1661, 30 мая — рождение. Третий сын царя Алексея Михайловича от Марии Ильиничны Милославской. 30 июня — крещение царевича во имя святого Феодора Стратилата.
1669, 3 марта — смерть матери Федора Алексеевича, царицы Марии.
1670 — прикрепление к царевичу Федору Алексеевичу посольского подьячего П.Т. Белянинова «во учители».
1671 — смерть старшего брата Федора Алексеевича — царевича Алексея
Алексеевича, наследника русского престола. С этого момента Федор Алексеевич рассматривается как наиболее вероятный преемник своего отца — государя Алексея Михайловича.
1672 — начало учебных занятий царевича Федора Алексеевича у Симеона Полоцкого.
1673 (приблизительно) — тяжелая травма царевича Федора Алексеевича: его переехало санями, в результате чего, видимо, был поврежден позвоночник.
1675, сентябрь — официальное объявление царевича Федора Алексеевича наследником русского престола.
1676, 29 января — смерть отца, государя Алексея Михайловича. Февраль—март — ликвидация приказа Тайных дел.
18 июня — венчание Федора Алексеевича на царство. Ноябрь—декабрь — большой богомольный поход Федора Алексеевича: Троице-Сергиева обитель, монастыри Переяславля-Залесского, Александровской слободы, а затем особое недельное богомолье в Саввино-Сторожевской обители. С этого момента царь ежегодно, вплоть до 1681 года, отправлялся осенью на большое богомолье в те же места.
1676—1680— строительство Инсарско-Пензенской засечной черты.
1676—1681 — продолжение начавшейся при государе Алексее Михайловиче войны на Правобережной Украине с гетманом П. Дорошенко, а также крымским ханом и турецким султаном. Пика вооруженное противостояние достигает в 1677—1678 годах, во время борьбы за Чигирин. В 1680 году отражен большой набег крымского хана Мурад-Гирея на городки Белгородской засечной черты. Война закончилась Бахчисарайским мирным договором, утвержденным в Константинополе в 1681 году.
1677 — окончательная ликвидация Монастырского приказа.
1678, лето — участие государя Федора Алексеевича в переговорах с посольством Речи Посполитой.
5 сентября — пребывание государя Федора Алексеевича с членами семьи в Воскресенском Новоиерусалимском монастыре. 5 декабря — новое посещение Федором Алексеевичем Воскресенского Новоиерусалимского монастыря.
Начало работы «Верхней» типографии, отданной Федором Алексеевичем под контроль Симеону Полоцкому. Проведение общей переписи податного населения.
1679, 29 ноября — третья поездка государя Федора Алексеевича в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь. Вскоре после нее происходит возобновление строительных работ в обители. Введение подворного налогообложения повсеместно.
1679—1680 — «разбор» (оценка численности, вооружения и боеспособности) всех воинских сил России.
1679—1681 — строительство Изюмской засечной черты против Крымского ханства и турок.
1680, 18 июля — женитьба Федора Алексеевича на Агафье Семеновне Грушецкой.
18 октября — указ Федора Алексеевича об учреждении думной комиссии, именуемой также Расправной палатой.
22 октября — указ Федора Алексеевича о запрете на ношение охабней, чекменей и короткополых кафтанов, а также о введении вместо них для московских служилых людей длиннополых кафтанов и ферязей.
19 декабря — указ Федора Алексеевича о том, в каких ферязях по праздничным и торжественным дням являться ко двору при государевых выходах.
Конец года — ослабление позиций придворной аристократической партии Милославских, родни Федора Алексеевича по матери. Причины: конфликт с царем из-за его женитьбы на Грушецкой, а также давление со стороны придворных аристократических «партий» Хитрово и князей Долгоруких.
1681, апрель—май — открытие на Печатном дворе по инициативе царя
Федора Алексеевича и патриарха Иоакима «повышенного» греко-славянского Типографского училища. Возглавил училище иеромонах Тимофей. Учащиеся этой школы станут ядром Академии, открытой впоследствии братьями Иоанникием и Софронием Лихудами в Заиконоспасском монастыре (1687).
