Дорога Владимира Арсеньева во Владивосток оказалась долгой и полной приключений. Едва он добрался до Благовещенска, как его остановили события, связанными с боксерским восстанием в Китае. Всех военных, оказавшихся в это время в Благовещенске, мобилизовали для участия в боевых действиях. В послужном списке поручика Арсеньева появилась следующая запись: "Находился в составе Благовещенского отряда генерал-лейтенанта Грибского с 8 по 25 июля 1900 года гарнизона бомбардируемого г. Благовещенска и 20 июля 1900 года участвовал в делах при выбитии китайцев с позиции у г. Сахаляна".
Во Владивосток поручик Арсеньев прибыл 5 августа 1900 года. До приезда семьи ему выделили небольшой домик в Гнилом углу — так называлось местечко в самом конце бухты Золотой Рог, известное сыростью и туманами. Приказом по полку новичка назначили исполняющим обязанности заведующего учебной командой. Много времени поручик В.К.Арсеньев проводил с молодыми солдатами, стараясь облегчить им тяготы долгого расставания с домом.
В первый же год службы во Владивостоке В.К.Арсеньев вступил в Общество любителей охоты и вскоре стал его активным членом. Знакомство с местным населением, желание лучше узнать полюбившийся край, подтолкнули офицера к исследовательской деятельности. Недостаток знаний по естественным и историческим наукам он восполнял в Обществе изучения Амурского края, куда его привел однополчанин и энтузиаст-краевед Н.В.Кирилов. 16 мая 1903 года, как это видно из протокола N 19 Распорядительного комитета ОИАК, он был принят в Общество действительным членом. А 13 июня в книге протоколов появилась следующая запись: "Выслушано предложение поручика В.К.Арсеньева пополнять музей различного рода материалами как зоологического отдела (шкуры, скелеты и т. п.), так и ботанического и вообще естественно-исторического и этнографического. Кроме того, В.К.Арсеньев предлагает членам ОИАК свое содействие в случае желания кого-либо участвовать в охотничьих экскурсиях, причем даже может предоставить верховую лошадь. Постановлено: принять предложение с благодарностью и обещать содействовать со своей стороны успеху коллекционирования доставлением необходимого материала и т. подобным".
ОИАК было кладезем знаний для пытливого В.К.Арсеньева. Шкипер Ф.К.Гек привозил для Общества из своих плаваний превосходные коллекции, рассказывающие о жизни аборигенов Дальнего Востока. Ф.А.Дербек, корабельный врач, ставший директором музея ОИАК на общественных началах, был увлечен этнографией. Геолог Э.Э.Анерт изучал Маньчжурию, а его коллега П.И.Полевой — Сахалин.
В свободное время В.К.Арсеньев тоже стал совершать небольшие походы по краю, изучая его растительный и животный мир. Свой отпуск он провел в экспедиции по Приморью и собрал ценные археологические материалы. О находках В.К.Арсеньева сообщили председателю Приамурского отдела Императорского Русского географического общества С.Н.Ванкову.* Тот доложил о них Приамурскому генерал-губернатору Н.И.Гродекову, который издал приказ: считать отпуск офицера, проведенный за исследованиями, служебной командировкой.
Наиболее близким другом и соратником Арсеньева стал Николай Александрович Пальчевский,* бывший вице-председатель Общества, человек с непростым характером, у которого была цель организовать при музее первую на Тихом океане морскую биологическую станцию. Первая встреча с ним будущему путешественнику запомнилась на всю жизнь. Когда поручик пришел в музей и обратился к Пальчевскому за помощью в изучении края, тот, взглянув из под кустистых бровей, предложил сначала вытереть пыль с музейных экспонатов. Удивленный Арсеньев молча снял киталь и взялся за уборку. Уже потом они разговорились, и Пальчевский признался, что он хотел проверить энтузиазм нового посетителя. Будучи настоящим энциклопедистом края, он взял Арсеньева под свою опеку. Вдвоем они часто совершали продолжительные прогулки, и Николай Александрович, по натуре добрый и отзывчивый человек, с удовольствием делился своими обширными познаниями.