22 июня 1914 года в Калькутте, в Бхакти Бхаване, Шрила Бхактивинода Тхакур исполнил свою игру ухода из этого мира. 27 декабря 1914 года рядом с Шри Свананда-сукхада-кунажей было открыто его самадхи.
В это время Сиддханта Сарасвати продолжал печатать Саджана Тошани и некоторые книги, которые Шрила Бхактивинода Тхакур не успел опубликовать при жизни.
17 ноября 1915 года, на Уттхана Экадаши, из этого бренного мира ушел Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи Махараджа. В этот напряженный момент руководители различных матхов, желавшие превратить самадхи Шрилы Гаура Кишора даса Бабаджи в инструмент сбора средств для удовлетворения личных потребностей, принялись ссориться. Рассказ очевидца этих событий приведен в Сарасвати-джаяшри — биографии Сиддханта Сарасвати.
«После ухода Бабаджи Махараджи возникло много волнений и противоречий по поводу того, кому достанется его самадхи. Хиралала Госвами и еще несколько человек собрались и послали Падманабху Брахмачари, по прозвищу Кришна Чайтанья дас, в Шридхаму Майяпур за Шрилой Прабхупадой (Шрилой Бхактисиддхантой Сарасвати Тхакуром), а мне велели идти с Ним. Переправившись через реку на пароме Кулии, я увидел Прабхупаду, босиком шедшего по берегу, голова его была покрыта зеленым чадаром. С ним был Шриюкта Парамананда Брахмачари. Было время Чатурмасьи — у Прабхупады были длинные волосы и борода. Я почтительно простерся перед ним, а затем подробно описал ему сложившееся положение. Переправившись на пароме через реку, Прабхупада прибыл в Рани Дхармашалу, где обычно останавливался Шрила Бабаджи Махараджа. Собравшиеся — главы вайшнавских обществ Навадвипы — начали спорить из-за духовно-блаженного тела Шрилы Бабаджи Махараджи, поскольку самадхи такой великой и совершенной личности могло бы стать в будущем средством увеличения денежного дохода. Шрила Прабхупада отмел все их незаконные притязания. Опасаясь нарушения общественного порядка, в Рани Дхармашалу прибыл полицейский инспектор Навадвипы, в то время это был следователь Специального отдела Рай Бахудар Ятиндранатха Синха Махашая.
После длительного спора собравшиеся бабаджи заявили: «Сарасвати Тхакур — не санньяси, поэтому у него нет никакого права отдавать или не отдавать самадхи тем, кто отрекся от мира». Прабхупада же ответил, и голос его был подобен грому: «Я — единственный ученик Парамахамсы Бабаджи Махараджи. Я не принимал санньясу, я — брахмачари, соблюдающий целибат, и по милости моего гуру, Бабаджи Махараджи, я свободен от тайной привязанности к дурным привычкам и не занимаюсь блудом, как это делают некоторые люди, больше похожие на обезьян. Если есть среди присутствующих отрешенный и действительно безупречный человек, то пусть он распорядится самадхи Бабаджи Махараджи. Мы не будем возражать. Но этого духовно-блаженного тела может коснуться лишь тот, кто в течение последнего года или последних шести месяцев, трех месяцев, или хотя бы одного месяца... кто хотя бы последние три дня не имел незаконной связи с женщиной. В ином случае дерзкий будет полностью уничтожен». Услышав эти слова, полицейский инспектор спросил: «Как же это можно проверить?» Прабхупада ответил: «Я готов поверить на слово». И тут мы поразились увиденному: после слов Прабхупады все присутствующие — все эти люди, носившие одежды бабаджи, — повернулись и ушли, один за другим. Инспектор полиции потерял дар речи.
Затем мы, несколько счастливцев, руководимые Шрилой Прабхупадой, подняли лежавшее на земле духовноблаженное тело Парамахамсы Бабаджи Махараджи. Кто-то сказал: «Когда Бабаджи Махараджа был еще здесь, он пожелал, чтобы его тело протащили по улицам Шридхамы Навадвипы, чтобы оно омылось в пыли этой святой земли. Пожелание Бабаджи нужно исполнить». Прабхупада ответил: «Мы такие оскорбители, мы так глупы и неопытны, что нам еще не дано понять настоящего значения этих исполненных смирения слов, которые мой Гурудева произнес только для того, чтобы разрушить гордость привязанных к миру людей. Ведь даже Сам Кришначандра за счастье почитает нести моего Шри Гурудеву на голове или на плечах. Когда Харидас Тхакур оставил тело, Шри Гаурасундара поднял его тело на руки и стал танцевать с ним. Какой славой Он украсил его! Вот почему, следуя Шриману Махапрабху, мы также понесем духовно-блаженное тело Бабаджи Махараджи на голове».
Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи Махараджа был помещен в самадхи 17 ноября 1915 года. Шестнадцать лет спустя, из-за наводнения, самадхи пришлось перенести. Тогда снова разразился скандал из-за того, кому достанется самадхи и где оно будет находиться. Шрила Сарасвати Тхакур заявил, что участвовать в перенесении самадхи могут только самые искренние люди, и этими людьми стали его ученики, которые, в сопровождении санкиртаны, перевезли самадхи целиком из Навадвипы в Майяпур, где рядом с Радха-кундой, во Враджапаттане было построено новое прекрасное самадхи.
В 1914 году в Маяпур прибыл Кунджабихари Видьябхушана, который позже принял санньясу и был наречен Бхакти Виласа Тиртхой Махараджей. Он выслушал от Шрилы Гаура Кишора даса Бабаджи Махараджи объяснение стиха из Чайтанья-Чаритамриты. кришна бхакта нишкама..., после чего Бабаджи дал ему совет послушать «его гуру», Сиддханту Сарасвати. Тогда он пошел послушать лекцию Сиддханты Сарасвати по стиху из Чайтанья-Чаритамриты: брахманда бхрамите кона бхагьяван джива..., и она произвела на него такое большое впечатление, что от его антипатии к вайшнавам не осталось и следа, и он решил серьезно послушать Сиддханту Сарасвати. Тогда еще Кунджабихари Видьябхушана был полон распространенных в то время многочисленных заблуждений, касающихся природы садху, и иногда решительные высказывания Сиддханты Сарасвати об этих людях огорчали его, но в конце концов Тхакур всегда побеждал. Получив двухмесячный отпуск на почте в Калькутте, где он работал, он снова приехал, при чем как раз в тот день, когда Ом Вишнупада Парамахамса Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи вошел в вечные игры Господа в Коладвипе, на Уттхана Экадаши 17 ноября 1915 года.
Послушав Сарасвати Тхакура несколько дней, Кунджабихари попросилдать ему посвящение, а затем, как по наитию, предложил Тхакуру приехать на некоторое время в Калькутту и там, ради блага тысяч людей, прочитать курс лекций. Занимаясь бхаджаной во Враджапаттане, Сарасвати Тхакур часто думал о своей будущей проповеди, которой желали оба его духовных наставника: Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи и Шрила Бхактивинода Тхакур. Особенно весомым грузом эта мысль легла на него после их ухода. Он тяжело переживал разлуку с ними, на собственном опыте убеждаясь в словах Шри Чайтаньи Махапрабху, что нет иного страдания, кроме разлуки с преданными Кришны. В смирении своем он думал: «Как же я буду проповедовать миру чистое послание Шри Чайтаньи Махапрабху и исполнять сердечное желание моих гуру? Мне не на кого и не на что опереться, нет у меня ни учености, ни блестящего ума, которые могли бы привлечь простых людей».
Однажды ночью, пребывая в трансе ясновидения, он увидел Панча-таттву со спутниками, с санкиртаной, которые с востока входили в натьямандир храма Шри Йогапитхи, места явления Господа Чайтаньи, освещая все вокруг. С ними были Вайшнава Сарвабхаума Шрила Джаганнатха дас Бабаджи Махараджа, Шрила Бхактивинода Тхакур, Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи Махараджа и другие предшествующие ачарьи. Они наполнили Сиддханту Сарасвати уверенностью и неустрашимостью и сказали: «Ни о чем не беспокойся. Вдохновенно проповедуй учение чистой преданности, искренне воспевай повсюду Имя, Обитель, Тело, Атрибуты, Спутников и Игры Господа. Все мы поможем тебе. Не надо бояться. Поддержка множества людей, несметные богатства, беспредельные знания жаждут благословения служить тебе в твоей проповеди. Ты примешь их, когда в них возникнет необходимость. Никакое в мире препятствие или опасность не помешают твоему великому делу. Мы всегда с тобой».