После окончания гуситских войн феодалы приступили к восстановлению своего хозяйства. Но их затрудняло отсутствие рабочих рук. Поэтому основной целью землевладельцев было собрать ушедших крестьян и окончательно прикрепить их к земле. Используя свою политическую власть, землевладельцы начали постепенно ограничивать права крестьян. Крестьяне продолжали вести борьбу против землевладельцев, но ослабленные и разорённые, они были бессильны остановить начавшееся юридическое оформление крепостнических отношений. Лишив крестьян права свободного выхода, сейм тем самым отнял у них право распоряжаться собственным имуществом. Землевладельцам разрешалось брать крестьян к себе в услужение. Крестьяне постепенно лишились всех гражданских прав. Захватив церковные земли и закрепостив крестьян, паны-чашники стали менее враждебно относиться к феодалам-католикам. Этому содействовало единство классовых интересов и равноправие обеих религий. Паны-католики и паны-чашники были равно заинтересованы в порабощении крестьян.
Развитие крепостнических отношений привело к дальнейшему росту и распространению «Общины чешских братьев». Вследствие этого классовые противоречия осложнились и облеклись в религиозную оболочку. Паны были католиками или чашниками, крестьяне — «чешскими братьями».
«Община чешских братьев», теоретически отрицая крепостное право, была противником открытой борьбы, но само её существование свидетельствовало о наличии антифеодальных настроений в недрах крестьянства. В глазах католиков и чашников «чешские братья» были еретической сектой, подлежащей уничтожению, так как за их религиозными взглядами скрывались антифеодальные настроения. Сближение панов-католиков с панами-чашниками содействовало избранию на престол Фердинанда из династии Габсбургов, связанного родственными узами с чешским королевским домом. Выбор короля из династии Габсбургов определялся и внешнеполитическим положением Чехии. После битвы при Могаче 1526 г. турецкая опасность нависла над Европой. Венгрия была завоёвана турками, другим странам восточной Европы грозила та же опасность. Австрия была страной, для которой турецкая опасность была очень серьёзной. Австрия объединяла несколько областей. Поэтому Чехия в её составе и под её охраной могла считать себя в наибольшей безопасности от турецкой угрозы. Этот момент сыграл большую роль в решении сейма 1526 г., избравшего Фердинанда Габсбурга королём Чехии. Фердинанд подтвердил все права и вольности чешского королевства и признал, что он вступил на престол по свободному избранию чешских сословий. Однако, став королём, Фердинанд I (1526–1564) не выполнил своих обещаний и перестал считаться с чешскими правами. Он стремился ликвидировать привилегии земель чешской короны. Уже в 1528 г. он запретил крайским гетманам (местным правителям) созывать крайские (областные) съезды, оставив право их созыва за собой (фактически он созывал их очень редко). Фердинанд I желал уничтожить права сословий и считал себя таким же неограниченным монархом, каким был в Испании его брат Карл V. Конфликт с правящим классом был неизбежен.
Как католик и представитель класса феодалов, Фердинанд I вступил в борьбу с «чешскими братьями». Он преследовал их как носителей антифеодальных взглядов, как национальную и культурную организацию, препятствующую наступлению на крестьянские права и национальную культуру, созданную в период гуситского движения. Мероприятия Фердинанда I вызвали всеобщее возбуждение в стране. Феодалы выступили в защиту своих прав и привилегий «чешской короны». В 1547 г. в Праге без разрешения короля собрался сейм. Сейм принял решение о созыве ополчения для защиты государства. Фердинанд I подавил выступление феодалов и подверг его участников жестоким карам. Под давлением Фердинанда I сейм, собравшийся в августе того же года, признал наследственность чешского престола за династией Габсбургов. Города подверглись репрессиям. Он ограничил городское самоуправление, поставив его под контроль своих чиновников — судей и гетмана. Города, за исключением четырёх — Праги, Пльзена, Будейовиц и Усти на Лабе были лишены права представительства на сейме. Городское имущество было конфисковано в пользу короля. Он запретил собрания «чешских братьев», а их церкви распорядился отдать католикам или чашникам. Большое количество лиц, в первую очередь пражан, было изгнано, а их имущество конфисковано. В начале 1548 г. Фердинанд I предложил «чешским братьям» присоединиться к католикам или покинуть Чехию в течение 6 недель. Однако только немногие из них выполнили королевское распоряжение. Обрушившись на чешское мещанство, мелких феодалов, Фердинанд I стремился привлечь на свою сторону крупных землевладельцев католиков-чашников. Для борьбы с национально-религиозной оппозицией Фердинанд I призвал в Чехию иезуитов, которые основали там свою Академию. Для более тесного объединения с Австрией на Чехию была распространена компетенция австрийских центральных учреждений.
