В 1905 году, тридцатиоднолетний Сиддханта Сарасвати, следуя примеру Намачарьи Харидаса Тхакура, принял великий обет повторения трех лакхов Имен (192 круга) в день. Он вычислил, что если повторять ежедневно триста тысяч имен, за девять лет он произнесет Имена Господа десять миллиардов раз. Четыре года он провел в хижине из травы в Йогапитхе, а в феврале 1909 года построил домик во Враджапаттане (одном из городов Враджи) недалеко от Йогапитхи, рядом с домом Чандрашекхары Ачарьи, дяди Шри Чайтаньи Махапрабху. Это место считается не отличным от берегов Радха-кунды и здесь он непрерывно повторял Святые Имена: Харе Кришна, Харе Кришна, Кришна Кришна, Харе Харе, Харе Рама, Харе Рама, Рама Рама, Харе Харе. Он строго следовал своему обету и соблюдал Чатурмасью, готовя рис (высушенный на солнце) в гхи и поедая его прямо с земли, как корова. Он отдыхал, ложась на голую землю, никогда не пользовался подушкой и постоянно повторял джапу или изучал священные писания. Видя такую отрешенность, его Гурудева, Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи сказал: «Я вижу, как в моем Прабху проявляется отрешенность Рупы Рагхунатхи». Он имел обыкновение обращаться к своему ученику: «мой Прабху».
Шрила Прабхупада, рассказывал об этом периоде его жизни: «С самого детства он был строгим брахмачари — Бхактисиддханта Сарасвати Махараджа. Он прошел суровые аскезы, чтобы начать это движение, мировое движение. Такова была его миссия».
Когда крыша его кутира прохудилась, то, чтобы не прерывать своей джапы из-за дождя, он просто открывал зонтик и продолжал повторять святые имена. Иногда ему приходилось выезжать, но он всегда строго соблюдал свой обет.
В 1906 году Шри Рохиникумара Гхошу (племяннику Чандра-мадхавы Гхоша Махашайи, судьи Верховного Суда Калькутты) приснился чудесный сон, который заставил его обратиться к Сиддханте Сарасвати за посвящением. Юноша этот жил с каким-то так называемым гуру и его супругой, принадлежащими к секте Баулов, которых ему приходилось называть «отцом» и «матерью». На самом деле это были нечестивцы и мошенники, скрывающиеся под маской преданных, но юноше посчастливилось: в Майяпуре он услышал несколько лекций Сиддханты Сарасвати. Вернувшись к Баулам, юноша почувствовал себя больным и прилег отдохнуть. И тут он увидел сон. В этом сне «гуру» представился ему тигром, а его жена — тигрицей. Они готовы были сожрать неудачливого парнишку, изо всех сил стремившегося укрыться у стоп Господа Гаурасундары. В этот момент появился Сиддханта Сарасвати, прогнал тигров и повел его в Майяпур. Проснувшись утром, юноша отправился в Майяпур, где в течение нескольких дней слушал лекции Сиддханты Сарасвати. Под конец он так горячо стал умолять своего спасителя дать ему посвящение, что Сиддханта Сарасвати сжалился над ним.
До этого Сиддханта Сарасвати никому не давал инициации. Его характер был таков, что он никогда не считал своих учеников своими, а смотрел на них как на дар лотосоподобных стоп своего Гуру и называл их «Прабху». На своей первой Вьясапудже в Гаудия Матхе он обратился к своим ученикам так: «Мои дорогие друзья, избавители от опасностей». Он также писал: «Если вайшнав не занимается деятельностью гуру, то духовный вайшнавский род прерывается. Опять же, если он выполняет обязанности гуру, тогда он становится невайшнавом. Потому что если гуру думает: «Я гуру», — тогда первое «у» в слове «гуру» меняется на «а» (получается «гару», что означает «корова»). Настоящий гуру не принимает учеников и потому остается гуру». Здесь мы видим, как строго Сиддханта Сарасвати предупреждает об опасности, которая подстерегает тех, кто склонен мнить себя господином и повелителем, учителем всех и каждого. Его Божественная Милость А.Ч. Бхактиведента Свами Прабхупада рассказывал, что когда он предлагал поклоны своему гуру, тот обычно отвечал: «Дасо ’сми» (Я ваш слуга). В 1973 году, в лекции по случаю дня ухода Бхактисиддханты Сарасвати Тхакура, Шрила Прабхупада в таком же экстатическом настроении говорил: «Как бы то ни было, по его милости я был вынужден оставить семейную жизнь, и он привел меня к проповеди его учения. Итак, это памятный день. Я пытаюсь по возможности делать то, чего он желал, а вы мне помогаете, поэтому я снова и снова благодарю вас. На самом деле вы — представители моего Гуру Махараджи, потому что помогаете мне выполнять его наказ. Большое спасибо».
Путешествуя по всей Индии, Сиддханта Сарасвати очень огорчался, сталкиваясь с ложными учениями многих сект и групп сахаджии. И в его сердце разгорался огонь желания широко проповедовать истинную сиддханту в соответствии с наставлениями шестерых Госвами Вриндавана и Шри Чайтаньи Махапрабху. Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи, не позволявший никому прикасаться к своим стопам, добровольно поставил стопы на голову Сиддханты Сарасвати, и наказал ему «...широко проповедовать Абсолютную Истину и отбросить в сторону все другие занятия». Сиддханта Сарасвати сказал по этому поводу: «Ощутив прикосновение лотосов стоп моего Шри Гурудевы, я утратил сознание внешнего мира. Я не знаю, являлся ли когда-нибудь здесь духовный посланец, равный ему в величии. Как могут люди этого мира, погруженные в похоть, гнев и т.д., даже узнать его?»