечную ссылку десятилетним изгнанием Реклю из пределов Франции.
14-го марта 1872 г., то есть почти через год после ареста, Реклю был доставлен в закрытой арестантской карете, с кандалами на руках, на границу Швейцарии и здесь был выпущен на свободу.
Разбитый нравственно и полубольной физически от тюремной жизни и перенесенных унижений и оскорблений, Реклю направился в Цюрих, куда удалось бежать из Парижа его брату Эли.