Класс феодалов был не в силах один, без поддержки народа, противодействовать королю, а гонения на «чешских братьев» отвечали его классовым интересам.
Распространение протестантизма (лютеранства) среди мещанства и сближение чашников с протестантами несколько укрепляло положение оппозиции. Чтобы отвлечь чашников от сближения с протестантами, Фердинанд I добился от папы Пия IV разрешения на причащение под обоими видами. Это позволило папе сохранить власть над церковью чашников. Таким образом было внесено разложение в среду протестантов. Лагерь протестантской оппозиции был пёстрым по социальному составу: к нему принадлежали средние и мелкие землевладельцы, мещанство, крестьяне. Группировка протестантов (лютеран) была более аристократической по социальному составу по сравнению с демократическими общинами «чешских братьев». Борьба против политики Габсбургов содействовала объединению обеих групп. В 1575 г. лютеране и «чешские братья» выработали общее исповедание веры, так называемую Чешскую конфессию и составили проект организации церковного управления. Они потребовали от короля его признания, и Максимилиан, преемник Фердинанда I (1564–1576), вынужден был пойти на уступки панам, рыцарям и мещанству. Не утверждая «исповедания веры», Максимилиан II устно гарантировал панам и рыцарям-лютеранам свободу богослужения и право иметь своих защитников. Но мещанам не было предоставлено отдельное управление, и положение общин «чешских братьев» осталось без изменения.
Воспользовавшись борьбой между преемником Максимилиана II Рудольфом II (1576–1612) и братом его Матвеем, венгерским королём, чешские сословия потребовали от Рудольфа II подтверждения политических прав и религиозной веротерпимости. Рудольф II подтвердил политические права, но отказался подтвердить религиозные. Тогда против него вспыхнуло восстание, и 9 июля 1609 г. Рудольф II подписал знаменитый маестат-грамоту, которой подтверждал чешским панам, рыцарству, мещанам и крестьянам Чешскую конфессию 1575 г. В силу этого им было предоставлено право свободно совершать богослужение, иметь и строить церкви, учреждать школы. В руки протестантов был передан Пражский университет. Они получили право избрать из своего сословия тридцать дефензеров для защиты своих прав.
Королевский маестат был победой объединённых протестантских сил. Католики-паны вынуждены были подписать с ними договор о взаимной терпимости.
Впрочем, эти уступки были временными. Ни католики-паны, ни Габсбурги не желали примириться с предоставлением протестантам веротерпимости, в особенности с легализацией общин «чешских братьев».
Несмотря на королевскую грамоту, католическая церковь в лице пражского архиепископа Яна Логелия не считалась с маестатом 1609 г. и преследовала протестантов, встречая полную поддержку со стороны императора Матвея (1611–1619). Прокатолическая политика Матвея создала крайне напряжённое положение в стране. Оно стало ещё более острым с тех пор, как Матвей 29 июня 1617 г. короновал королём Фердинанда Штирийского, известного своей ненавистью к протестантам. Упадок торговли и ремесленной промышленности и рост крепостнических отношений ещё более обостряли внутреннее положение.
В 1618 г. протестанты съехались в Прагу с намерением подать жалобу императору, но ответ последнего не удовлетворил их.
