Кельн, убежище Менно в 1544-46 годах, был в то время самым значительным и населенным городом германской империи. В Кельне находилась резиденция архиепископа. Город насчитывал девятнадцать больших церквей, двадцать два монастыря, более ста часовень, двенадцать госпиталей и множество религиозных обществ. Здесь обучался выдающийся мыслитель средневековья, доминиканский монах Фома Аквинский. Здесь были захоронены остатки магистра францисканского богословия Иоганнеса Лунс Скотуса. В этом городе жили и работали и другие выдающиеся люди: немецкий мистик Мейстер Экхарт, его ученики Иоганн Таулер и Генрих Зейзе, библейский гуманист Вессел ГансФорт из Адуарда земли Гронинген, и молодой Буллингер — это только некоторые из многих.
Когда Менно Симонс летом 1544 г. прибыл в Кельн, населению города предстояло принять серьезное решение: Герман Фон Вид, церковный князь Кельна, восхищавшийся Лютером, настолько склонился на сторону реформации, что предложил перевести "священный Кельн" в реформаторский лагерь. Усилия обновить церковь предпринимались уже в 1520 году, однако тогда из этого ничего не вышло. Теперь, спустя двадцать лет, сам архиепископ одержим реформаторскими намерениями. В конце 1542 г. в Бонн был вызван Мартин Бутцер из Страсбурга. Император выразил по этому поводу свое негодование. Резкий протест пришел и со стороны Петруса Канизиуса. Однако архиепископ не обращает на все это внимания, и даже угрозы не могут помешать ему в осуществлении своих планов. Он разрешает реформаторскую проповедь в монастырском городе, и в мае 1543 г. приглашает в Бонн Меланхтона, ближайшего помощника Лютера. Спустя два месяца правящие круги Кельна высказываются в пользу архиепископа. В 1544 г. Герман фон Вид получает в лице Альбертуса Гарденберга советника по вопросам богословия; прежде Гарденберг обучался в Адуардском монастыре и вероятно был знаком с молодым Менно. II июля 1515 г. Герман Фон Вид предлагает провести свободный христианский собор в Германии, чтобы раз и навсегда положить конец всем порокам и заблуждениям римской католической церкви. Одновременно Герман фон Вид присоединяется к Шмалкалдскому союзу лютеранских князей. Все громче раздаются голоса благосклонных к реформации правителей: Вильгельм, герцог из Клеве, был на стороне реформаторов; Франц фон Валь-дек, епископ из Мюнстера, симпатизировал им. Это доставляет все больше беспокойства папе римскому и императору — многие тогда спрашивали себя, не предстоит ли новый массовый выход из католичества. Все это вероятно и побудило Менно осесть в Кельне.
Примерно два года он жил в монастырском городе. Об этом периоде нам очень мало известно, так как приходится довольствоваться лишь разрозненными замечаниями в трудах самого Менно и свидетельствами его современников. Из письма Иоганнеса а Ласко Гарденбергу от 26 июля 1544 г. мы узнаем, что Менно уже в начале июля был в Кельне. А Ласко пишет: "Я знаю, что Менно в настоящее время находится в епископстве Кельн и многих склоняет на свою сторону". Последние из приведенных слов свидетельствуют о больших успехах Менно, достигнутых в течение нескольких недель. В этом случае мы можем верить а Ласко: он не был другом Менно и не стал бы безосновательно преувеличивать его успехи! Из этого письма можно также заключить, что а Ласко был в курсе религиозной жизни Кельна. Наверное ему многое сообщали странствующие купцы. Не исключено также, что он переписывался со своими друзьями в Бонне и Кельне, получая от них необходимую информацию. Как бы то ни было, Менно Симонс за короткий период пребывания в Кельне добился больших успехов, и этого было для а Ласко достаточно, чтобы предостеречь от Менно ведущих реформаторов. В 1545 г. ученые приглашают Менно на диспут в Бонн. Они решились на это по-видимому после того, как издатель Л. Милиус в Бонне напечатал ответ а Ласко Менно Симонсу по поводу учения о воплощении. Менно принял приглашение богословов, оговорив несколько условий: они обеспечивают его безопасность, диспут будет общедоступным и проводиться под председательством Германа Фон Вид. Как видно Менно очень доверял архиепископу; некоторые замечания в его трудах подтверждают это. Однако диспут не состоялся. Ученые мужи, получив письменное согласие Менно, сразу же притихли. Менно считает, что а Ласко и Гарденберг отговорили ученых. Он отмечает, что проповедник Генрикус написал ему об этом. "К чему эти мужи стремились, знает лишь Тот, Кто все знает". Вероятно а Ласко с одной стороны не видел смысла в таком разговоре, с другой стороны боялся, что после него число последователей Менно еще более возрастет. О Гарденберге же известно, что он не испытывал к Менно симпатии; доказательством служит его письмо от 22 марта 1545 г. бургомистру и реформатору города Санкт-Галлен Вадиану.
