В течение Русско-японской войны, когда интересы российских граждан в Нагасаки представляли французские дипломаты, русские вновь оказались в этом городе, но уже не по своей воле. Японские власти, учитывая многолетнюю историю русского пребывания в Нагасаки, решили сделать его одним из центров размещения военнопленных. Инаса вновь вернулась к жизни: через нее прокатились волны русских солдат и моряков, попавших в плен. С каждым месяцем их становилось все больше и больше по мере того, как война катилась к бесславному для России концу. Вместо тюрем и лагерей русских воинов размещали в японских семьях, беспрецедентный случай в военной истории. Им разрешались передвижения по городу, а по вечерам местные торговцы устанавливали в саду у храма Госиндзи для их развлечения киоски и маленькие тиры. Нелегкую жизнь военнопленных скрашивали священники из 4-й Восточно-Сибирской дивизии из Порт-Артура, которые добровольно пошли в японский плен.
В период Русско-японской войны и первые послевоенные годы в ряде японских городов возникли новые центры русского издательского дела, и масштабы распространения печатной продукции на русском языке резко расширились. Десятки тысяч наших военнопленных получали книги, брошюры и периодические издания благодаря представителям православной церкви, русской общественности, царствующей династии (императрица Александра Федоровна), социал-демократам и социалистам-революционерам. Практически все очаги вольного русского слова в Японии были связаны с деятельностью Н. К. Русселя-Судзиловского. Он являлся основным организатором и инициатором выпуска и распространения бесцензурных русских изданий в Нагасаки, Кобе, лагере военнопленных Хамадера близ Осаки и других местах.
В свое время, опасаясь ареста за политическую деятельность и участие в террористических организациях России, Судзиловский вместе с женой эмигрировал в Сан-Франциско, а потом уехал на Гавайские острова, где тоже нашел поле для битвы: в Америке и России стали появляться его статьи, выражавшие протест против присоединения Гавайев к США. Его непримиримая позиция пришлась по душе гавайцам: они даже избрали Русселя президентом гавайского сената. Но бывший революционер оказался неважным политиком, его методы борьбы за установление демократического правления на Гавайских островах не нашли поддержки у соратников, и Руссель был вынужден уйти в отставку, а вскоре и покинуть на время Гавайи. Уехав в Шанхай, он решил организовать вооруженное нападение на сибирские тюрьмы, но этой авантюре помешала Русско-японская война. У Русселя же родился новый план: отправиться на театр военных действий для распространения революционной пропаганды среди русских солдат и моряков.
Вернувшись в Гонолулу, он выступил в зале городской оперы с докладом о войне Японии с Россией. Оказалось, что местных жителей очень волнует вопрос, за кем из воюющих сторон останется победа. Руссель писал: «Мало кто, однако, ожидал моего вывода: что победителем в этом столкновении явится маленькая Япония, рыцарски поднявшая презрительно брошенную перчатку. Мало кто ожидал, потому что отношения мощи гиганта и ребенка, Давида и Голиафа, были слишком очевидны. В самой России и по всему миру было немало людей, смотревших на дело под другим взглядом, так сказать нравственно-духовным углом зрения. Я был далеко не один. Мы базировались на будущем, а не прошедшем».
Успех лекции превзошел все ожидания. По подписным листам была собрана огромная сумма в 60 тыс. долларов для помощи Японии. Конечно, Руссель не задумывался над тем, что Япония выступала таким же агрессором в Китае, как и Россия. Не знал он и о том, что через несколько десятков лет японские летчики будут бомбить Пёрл-Харбор. Воодушевленный, он обратился к японскому консулу в Гонолулу с просьбой выдать визу для поездки в Нагасаки. Поводом послужило предложение американского журналиста Г. Кеннана заняться разъяснительной деятельностью среди русских военнопленных, разрешенной японским правительством.
В середине июня 1905 г. бывший президент гавайского сената приехал в Японию и поселился в Нагасаки, где продолжил борьбу против царизма. Весной 1906 г. кружком русских политических эмигрантов в Нагасаки было основано издательство «Воля». Его целью провозглашалось объединение русских, несмотря на различие политических взглядов, издание и распространение политической литературы, оказание материальной помощи эмигрантам. На страницах одноименной газеты публиковались сведения о политической обстановке, условиях жизни русской эмиграции в Финляндии, Англии, Соединенных Штатах, Японии и других странах. До сентября 1906 г. газета являлась внепартийным органом (редактор В. К. Вадецкий), а затем стала органом партии социалистов-революционеров с редактором Б. Д. Оржихом, который до эмиграции в Японию в 1905 г. жил на Сахалине и во Владивостоке.
