Одна из наиболее важных современных концепций, представляющих собой усовершенствование эволюционной теории, — это концепция периодически нарушаемого равновесия, впервые предложенная Н. Элдриджем и Стивеном Джеем Гоулдом в 1972 году. Эти ученые заметили, что порой среди окаменелостей начинают попадаться новые виды, которых не было в отложениях предыдущих эпох, тогда как другие виды оставались неизменными на протяжении миллионов лет. Однако то, что кажется быстрым по геологической шкале, не обязательно таково с точки зрения генетического времени. В конце 1970 годов А. Р. Темплтон провел генетические исследования, в ходе которых доказал, что образование нового вида может произойти не за тысячи, а за десятки поколений и при относительно малых генетических различиях.
Среди тех окаменелостей, что были собраны ко времени Чарлза Дарвина, наблюдались большие хронологические пробелы, но при этом были и очевидные доказательства неожиданного появления многих новых форм в один и тот же геологический промежуток времени. Эволюция, как может показаться, двигалась не равномерно, а рывками. Долгие периоды времени, в течение которых определенные виды сохранялись в почти неизменном виде, чередовались с периодами бурного развития и появления новых видов, которые в свою очередь оставались неизменными на протяжении следующего периода. Таким образом, долгие периоды стабильности перемежались с быстрыми периодами перемен. Это эпизодическое, а не постепенное изменение, было названо «периодически нарушаемое равновесие». Это отличается от положений классического дарвинизма, в котором всячески подчеркивалась роль постепенных изменений и размеренного, последовательного развития.
Видообразование млекопитающих в эволюции было быстрым — около 100 семейств за 30 миллионов лет. В отличие от них моллюски развивались гораздо медленней; им потребовалось около 500 миллионов лет, чтобы достичь того же уровня многообразия, что и млекопитающим. Т. С. Уэстолл в 1949 году провел классические исследования ископаемых видов двоякодышащих рыб с целью выяснить особенности их медленной эволюции. Установив набор признаков каждого ископаемого рода, Уэстолл показал, что, начиная с середины палеозойской эры (около 400 миллионов лет назад), перемены во внешнем виде происходили быстро на протяжении первых 100 миллионов лет, но впоследствии резко замедлились, и за последние 150 миллионов лет не было никаких изменений.