Общее возбуждение, охватившее Прагу, переросло в восстание. Протестанты решили расправиться с своими главными противниками. Во время переговоров в Пражском кремле с королевскими советниками они выбросили из окна трёх из них (они остались живыми и бежали из Праги). Протестанты образовали своё правительство в составе 30 директоров из всех сословий, ввели налоги и приступили к организации войска.
Из страны были изгнаны иезуиты и высшее духовенство, бывшие проводниками влияния и опорой Габсбургов. Генеральный сейм чешской короны провозгласил себя законодательным органом и избрал королём после смерти Матвея главу южно-немецких протестантов курфюрста Фридриха Пфальцского (1619–1620).
Во главе восстания стояли чешские дворяне, но они не были поддержаны широкими народными массами. Военные силы восставших были незначительными. Фридрих Пфальцский не получил помощи от предполагаемых союзников, тогда как его противник, Фердинанд Габсбург, был поддержан Сигизмундом III — польским королём и седмиградским князем Габором, которому Фердинанд обещал Словакию. 8 ноября 1620 г. противники сразились в битве у Белой Горы около Праги, в которой немногочисленное чешское войско было разбито. Вожди восстания были арестованы и подверглись заточению. Имущество арестованных панов, рыцарей, мещан стоимостью в 500 млн. гульденов было конфисковано. 21 июня 1621 г. перед ратушей Старого города была совершена публичная казнь двадцати семи руководителей восстания, среди которых было трое мещан. Конфискованное имущество — имения и дома в городах — было роздано иностранцам, наводнившим страну.
После окончания гуситских войн в руках землевладельцев было сосредоточено огромное количество земель, как пустующих, так и населённых. Землевладельцы для восстановления своего хозяйства нуждались не в земле, а в рабочих руках. Поэтому земельные участки крестьян, которые считались наследственными, оставались пока в их владении. Крестьянство составляло основную силу, которая спасла Чехию от крестоносцев. В нём были живы гуситские традиции. Оно продолжало хранить их, несмотря на преследования первых Габсбургов.
Первые Габсбурги не посягали на чешскую культуру. Чешский язык оставался господствующим в суде, администрации, школе, в литературе, в церкви. В тот период появилось много оригинальных чешских произведений.
Переводились на чешский язык книги греческих и римских классиков.
После Белогорской битвы политическое, экономическое и культурное положение Чехии резко изменилось. Опираясь на панов-католиков и иностранцев, Габсбурги настойчиво проводили политику уничтожения всех следов гуситского движения. Монастыри всех орденов, основанные в Чехии, развернули активную деятельность. Руководители протестантских общин были изгнаны. Крестьян насильственно заставляли принимать католическую веру. В 1626 г. было предписано, чтобы все не-католики в течение двух месяцев присоединились к католической церкви под страхом изгнания из отечества. В ответ на это началась массовая эмиграция чешских средних и мелких землевладельцев. Среди эмигрантов был основатель современной педагогики Ян Амос Коменский и другие виднейшие чешские учёные.
Одновременно Габсбурги стремятся объединить Чехию с Австрией в административном и финансовом отношении. В 1627 г. Фердинанд II (1619–1637) опубликовал земский статут. Согласно ему сохранились чешское государство и связь земель чешской короны Чехии, Моравии и Силезии, но власть государя была очень расширена, а права сейма ограничены. Все высшие и некоторые низшие должностные лица отныне назначались королём и были больше королевскими, чем земскими чиновниками. Первым сословием в сейме стало духовенство, которое во время гуситских войн совсем не было в нём представлено. Немецкий язык стал государственным языком. Такими мероприятиями Габсбурги старались превратить Чехию в австрийскую провинцию и уничтожить всякое воспоминание об её национально-культурной самостоятельности.