К 1910 г. нагасакская группа революционеров почти распалась. Среди ее членов прошел слух о том, что русское правительство, наладившее хорошие отношения с Японией, хотело потребовать их выдачи. Да и Японии эти революционеры были уже не нужны. В Токио совсем не хотели, чтобы у ближайших соседей сменился строй, а тем более, чтобы «левые» пустили корни среди японцев. В Нагасаки же осталась навсегда Ольга Никаноров-на Дмитриева, скончавшись 3 августа 1907 г. На ее могиле в Инасе появилась эпитафия: «Первой политической эмигрантке в Нагасаки от товарищей». В этом же городе Руссель-Судзиловский похоронил жену Леокадию (Leocadie S. Russel) и дочь Марию (Mary Russel).
После окончания Русско-японской войны русская община Нагасаки вновь увеличилась. По утверждению консула З. М. Поляновского, в 1906 г. здесь проживали около 350 русских. Возобновился и заход сюда российских кораблей.
Время от времени море выбрасывало на японский берег тела русских моряков, погибших в мае 1905 г. Находя их, японцы бережно предавали земле. Так в разных местах стали появляться русские могилы. Только по официальным сведениям, таких стихийных захоронений было около ста. И это помимо кладбищ около Мацуямы и в других местах, где имелись лагеря русских военнопленных. Японское правительство обратилось к послу Н. А. Малевскому с предложением перенести прах моряков в одно место. Тот в свою очередь задал вопрос владыке Николаю, «нет ли со стороны Церкви препятствий к сему делу — разрытию могил и перенесений костей?» На это архиепископ ответил, что «препятствий к собранию костей моряков в одно место нет, что если могилы останутся на теперешних местах, то они скоро будут заброшены и забыты».
Военный агент полковник В. К. Самойлов объехал все военные русские захоронения в Японии и составил план переноса праха. Военные власти Японии везде принимали его с большой честью. Совместно с послом и японскими военными властями Владимир Константинович решил перенести останки русских воинов на три кладбища: в Нагасаки, Мацуяму и Хамадеру, около Осаки. Немаловажным обстоятельством было то, что везде имелись православные приходы. Основное погребение предполагалось сделать в Нагасаки, в общей могиле, каменном склепе. В Мацуяме к имевшимся захоронениям добавили четыре могилы, а в Хамадере — семь. На кладбище в Нагасаки по распоряжению морского министра было решено еще и установить памятник «морякам-героям».
Морской и военный министры Японии предложили провести перезахоронения за японский счет, но Николай II, поблагодарив, принял решение произвести все работы за счет России. Тем не менее японские власти не отказались от участия в перезахоронении и взяли на себя организацию всей процедуры, осуществив ее с соответствующими почестями. «До слез трогательно», — отметил полковник В. К. Самойлов. Основное перезахоронение произвели на Русском кладбище в Нагасаки, оставив на прежнем месте только плиты с именами. Так в братской могиле оказались останки 160 человек, скончавшихся в 1905 г. По разным причинам имена 79 воинов оказались неизвестными.
Многие жители Нагасаки приняли участие в торжественном освящении братской могилы и открытии памятника на Русском кладбище в Инасе. Они даже обратились к консулу Н. А. Распопову с предложением совершить буддийское богослужение. Вопреки прогнозу, дни 14–17 сентября 1909 г. выдались солнечными. Из-за недостатка времени — на 10 часов уже была назначена встреча на кладбище — не удалось совершить богослужение в церквушке около русского консульства. В Инасу отправились на небольшом пароходике, буксировавшем лодку с двумя роскошными букетами — один от Николая II, другой от посла России в Японии. Хотя путь был недолгим, случилось маленькое происшествие: из-за неожиданной волны лодка чуть не затонула. Все обошлось, но венки с лентами немного подмокли.
