Две следующие модификации «Аэрокобры» различались между собой особенностями оснащения. Размеры и форма планера практически не изменились. Упомянутые проблемы с поставками винтов Curtiss привели к тому, что USAAF санкционировал установку на самолеты винты других производителей. Однако уже такое минимальное изменение в конструкции заставило производителя изменить букву в обозначении самолета. Контракт на поставку 254 «Аэрокобр» модификации «F» подписали 13 сентября 1940 года. Новая модификация объединяла в себе особенности самолетов серии «D» и Р-400. От модели «D» самолет получил вооружение и двигатель, а от Р-400 унаследовал выхлопную систему с двенадцатью патрубками. Новой особенностью машины, получившей заводское обозначение Модель № 15В, был трехлопастной воздушный винт General Motors Aeroproducts Hydromatic Propeller диаметром 3.14 м. Контракт был выполнен к декабрю 1941 года. Из выпущенных 229 машин 27 переделали в полевых ремонтных центрах в самолеты тактической разведки и поддержки. Переделка самолетов проходила по той же схеме, что и у P-39D-3. Для отличия от стандартных самолетов Р-39F, эти машины обозначили как Р-39F-2. В литературе также можно найти упоминание о двухместном учебном варианте истребителя TP-39F. Однако никаких доказательств существования таких машин нет.
Контракт предусматривал, что с сентября 1940 года все самолеты Bell Aircraft Corp. будут оснащаться двигателем V-1710-35. Однако еще до завершения серии «F» решили оснастить 25 последних машин новым двигателем фирмы Allison — V-1710-59(E12). Эти самолеты обозначили как P-39J. Новый двигатель оснащался одноступенчатым механическим наддувом, а также имел ряд технологических особенностей. Новый мотор развивал мощность 1150 л.с. на высоте 4200 м (13800 футов), то есть на 550 м (1800 футов)выше, чем его предшественник «-35». Впервые самолет оснастили автоматическим регулятором давления топливовоздушной смеси. В ходе эксплуатации выяснилось, что новый мотор имеет ограниченный ресурс. В результате многие из P-39J не получили этих двигателей, то есть ничем не отличались от P-39F.
На самолете P-39J (40-7053) установили огромный подвесной топливный бак емкостью 1400 л (370 галлонов), что вместе со внутренними баками доводило запас бензина до 1854 л (490 галлонов). Максимальная скорость самолета с этим баком составляла 403 км/ч (250 миль/ч), а крейсерская — 322 км/ч (200 миль/ч). Теоретически запас хода достигал 6440 км (4000 миль). 2 октября 1942 года летчик-испытатель фирмы Bell Джек Вулемс совершил перелет с аэродрома Марчфилд в Калифорнии на аэродром Боллингфилд в штате Вашингтон. Это был первый столь длинный беспосадочный полет американского одномоторного самолета. Однако испытанное таким образом устройство ни разу не нашло применения в боевых условиях.
Два снимка P-39F с новым винтом фирмы General Motors Aeroproducts.