Харуки Мураками родился 12 января 1949 в древней столице Японии, Киото. Дед — буддийский священник, содержал небольшой храм. Отец преподавал в школе японский язык и литературу, а в свободное время также занимался буддийским просветительством. В 1950 семья переехала в г. Асия — пригород порта Кобэ (префектура Хёго).
В 1968 поступил на Отделение театральных искусств университета Васэда на специальность классическая (греческая) драма. Учебу особенно не любил. Большую часть времени проводил в Театральном музее университета, читая сценарии американского кино.
В 1971 женился на своей однокашнице Ёко, с которой живет до сих пор. Детей нет.
Подробностями личной жизни он всегда делится неохотно. «Все, о чем я хотел сказать людям, я рассказываю в своих книгах».
Содержал свой джаз-бар «Питер Кэт» в районе Кокубундзи, Токио.
В апреле 1978 года, во время просмотра бейсбольного матча, понял, что может написать роман. До сих пор не знает, почему именно. «Я просто понял это — и все». Начал оставаться после закрытия бара на ночь и писать тексты.
В 1979 году опубликована повесть «Слушай песню ветра» — первую часть т. н. «трилогии Крысы». Мураками получил за нее литературную премию «Гундзо Синдзин-сё» — престижную награду, ежегодно присуждаемую толстым журналом «Гундзо» начинающим японским писателям. А чуть позже — национальную премию «Нома» за то же самое. Уже к концу года роман-призер был распродан неслыханным для дебюта тиражом — свыше 150 тысяч экземпляров в толстой обложке. Закончив в 1981 году «трилогию Крысы», Мураками продал лицензию на управление баром и занялся профессиональным сочинительством.
После закрытия своего джаз-бара бросил курить и начал заниматься сразу несколькими видами спорта. Ежегодно по два-три раза участвует в марафонских забегах в самых разных городах мира — Нью-Йорке, Сиднее, Саппоро и т. п. В начале 90-х гг. вел небольшое ток-шоу для полуночников на одном из коммерческих телеканалов Токио, беседуя о западной музыке и субкультуре. Выпустил несколько «гурманских» фотоальбомов и путеводителей по западной музыке, коктейлям и кулинарии. До сих пор любит джаз, и, хотя «в последнее время классики стало больше», известен своей коллекцией из 40.000 джазовых пластинок.
За последние 25 лет перевел на блестящий японский произведения Фитцджеральда, Ирвинга, Сэлинджера, Капоте, Пола Теру, Тима О'Брайена, все рассказы Карвера, а также сказки Ван Альсбурга и Урсулы Ле Гуин.
В 2002-м году основал с друзьями клуб путешественников «Токио сурумэ» (Токийская сушеная каракатица), основная цель которого — поездки по малоистоптанным японцами уголкам мира с последующими репортажами об этом в глянцевых токийских журналах. В частности, еще и потому не любит публиковать свои фотографии, дабы его пореже узнавали в лицо там, куда он приезжает неофициально.
Работает на Макинтоше и частенько изводит свою секретаршу, поклонницу Майкрософта, тем, что выбирает не тот формат при сохранении файлов…