Перед входом на кладбище выставили почетный караул из военных моряков и солдат. Здесь собралась огромная толпа японских офицеров и чиновников во главе с губернатором Нагасаки. Очень красиво выглядели японки в парадных кимоно. Кучкой стояли русские жители Нагасаки, чуть в стороне от них — православные японцы. По прибытии посла началось богослужение, его вели архиепископ Николай, настоятель посольской церкви протоиерей Петр Булгаков, нагасакский священник отец Антоний Такай, дьякон Д. Львовский и осакский иподьякон Моисей Кавамура. Окропление святой водой при пении «Спаси Господи, люди Твоя» совершил владыка Николай. Потом торжественно прошло отпевание. Очень хорошо пели Булгаков, Львовский и Зозуля, житель Нагасаки, имевший мощный и хорошо поставленный бас. В руках всех присутствующих, как христиан, так и иноверцев, горели свечи, розданные заранее. После прочтения Евангелия владыка Николай выступил с небольшой надгробной речью, назвав в ней имена погибших. На словах «вечная память героям» раздался троекратный ружейный салют.
По окончании богослужения стали возлагать венки. Первым на могилу легли цветы от российского государя, затем — от посла, японских Военного и Морского министерств, адмирала Гото и огромное количество венков от других высших и гражданских чинов Японии. Цветами буквально завалили весь памятник. После этого посол и все японцы отправились в храм Госиндзи, где прошло торжественное буддийское богослужение, устроенное членами Общества мира (Вагокаи). Для его проведения собрались настоятели большинства буддистских храмов Нагасаки. Позднее протоиерей Петр Булгаков опубликовал полный текст этого богослужения.
В час дня Российское консульство в Нагасаки дало торжественный обед, на который собрались 65 человек. Архиепископ Николай успел до обеда посетить А. А. Сигу, к которому отправился сразу же с кладбища. После обеда он нанес еще несколько визитов русским нагасакцам. Владыка помолился вместе с небольшой группой христиан, собравшихся у отца Антония Такая, и произнес небольшую речь. В семь часов вечера консул Н. А. Распопов пригласил гостей в свою резиденцию. Особенно Николай Александрович обхаживал владыку Николая: он никак не мог развестись со своей женой и очень просил архиепископа ускорить развод. Представил он ему и свою 26-летнею невесту Машу. Поздно вечером владыка Николай уезжал в Токио. Провожающие заполнили весь вокзал. Особенно трогательно выглядел Александр Алексеевич Сига, который плакал, провожая своего учителя. Это был последний приезд архиепископа Николая в Нагасаки. Больше они никогда не увидятся…
Перезахоронения на Русское кладбище в Инасе продолжались и в дальнейшем. В 1911 г. сюда перенесли две русские могилы нижних чинов с городского кладбища в Тоёхаси, затем останки офицера из Сидзуоки. Панихиду провел отец Антоний Такай. Возможно, были и другие случаи, оставшиеся незафиксированными. Не считая перезахоронений, после Русско-японской войны на Русском кладбище хоронили в основном гражданских лиц. 21-летняя Ульяна Коваленко скончалась 9 октября 1906 г. В 1907 г. появились могилы служащего Торгового дома Ушакова Ивана Просветова, служащего КВЖД со станции Бухеду Ивана Зелинского, корейца Николая Цая, девочки Таси Абрамович. В 1909 г. на кладбище в Инасе похоронили двоих: члена экипажа парохода «Тамбов» Григория Хлебко и Клавдия Таратина. Старший матрос парохода «Орел» Арсентий Штукун ушел из жизни 28 января 1910 г. Третьего помощника парохода «Киев» Федора Толкоча похоронили 12 декабря 1911 г. Через несколько месяцев навсегда остался в Нагасаки командир парохода «Охотск» Вильгельм Кактин, а чуть позже здесь появилась могила Таисии Солянниковой. В 1913 г. состоялись похороны Сергея Звайкова и Андрея Соловьева. 17 марта 1915 г. ушел из жизни еще один представитель русской общины, Арнольд Розенмонн. Последним захоронением стала могила двухлетней дочери нагасакского священника Антония Такая Екатерины, которая скончалась 13 июля 1918 г. Выходцев из России хоронили и на других кладбищах, в частности, на Еврейском участке Международного кладбища Сакамото.
По мере обустройства Владивостока и укрепления его судоремонтной базы русские корабли все реже и реже заходили в Нагасаки.