В дальнейшем ходе Тридцатилетней войны Чехия была страшно разорена и опустошена. Страна обезлюдела. Из 3 млн. населения в ней сохранилось только 800 тыс. человек, сохранилось только 1/3 сельских усадеб. Ремесло и торговля захирели. Глубокий упадок царил в области культуры. Чешский язык сохранился только среди крестьян и ремесленников. Чешская интеллигенция, защищая родной язык, писала по-латыни. Чешская литература беспощадно преследовалась, печатать и распространять чешские книги можно было только нелегально. Чешские книги уничтожались. Пражский университет был отдан иезуитам. Своей ненавистью к чешской литературе особенно выделялся иезуит Антоний Кониаш. По его собственному утверждению, он сжёг 30 тыс. книг, из них не менее половины чешских. Им был издан список запрещённых книг «Ключ к еретическим заблуждениям», в котором он объявил еретическими все чешские книги, вышедшие с 1414 до 1620 г., а также и все чешские переводы библии.
Габсбурги не довольствовались уже осуществлёнными репрессиями против чешского населения. Они стремились ещё более жестокими мерами вырвать с корнем все остатки религиозной и народной оппозиции. Протестанты в Чехии были объявлены вне закона. Они изгонялись из страны, лишались имущества, в отдельных случаях подвергались смертной казни. Своей человеконенавистнической политикой Габсбурги подрывали производительные силы Чехии. Массовая эмиграция протестантов привела к дальнейшему падению ремесла и сельского хозяйства в Чехии.
Слабость Габсбургов сказалась уже в войне с Пруссией при императрице Марии-Терезии (1740–1780). Прусский король Фридрих II захватил у Австрии всю Силезию, кроме Тешинска и Опавска. Силезия была ной из наиболее развитых в промышленном отношении областей земель австрийского дома.
Одним из последствий разгрома Чехии была гибель среднего и мелкого дворянского землевладения. В руках крупных землевладельцев сосредоточилось 60 % всех деревень, тогда как у короля осталось только 4 %, а у духовенства — 10 %.
После окончания Тридцатилетней войны паны приступили к восстановлению своего хозяйства. Они захватили пустующие земли крестьян и расширяли свою запашку. Европа нуждалась в сельскохозяйственных продуктах. Чешские паны, используя благоприятную экономическую обстановку, стали поставщиками хлеба. Гост панской запашки при общем уменьшении численности сельского населения сопровождался увеличением отработочной ренты и оброков. Помимо этого население облагалось непосильными налогами. Особенно тяжелы были военные сборы (odrinarium militare) помимо разных экстраординарных налогов и натуральных поборов. Увеличение численности постоянного войска при Леопольде I (1657–1705) ещё более отягощало положение крестьян. Крепостное право создавало невыносимые условия жизни, и крестьяне поднимались на борьбу в 1652, 1668 и 1677 гг. Особенно крупным было восстание крестьян в северной, восточной и центральной Чехии в 1680 г. Вооружённые крестьяне направились к Праге и дошли почти до самой столицы. Восстание было жестоко подавлено Леопольдом I, множество крестьян было повешено. В 1693 г. произошло восстание ходов — чешских пограничников на западе Чехии — против немецкого графа Ламмингена, Вождь восстания Ян Козина остался в памяти чехов как национальный герой. Под давлением крестьянских движений австрийское правительство опубликовало так называемый рабочий патент, согласно которому крестьяне должны были отбывать барщину три дня в неделю. Подобные патенты были изданы в 1717 и 1738 гг., но они не имели практического значения. Землевладельцы с ними не считались, тем более, что патент узаконивал барщину по обычаю; во многих имениях шестидневная барщина была обычной. Кроме того, они не касались оброчных платежей. Итогом жесточайшей эксплуатации крестьян был колоссальный рост богатств чужеземных землевладельцев и величайшая бедность крестьян, отягощённых огромными контрибуциями. Землевладельцы, учитывая расширение ёмкости внутреннего рынка, увеличивали свою запашку, сокращая крестьянские наделы. Вследствие общего ухудшения экономического положения крестьян в 1775 г. вспыхнуло новое восстание крестьян в северо-восточной и восточной Чехии, самое крупное и наиболее организованное из волнений того времени. Размах его был так велик, что потребовалось сорок тысяч пехоты и четыре полка конницы для его подавления. Мария-Терезия, испугавшись восстания, издала в 1775 г. новый патент для Чехии и Моравии. Все крестьяне были разделены на несколько групп, и для каждой из них в зависимости от зажиточности устанавливалась точно фиксированная барщина. Экстраординарная барщина отменялась. Минимум барщины устанавливался не более трёх дней в неделю, но во многих местах она была меньше, и закон не разрешал увеличивать её там до указанной нормы. Однако патент 1775 г. мало улучшал положение крестьян. Поэтому этот закон не удовлетворял крестьян, и среди них возникло поверье, что чиновники утаили настоящий «золотой патент», полностью отменявший барщину. Волнения среди крестьян не прекращались. Между тем в экономической жизни Чехии намечались глубокие изменения. С потерей Силезии австрийская монархия осталась без промышленности. Тогда правительство обращает внимание на Чехию. В Чехии, в особенности в горных районах, получила значительное распространение кустарная промышленность. Крестьяне занимались прядением льна, шерсти и ткацким ремеслом. Свои продукты они сбывали на рынок через скупщика. Рядом с децентрализованной мануфактурой начали возникать и централизованные мануфактуры.
