Учебная программа в военных училищах была очень насыщенной. Юнкера-пехотинцы изучали тактику, артиллерию, фортификацию, военную топографию, военную администрацию, военную историю, законоведение, воинские уставы, военную географию и военную гигиену. С учебным курсом пехотных училищ был схож курс кавалерийских и казачьих училищ, но там юнкера изучали еще иппологию (науку о лошадях). Юнкера-артиллеристы изучали в основном точные науки: математику, включавшую аналитическую геометрию, дифференциальное и начало интегрального исчисления, физику, химию, механику, черчение. В учебную программу инженерных училищ входили, помимо названных предметов, атака и оборона крепостей, минное искусство, подрывное дело, подводные мины, военная топография, строительное искусство, железнодорожное дело, военные телеграфы. Нужно также учесть, что помимо прочего, в обязательном порядке юнкера всех военных училищ изучали Закон Божий, русский и иностранные языки. В курсе Закона Божьего юнкера изучали историю христианства, и в частности, Православной церкви. В курсе русского языка большое внимание уделялось грамотности молодых людей, их умению правильно, красиво и четко излагать свои мысли. Среди литературных произведений, изучаемых юнкерами, были творения Пушкина, Лермонтова, Толстого, Достоевского, Тургенева, Гоголя, Гончарова, Байрона, Гете, Шекспира. Каждый юнкер должен был уметь хорошо изъясняться на одном из иностранных языков, а на другом — элементарно читать и переводить. Успеваемость оценивалась по 12-балльной системе: 12 баллов — отлично, 11 — очень хорошо, 10 — весьма хорошо, 9 и 8 — хорошо, 7 и 6 — удовлетворительно, 5 и 4 — посредственно, 3 и 2 — дурно, 1 — весьма дурно.
Программы всех военных училищ в обязательном порядке включали обучение верховой езде, танцам, фехтованию и гимнастике. Каждое военное училище имело свой прекрасно оборудованный гимнастический городок, в котором были канаты, шесты, лестницы, турники и прилегающие к ним высокие горки. Ежегодно 15 лучших гимнастов из выпускных юнкеров отправлялись на Высочайший смотр в Царское Село.
День в военных училищах начинался рано: в 6 утра — подъем, умывание и утренний осмотр. Контроль был очень тщательным: хорошо ли начищены сапоги, пуговицы и бляха ремня. После приступали к молитве, а затем следовал утренний чай. Классные занятия продолжались до 12 ч. дня, затем — завтрак, после него — строевая подготовка до обеда в 5 ч. вечера. После обеда юнкерам предоставлялся полуторачасовой отдых. Дальше — самоподготовка до 8 ч. вечера, а затем — 2 ч. свободного времени до отбоя, которые юнкера могли проводить по своему усмотрению: гулять, заниматься в гимнастическом зале, писать письма. Для желающих читать в училищах до 10 ч. вечера работали библиотеки.
Очень часто, по вечерам, перед чаем или вечерней поверкой юнкеров собирали на занятия пением. Петь должны были решительно все, и в результате — юнкерские роты пели превосходно. Пение было частью физического воспитания. Вообще, надо признать, что музыкальная подготовка в военных училищах находилась на должной высоте. Каждое из них имело свой юнкерский оркестр и хор.