Обвинение в покушении на урядника Перлова первоначально было предъявлено только Павлу Гусеву, на счету которого до того было немало «темных» дел. Но когда при разборе дел Гусева в судебной палате Михаил Васильевич давал показания, вдруг выступил Перлов с заявлением, что узнает в лице Фрунзе второго участника покушения на него и может подтвердить это свидетельством очевидца… Тогда-то суд и назначил дело к доследованию. Фрунзе и Гусеву было предъявлено обвинение в покушении на должностное лицо при исполнении им служебных обязанностей в местности, состоящей под особым надзором полиции.
Когда Михаил Фрунзе оказался во владимирской тюрьме, ему было 22 года от роду. К тому времени в нем мало угадывался законопослушный юноша, окончивший гимназию на казенный счет с золотой медалью, и студент столичного Политехнического института. Это был жесткий и целеустремленный человек, готовый ради своих убеждений на любые действия.
О времени, поведенном М.В. Фрунзе во Владимирской тюрьме, позже писали только в восторженных выражениях. Говорилось о том, что ему удалось наладить среди политзаключенных партийную агитацию, добиться соблюдения прав и условий содержания узников, организовать посещение родных и передачу с воли записок и книг. Но, вероятнее всего, это было следствием нажима на власти всех уровней, от которых в то время правительство требовало играть с народом в демократию. Правда, роли самого Михаила Васильевича в этом деле это нисколько не умаляет. Он и его товарищ П.Д. Гусев были слишком заметными фигурами среди полосатой братии Владимирского централа.
Следствие подтвердило все обвинения. 27 января 1909 года состоялся суд, который приговорил М.В. Фрунзе и П.Д. Гусева к смертной казни через повешение.
Партийные товарищи развернули широкую кампанию, направленную на спасение М.В. Фрунзе. Под Москвой был найден врач Иванов, который показал, что в день покушения на Перлова Фрунзе был у него на приеме. Одновременно оставшиеся на свободе боевики встретились с единственным свидетелем Перлова, неким Быковым, и под страхом смерти заставили его изменить показания. Для защиты Фрунзе были приглашены опытные адвокаты.
Дело по обвинению М.В. Фрунзе и его товарища П.Д. Гусева было пересмотрено. Но преступление этих людей было налицо. 23 сентября 1910 года по новому судебному процессу обвиняемым вновь был вынесен смертный приговор.
В последующем советские историки напишут много о мужественном поведении Михаила Васильевича после вынесения ему смертного приговора, об активной работе большевиков с целью спасения своего молодого вожака и о многом другом, связанном с этой страницей биографии М.В. Фрунзе. На самом же деле все было намного прозаичнее. За жизнь Михаила Васильевича сражалась не партия, а его сестра — студентка Петербургского женского медицинского института Людмила Фрунзе, которая в начале сентября 1910 года обратилась к профессору М.М. Ковалевскому с письмом следующего содержания:
«Брат мой Михаил Васильевич Фрунзе, студент политехнического института, экономического отделения, 22 сентября этого года был, несмотря на его невиновность в предъявленном ему преступлении, вторично приговорен к смертной казни военным судом в городе Владимире. Теряя всякую надежду на его спасение, я решила обратиться к Вам, не откажите в Вашем ходатайстве перед главнокомандующим войсками Плеве о возможности смягчения его участи. Умоляю Вас дать Плеве от Совета профессоров возможно хорошую аттестацию брата, как студента. Это будет иметь значение при рассмотрении дела главнокомандующим, когда оно поступит к докладу. Не откажите ради бога в своем участии…»
Либеральная профессура того времени, едва ли не откровенно находившаяся в оппозиции официальной государственной власти, в России пользовалась огромным авторитетом. 29 сентября 1910 года профессор М.М. Ковалевский доложил содержание письма студентки Людмилы Фрунзе. Его коллеги решили поддержать ходатайство своего товарища и направить соответствующее письмо за восемью подписями командующему войсками Московского военного округа «об оказании милосердия и даровании жизни Михаилу Фрунзе». Аналогичное письмо было направлено в адрес премьер-министра П.А. Столыпина.