Ввиду спроса на суконные изделия, в особенности для снабжения армии, в Чехии создаются централизованные суконные и текстильные мануфактуры, а также стекольное и железное производство. Развивается добыча угля. В связи с развитием промышленности увеличивается население городов. В начале XVIII в. в Праге было 37 тыс. жителей, а в 1770 г. — 72, 5 тыс. Улучшаются пути сообщения, облегчавшие сбыт товаров.
Развитие мануфактурной промышленности увеличивало ёмкость внутреннего рынка. Сами землевладельцы начали сознавать, что крепостной труд задерживает развитие сельского хозяйства и препятствует росту производительности труда. Помимо этого развитие мануфактуры требовало свободных рук, которыми при наличии крепостнических отношений она не могла быть обеспечена. Иосиф II (1780–1790), идя навстречу интересам развивавшейся мануфактурной промышленности и потребностям помещичьего сельского хозяйства, в 1781 г. отменил личную крепостную зависимость, предоставил крестьянам право выбора профессии, вступления в брак и другие права, связанные с уничтожением ограничения личной свободы. Но все реальные повинности, связанные с владением землёй помещика, были оставлены, поэтому крестьяне по-прежнему были обязаны выполнять барщину и платить оброк.
Иосиф II стремился реформировать повинности крестьян во избежание новых крестьянских движений. В 1789 г. им был издан патент о повинностях, согласно которому 70 % дохода от крестьянского хозяйства должно было оставаться крестьянам. Остальные 30 % разделялись между государством и землевладельцем. Новый патент вызвал большое волнение в земледельческих кругах, и преемник Иосифа II — Леопольд II (1790–1792) поспешил его отменить.
Основной целью внутренней политики Габсбургов было образование централизованного государства на основе уничтожения всех особенностей областей, входящих в состав земель австрийского дома. Эта объединительная политика особенно настойчиво осуществлялась при Марии-Терезии и Иосифе II. При Марии-Терезии была введена общеземская подать, учреждено единое общеавстрийское постоянное войско с единством командования на немецком языке. Чехия лишилась своего отдельного бюджета и собственного войска. Объединяя Чехию с Австрией в финансовом отношении, Мария-Терезия также осуществляла объединение чешских центральных учреждений с общеавстрийскими. Местное и городское самоуправление заменялось назначаемыми центральным правительством чиновниками.
Деление Чехии на края было заменено новым губернским административным делением. Ещё более настойчиво проводил ту же политику сын Марии-Терезии Иосиф II. При Иосифе II началось прямое гонение на чешский язык. Чешские школы были уничтожены. Но опубликование Иосифом II патента о веротерпимости (1781) содействовало возрождению в Чехии гуситских религиозных традиций. Чехия стала вновь объектом усиленной немецкой колонизации, которой всячески покровительствовали Габсбурги. Но, несмотря на мероприятия, проводившиеся в целях германизации и денационализации чешского народа, последний не был побеждён. Он остался хранителем родного языка и национальной культуры.