Весна — заключение с Турцией и Крымом перемирия на 20 лет. 11 июля — рождение единственного сына Федора Алексеевича — царевича Ильи Федоровича.
14 июля — смерть жены Федора Алексеевича, царицы Агафьи Семеновны, от родовой горячки. 21 июля — смерть царевича Ильи Федоровича. Лето — утешительное послание Федора Алексеевича опальному патриарху Никону; позволение ему перейти на жительство из дальнего Кирилло-Белозерского монастыря в подмосковную Воскресенскую Новоиерусалимскую обитель, чтобы закончить там большое строительство. Никон скончался во время переезда, 17 августа 1681 года. Погребли его в Новом Иерусалиме с большой пышностью. На похоронах присутствовала царская семья, а в церковном хоре пел сам Федор Алексеевич.
Сентябрь — поездка Федора Алексеевича в Ростов, Ярославль, Суздаль и «иные города», очевидно, с богомольными целями.
23 октября — указ Федора Алексеевича о поощрении каменного строительства в Москве.
24 ноября — указ Федора Алексеевича о создании группы князя В.В. Голицына (получившей впоследствии название «приказ Ратных дел», а затем «Ответная палата») с целью подготовить большую реформу русской армии, включая ликвидацию местничества. Осень — обсуждение проекта реформы по упорядочиванию высших чинов военной, дворцовой и административной службы. Проект не получает одобрения.
28 декабря — указ Федора Алексеевича, регламентирующий езду в каретах и санях по Москве.
Начало строительства Пензенско-Сызранской засечной черты. Уменьшение веса московской серебряной копейки с 0,45 до 0,4 грамма.
1681—1682 — церковный Собор. На нем отвергнут план Федора Алексеевича по реформированию Русской церкви. Тогда же Церковь частично утвердила его предложение повысить число епископий; возникли четыре новые архиерейские кафедры. Тогда же принято решение ужесточить борьбу со староверами: наиболее упорных из них постановили передавать из церковной юрисдикции в светскую.
1682, 12 января — речь Федора Алексеевича перед патриархом Иоакимом, собранием высшего духовенства и Боярской думой о необходимости отменить местничество.
15 января — указ Федора Алексеевича о строительстве в московском Заиконоспасском монастыре двух келий для размещения славяно-латинского училища под руководством Сильвестра Медведева.
19 января — подписание Федором Алексеевичем «соборного деяния» об отмене местничества.
Последняя декада января — начало работы Палаты родословных дел. Это учреждение возникло в результате реформы, отменявшей местничество.
15 февраля — женитьба Федора Алексеевича на Марфе Матвеевне Апраксиной.
14 апреля — сожжение в Пустозерске по указу Федора Алексеевича духовных вождей церковного раскола, в том числе протопопа Аввакума.
23 апреля — начало стрелецкого восстания в Москве.
24 апреля — приказ царя Федора Алексеевича о суровом наказании стрелецкого полковника Семена Грибоедова, чья преступная деятельность вызвала вспышку мятежных настроений в стрелецкой среде. Этот приказ мог бы остановить бунт или, во всяком случае, стать началом «замирения» стрельцов без последующей кровавой бойни. Однако он не был выполнен с надлежащей четкостью — тому помешала смерть царя.
27 апреля — кончина великого государя, царя и великого князя Московского и всея Руси Федора Алексеевича. Причиной смерти, скорее всего, стала болезнь на фоне общей слабости здоровья. Однако распространились слухи о насильственной кончине, в которых роль убийц приписывалась то семейству Нарышкиных, то высокородным боярам московским. Достоверных свидетельств по этому поводу в источниках нет. Основная версия, принятая в исторической науке, состоит в том, что уход Федора Алексеевича из жизни был естественным.
28 апреля — государь похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля.