Серийные СВВП Як-38 и Як-38М окрашивались по двум схемам. Наиболее распространенной была следующая: верхние и боковые поверхности окрашивались в темно-синий цвет, нижние — в темно-зеленый. Реже встречались самолеты, окрашенные сверху в светло-серый, а снизу — в средне-серый цвет. Радиопрозрачные панели окрашивались в белый цвет. Кромки водухозаборников подъемно-маршевого двигателя (ПМД) и жаропрочные панели в районе поворотных насадок сопла ПМД не окрашивались. Опознавательные знаки в виде красных пятиконечных звезд с красно-белой окантовкой наносили на киль, верхние и нижние поверхности консолей крыла. На воздухозаборниках, традиционно для морской авиации, имелось изображение флага ВМФ Советского Союза. Двузначные бортовые номера, обычно желтого цвета с черной окантовкой, наносились на воздухозаборники за изображением флага ВМФ. Четыре самолета, принимавшие участие в боевых действиях в Афганистане, получили камуфляжную окраску из пятен коричневого и темно-зеленого цвета, нижние поверхности были окрашены в серый цвет.