Проповедники Везеля в герцогстве Клеве также выразили желание устроить диспут с Менно. Они сообщили об этом его друзьям, заверив их, что гарантируют безопасность Менно. "Когда же я дал им свое письменное согласие, то получил ответ, что по мне секира плачет", — жалуется Менно несколько лет спустя. Открытый диспут с проповедниками из Везеля так и не состоялся.
Зато Менно пользовался большим успехом у своих приверженцев. Он регулярно посещал общины в городах Кельн, Бонн, Клеве и Гох, проводил там крещение и хлебопреломление. Свидетельства его разностороннего кропотливого труда мы находим в "Кельнском концепте" от I мая 1591 года. В середине столетия сфера деятельности Менно распространилась вплоть до Лимбургских сел Виссеверт и Иликговен. Эти села, лежащие на правом берегу Мааса к югу от Рурмонда, находились на расстоянии не более четверти часа ходьбы друг от друга. В Виссеверте Менно жил у Яна Нейлана, в Иликговене — у Еннеске Гезе. Из показаний, данных арестованными креиенцами на допросах, мы узнаем подробности его деятельности в этом районе. Согласно протоколу допроса от 28 августа 1547 года, Меткен, жена Якова Вранкена из Виссеверта, показала "что она обучалась у перекрещенца Смекена ван Трихт и позднее у Менно Симонса". Лизке, жена Эркена Снайера, была в числе его слушателей на поляне в Иликговене. Мученик Тейнис ван Гастенрат указывает, что Менно был в Виссеверте и он читал некоторые его статьи. Важные сведения дает 10 ноября 1550 г. Ян Нейлен: в 1545 г. Менно Симонс был у него в гостях, и на другой день он переправил Менно на лодке через Маас в Рурмонд. В их описаниях Менно предстает "тучным, тяжеловесным мужчиной с перекошенным лицом и коричневатой бородой". Существует несколько портретов Менно, написанных после его смерти, однако наружность его до сих пор так и не установлена. Если верить Нейлену, то у Менно были слабые ноги и он передвигался с трудом. Был ли это врожденный недостаток или результат несчастного случая, неизвестно. Мартин Микрон, несколько раз встречавшийся с Менно на диспутах в 1554 году, подтверждает слова Нейлена. По высказываниям же Микрона, Менно хромал на одну ногу, но был сильным и здоровым. По преданию он в последние годы жизни передвигался с помощью костыля. Так что нет ничего удивительного, что на портретах Христофеля ван Зихем и Авраама де Коог, датированных началом семнадцатого века, он изображен опершимся на костыль. И свои письма, направленные им общинам во Франекере, Эмдене и Ватергорне, Менно подписывает "Хромой". Все это подтверждает правдивость высказываний Яна Нейлена. Мы не знаем, как часто Менно бывал в Виссеверте и Иликговене. Скорее всего лишь два-три раза. Бывал ли он в других городах и селах Лимбурга — неизвестно. Во всяком случае у Менно был здесь опорный пункт, способствующий его деятельности. Пока Герман фон Вид был архиепископом Кельна и не притеснял протестантов, Менно мог беспрепятственно там жить и работать. Но после того, как Вильгельм, герцог из Клеве, потерпел поражение от Карла фон Гелдерн, положение архиепископа ухудшилось. Теперь планам Вильгельма реформировать и Клеве не суждено было сбыться. Позднее Карл фон Гелдерн вынужден был признать власть императора Карла V, и для протестантов Кельна наступили тяжелые времена. Лютеранские князья Шмалкалдского союза не решались больше оказывать сопротивление Карлу V, и оппозиция в Кельне становилась все смелее. И тут вмешался Ватикан: 16 апреля 1546 г. Папа Римский сместил архиепископа Германа фон Вид. Тот умер в 1552 г. на своей родине евангельским христианином. Менно с благодарностью вспоминал этого руководителя церкви, под защитой которого он мог спокойно жить и работать. Новый архиепископ Адольф фон Шаулберг оказался ревностным сторонником Папы Римского. Он начал силой избавляться от инакомыслящих. Прошло немного времени и протестантам пришлось покинуть город. Среди беженцев был и Менно Симонс. С больной женой и малолетними детьми он отправился навстречу неизвестности. Лишь в 1551 г. они находят другое, на этот раз постоянное, убежище.