1539 г. был весьма значительным в жизни Менно по ряду причин. В этом году он начал писать свой "Фундамент", который впоследствии так много значил для всего братства. В этом же году он начал скитальческую жизнь, полную невзгод, которая кончилась для него только в 1554 году, лишь за несколько лет до его смерти. Как мы уже знаем, в январе. 1539 г. Менно пришлось покинуть город Гронинген. Он уходит во Фрисландию и на несколько дней находит приют в Кимсверде у Тярта Рейнертса. Потом мы на долгое время теряем Менно из виду. Из правительственного документа, датированного 19 марта 1541 г. следует, что Менно один-два раза в год появляется во Фрисландии и склоняет многих на свою сторону. В этом же документе его характеризуют как "одного из важнейших руководителей проклятой секты анабаптистов". По предложению советников императора Карла V в Леувардене, наместница решила помиловать нескольких пойманных крещенцев с условием, конечно, что они откажутся от своей веры и постараются выдать Менно в руки властей! В ноябре 1542 года перед магистратом предстал Секе Гайес; на допросе он признался, что недавно слушал проповедь Менно Симонса на поляне в районе Цветте, недалеко от Леувардена. Сам же Менно был неуловим; по-видимому никто из его единомышленников не желал играть роль Иуды. В 1541-42 гг. Менно находится почти беспрерывно в Амстердаме. Десять лет тому назад Трайпмакер основал здесь общину крещенцев. Она быстро разрослась до нескольких тысяч человек. К сожалению небольшая группа фанатиков, руководимая Яном ван Гелем, в ночь с 10 на II мая 1535 г. напала на здание амстердамской городской ратуши. Из-за предательства одного мальчика операция не удалась, и повстанцам пришлось сдать оружие. В этом сражении Ян ван Гель был убит. Его сообщники вскоре предстали перед судом и были приговорены к смерти. После ужасных пыток был казнен Яков ван Кампен, руководитель общины в Амстердаме, хотя он ничего общего с повстанцами не имел. Напротив, он изо всех сил противился их безумным планам, но к сожалению безуспешно. В итоге вся эта авантюра была потоплена в крови.
Годы, проведенные Менно в Амстердаме, Кюлер называет "самыми беспокойными в его жизни". В 1544 г. были казнены двое крещенных им мужчин: Ян Клаас из Алкмара и 87-летний Лукас Ламберте. Ян Клаас напечатал в Антверпене шестьсот экземпляров сочинений Менно, двести из них он распространил в северной Голландии, остальные отправил во Фрисландию. 6 августа 1552 г. в Амстердаме заживо сжигают шесть человек. Одного из них, Клааса Гербрандса, обвиняют в том, что он слушал проповеди Менно "более десяти лет назад". Гербрандс еще не принял крещения; однако перед судом он заявил, что сожалеет об этом! Где он слушал проповеди Менно, в Амстердаме или же у себя на родине в Вормере, точно не установлено; да это и не так уж важно.
Из двух писем Менно, адресованных амстердамской общине, видно, что он был хорошо осведомлен о положении дел в этой общине. В первом письме, датированном 24 ноября 1546 года, Менно пишет, что братьям и сестрам не к лицу посещать богослужения католической церкви (очевидно кое-кто таким путем хотел избежать преследований). Этим двурушникам удалось совратить целый ряд крещенцев. "Смотрите, мы свободны и делаем что хотим", — убеждали они боязливых, Менно напоминает им, что они принадлежат Христу и Ему одному должны быть послушны. Во втором письме, написанном 14 ноября 1558 года, Менно увещевает братьев и сестер не бояться чумы, свирепствующей в Амстердаме. Именно в это тяжелое время нужно посещать и утешать друг друга. Смерть не страшна, это лишь переход к лучшей жизни! О Менно ходило множество слухов и легенд. Летописец Питер Ян Твиск, очень ценивший Менно, упоминает, примерно сто лет спустя о следующем происшествии. Однажды в общине нашелся один неискренний брат, который пообещал за плату выдать Менно, указав место собрания. Когда же Менно хотели там схватить, ему, по Божьей милости, удалось скрыться. Так вот этот предатель, продолжает Твиск, плыл как-то на лодке с одним офицером. Совершенно неожиданно они повстречали Менно, также плывущего в лодке. Предатель потерял дар речи, и лишь когда Менно вдали от них сошел на берег, воскликнул: "Эх, улетела пташка!" Этот Иуда в конце концов сам поплатился жизнью. Еще одна запись Твиска. Однажды случилось так, что Менно в селе Энигенбург в северной Голландии зашел к священнику в католическую церковь. Он завел с ним разговор по латыни о различных суевериях в католической церкви и говорил так свободно, толково и красноречиво, с таким знанием предмета, что священник под впечатлением этого разговора отказался от своего сана и впоследствии сам обстоятельно рассказывал о своей беседе с Менно. Очень распространена и легенда о Менно на дорожном экипаже. Однажды Менно опять был в пути, скрываясь от преследователей. Неожиданно появились сыщики и остановили экипаж: "Нет ли здесь случайно Менно?" — спросили они беглеца, сидевшего на облучке рядом с извозчиком. Менно обернулся к пассажирам: "Тут спрашивают, нет ли среди вас Менно Симонса". Пассажиры со всей решительностью дали отрицательный ответ. Тогда он обернулся к сыщикам: "Друзья отвечают — нет!" Так Менно и на этот раз остался непойманным. Конечно, сегодня мало кто верит этой легенде, однако она чересчур известна, чтобы не быть упомянутой.
По распоряжению Карла V советниками Фрисландии в декабре 1542 г. выпускается плакат против Менно Симонса, "бывшего пастора в Витмарзуме в нашей провинции Фрисландия, замешанного в секте перекрещенцев и других лжеучениях". На этом плакате было написано: по полученным сообщениям Менно тайно вернулся на родину и сейчас скрывается там. Своим лжеучением и своими проповедями ему и здесь удалось ввести в заблуждение прихожан, он написал несколько книг и распространяет их. Так дальше продолжаться не может, поэтому император настаивает, чтобы магистрат города Леувардена предостерег каждого от Менно. Запрещается пускать его на квартиру, снабжать продовольствием или оказывать какую-либо помощь. Запрещается вступать с ним в разговор или брать от него книги. Виновные в нарушении запретов будут казнены как еретики. Каждому разрешается задержать Менно и доставить его в Леуварден. Предлагаемое вознаграждение — 100 гульденов. Если Менно будет выдан властям одним из его единомышленников, то выдавший его будет помилован и прощен, если предатель покается и вернется в католическую церковь. "Преступникам и убийцам обещали прощение, свободу, милость императора и сверх того сто гульденов, если они сумеют предать меня и выдадут палачу". Конечно, лютеранским проповедникам в протестантских областях Германии гораздо легче: в то время, как они потчуют на перинах и подушках, "мы вынуждены скрываться в убежищах. В то время, как они бахвалятся на всех свадьбах и празднествах с фанфарами и барабанами, нам приходится вздрагивать при лае собак из-за страха перед арестом". Дальше оставаться в Нидерландах для Менно становится невозможным; здесь земля горит у него под ногами. В начале 1543 г. он переселяется в восточную Фрисландию.
Уже не первый раз Менно находит здесь убежище. Шесть лет назад он был тут в Олдерзуме в доме Ульриха Фон Дорнум и совершил крещение над Яном из Бланкенгама. Восточная Фрисландия играла важную роль в возникновении и распространении крещенства в Нидерландах. Мельхиор Гофман нашел в Эмдене многих последователей; отсюда Трайпмакер и Зикке Снайдер перенесли крещенство в Амстердам и Леуварден. После падения "царства" в Мюнстере многие крещенцы нашли убежище в городах Эмден, Норден и Леер. Основы терпимости и великодушия в этих городах были заложены графом Эдцардом Великим. Он был не только выдающимся государственным деятелем; признание и благодарность получили его заслуги и в области религии. Уже в 1519 г. он перешел на сторону Лютера. С тех пор здесь беспрепятственно проповедовалось Евангелие. Это, однако, не означало, что он преследовал инакомыслящих или осложнял им жизнь. По словам Уббо Эммиуса, Эдцард никому не угрожал насилием или ущемлением прав. Никто не лишался своего места, и каждому предоставлялась полная свобода следовать своим убеждениям. Граф поддерживал реформаторское движение, и реформация там расцвела благодаря его расположению. После смерти Эдцарда в 1528 г. власть перешла к его сыну Энно II. Он был настолько глуп, что решил возродить католицизм; однако решительный протест всех сторонников ре-Формации сорвал этот план. После смерти Энно II в 1510 г. к власти пришла его вдова Анна Фон Ольденбург, управлявшая страной в течение 20-ти лет. Хотя ее правление принесло мир и благосостояние, разногласия в протестантском лагере возрастали; немаловажную роль в этом сыграло назначение руководителем восточно-фрисландской церкви Иоганнеса а Ласко. Он был сыном польского дворянина. Под влиянием Лютера и Меланхтона а Ласко перешел на сторону реформации и с тех пор поддерживал связь с Фарелем и Кальвином в Женеве, Эколампадом в Базеле и Бутцером и Капито в Страсбурге. В 1510 г. Анна фон Ольденбург призвала его в Эмден и попросила принять руководство церковью в стране. А Ласко принял это предложение, однако будучи убежденным кальвинистом, сам того не желая, натолкнулся на сопротивление лютеран. Его старания объединить всех реформаторски настроенных в одной христианской церкви ни к чему не привели. По инициативе а Ласко с 28 по 31 января 1544 г. состоялся религиозный диспут между ним и Менно Симонсом в церкви францисканского монастыря в Эмдене. Речь шла о воплощении Христа, о крещении, о первородном грехе, об освящении и о призвании проповедников. Мнения о первородном грехе и освящении совпадали, но по всем остальным вопросам были глубокие разногласия. Как протекал этот спор, мы узнаем из "Ответа Гелиусу Фаберу", который, как мы знаем, присутствовал на этом диспуте. Менно обстоятельно рассказывает о том, как рассматривался вопрос о крещении: "Наконец я… задал им два вопроса и попросил их во славу Господа ответить на них… в соответствии со Священным Писанием… Первый вопрос заключался в следующем: "Если мы что-либо делаем, не имея на это указания от Бога, распространяются ли на это Божьи обетования?" Они ответили: "Нет". Тогда я снова спросил их, являются ли такие наши дела богоотступничеством. Они ответили: "Да!" Услышав их правильные ответы на мои вопросы, я спросил: "Позвольте, друзья мои, а как же обстоит дело с вашим крещением младенцев?" На это они втроем в один голос ответили: "Ну, знаешь ли, дорогой Менно, если ты нас этим хочешь загнать в тупик, то покажи сначала, где написано, что крещение по вере — указание Бога!" Меня жаром обдало, когда я это услышал, ибо я понял, что они просто пристрастны и плотски. Я указал им на 16-ую главу Евангелия от Марка, где Господь говорит: "Идите по всему миру и проповедуйте Евангелие всему живому. Кто будет веровать и креститься, спасен будет!" Однако они не видели в том указание Бога. Далее я привел им Евангелие от Матфея, 28-ю главу, где Господь повелел: "Идите, научите все народы!" или, как гласит греческий текст, сделайте их последователями и крестите их (в некоторых переводах: крестя их) во имя Отца и Сына и Святого Духа". И здесь они нашли отговорку: "Здесь написано, крестя, а не: крестите их!"… Так они умышленно оспаривали правду и совершенно понятное Слово Божье; они открыто заявляли, что крещение не является указанием Бога. А ведь они сами при случае проповедовали (по переводу Лютера), что Господь повелевает крещение, говоря: "И крестите их!" Заметив, что они цепляются за слова, пытаясь вывернуться, я сказал им: "Представьте, что я говорю своему батраку: "Иди и вспаши поле, пшеницу сея!" Так Господь говорит: "Идите, научите все народы, крестя их" и т. д. Теперь я вас спрашиваю, не повелел ли я батраку своему поле вспахать и пшеницу посеять? Они отвечали: "Это уже философия, а не Священное Писание". Так проходил диспут а Ласко и его друзей с Менно Симонсом в Эмдене в начале 1544 года. Тем не менее разговор протекал спокойно и 31 января они мирно разошлись. Менно с благодарностью пишет в предисловии к своему первому опровержению а Ласко: "Вы позволили мне, приветливо простившись, с миром уйти своей дорогой". По словам старого летописца, недолюбливавшего крещенцев, этот диспут закончился полной победой реформистов; несмотря на это Менно своим выступлением удалось увеличить число своих единомышленников.
Дальнейшие подробности об этом религиозном диспуте мы находим в написанных позднее книжках Менно и а Ласко. Труд Менно "Воплощение нашего дорогого Господа Иисуса Христа" появился еще в том же 1544 году. Через бургомистра Генри-куса Граувера книгу доставили "благородному и высокообразованному господину Иоганнесу а Ласко и всем его сослуживцам в Эмдене". По обоюдной договоренности эта работа не была предназначена для опубликования. Поэтому Менно было очень неприятно узнать, что по настоянию проповедников его труд все же был издан. Из него мы узнаем, как Менно и его друзья понимали вопрос воплощения. Подобно Гофману, Менно, в отличие от а Ласко, подчеркивает, что Христос через чудотворное воздействие Святого Духа принял в Марии плоть. Однако не от Марии, как учат римская церковь и реформаторы. Ведь Слово не приняло плоть, а стало плотью. Очевидно Менно не мог себе представить, как Христос мог стать обыкновенным человеком по натуре и не запятнать себя при этом человеческим грехом. Это еще совершенно не значит, что Менно отрицал человеческую натуру Христа. Разве мог бы он в таком случае указывать на необходимость словом и делом следовать Христу? Просто он не был ученым богословом, а остался простым проповедником. А Ласко через год в письменном виде излагает правоверное учение о воплощении и старается последовательно, пункт за пунктом, опровергнуть доводы Менно Симонса. Для ответа на это письмо Менно затратил почти десять лет! Между тем наместница Анна по настоянию центрального правительства в Брюсселе издает указ, направленный против крещенцев. Им запрещается оставаться в восточной Фрисландии. Объясняя происходящее, а Ласко пишет 26 июля 1544 г. своему другу Альбертусу Гарденбергу, что в восточной Фрисландии так поступили не из любви к Богу, а из страха перед императором. Он ходатайствует перед наместницей, прося не высылать из страны невинных людей. Нам известно, что благодаря его посредничеству, только мятежным элементам пришлось покинуть страну. Остальным было разрешено остаться, однако они были допрошены. Менно^ не стал этого дожидаться. Летом 1544 г. он покинул гостеприимную восточную Фрисландию и отправился в Кельн.