Людмила Фрунзе проявила высокую активность ради спасения брата. Заручившись письмами некоторых влиятельных людей, она лично записалась на прием к Плеве. Ее несчастный вид тронул каменное сердце высокого чиновника. Командующий Московским военным округом, пользуясь своим правом миловать, заменил М.В. Фрунзе смертную казнь шестью годами каторжных работ. После этого с осужденного сняли тяжелые ножные и ручные кандалы и отвели в общую камеру.
До лета 1912 года Михаил Васильевич сидел в знаменитом Владимирском каторжном централе. Владимирский централ представлял собой целый городок с большими мрачными корпусами, мастерскими, примитивной ткацкой фабрикой. В централе сидели и работали более тысячи человек. Обстановка заключения была очень жесткая.
Кроме того, длительное пребывание в камере смертников отрицательно сказалось на здоровье заключенного — он пережил ряд нервных стрессов, заболел язвой желудка. Этой болезнью он страдал всю свою последующую жизнь.
Павел Гусев, который вместе с М.В. Фрунзе проходил по делу подготовки покушения на должностное лицо, был также помилован. Но ему повезло значительно меньше. Нервная система не выдержала, и П.Д. Гусев умер в тюрьме 1915 году.
Находясь в тюрьме, М.В. Фрунзе очень много читал. Книга стала его непременным спутником. Пользуясь нахождением среди политзаключенных образованных людей, он вел с ними различные беседы, даже учил иностранные языки. Но системным образованием все это назвать было нельзя, хотя позже период заключения биографы М.В. Фрунзе будут называть тюремными «университетами».
В июне 1912 года М.В. Фрунзе был переведен в николаевскую тюрьму Иркутской губернии. Вскоре заключение в тюрьме было заменено ссылкой, во время которой М.В. Фрунзе не прекращал свою революционную деятельность.
Далее следует побег М.В. Фрунзе из ссылки. Об этом в книге «М.В. Фрунзе. Военная и политическая деятельность», изданной в 1984 году, пишется:
«За создание в селе Манзурке политической организации ссыльных, за чтение и распространение нелегальной литературы и революционную пропаганду М.В. Фрунзе и еще 13 ссыльных 31 июля 1915 г. были арестованы и направлены этапным порядком в Иркутскую губернскую тюрьму. На последней остановке, в селе Оек М.В. Фрунзе удалось бежать». Так Михаил Васильевич обрел свободу.
М.В. Фрунзе сумел добраться до Иркутска, а затем — до Читы. Он раздобыл документы на имя дворянина Владимира Григорьевича Василенко. Из Иркутска выехал в Читу и устроился разъездным агентом Забайкальского переселенческого управления. Читинский период жизни Фрунзе интересен двумя событиями. Главное — в Чите он познакомился с Софьей Алексеевной Поповой, ставшей его женой. Кроме того, там он начал серьезно интересоваться событиями, происходившими на фронтах Первой мировой войны, и начал писать статьи в газете «Забайкальское обозрение».
Но Чита, как видно, не привлекала молодого романтика. В марте 1916 года Михаил Васильевич нелегально выезжает в Москву по паспорту Павла Степановича Батурина. По пути в Первопрестольную он ненадолго заглянул и в Петроград, где посетил семью своего товарища Михаила Александровича Михайлова, знакомого еще по Пишпеку. Там мальчики вместе учились в гимназии. От родителей товарища Михаил Васильевич узнал, что год назад его школьный друг в канун призыва на действительную военную службу внезапно исчез и с тех пор числится в списках пропавших без вести. Каким-то образом ему удалось уговорить несчастных Михайловых отдать ему документы пропавшего сына.
Москва встретила приезд М.В. Фрунзе очень сурово: был ненастный, холодный день, полиция проверяла у приезжих документы, тайные шпики шныряли по всему городу, выявляя и отлавливая дезертиров, германских шпионов и революционеров.
Встречу и размещение М.В. Фрунзе и еще нескольких товарищей поручили трем сестрам Додоновым, одна из которых в то время работала в Московской городской управе и снимала две комнаты на Арбате. М.В. Фрунзе часто бывал в этой квартире, где кроме сестер проживала еще одна девушка. В такой компании Михаил Васильевич чувствовал себя прекрасно.
Одна из сестер Додоновых, Анна Андреевна, проявляла к молодому человеку особый интерес. Желая остаться с ним наедине, она увезла Михаила к матери в глухую деревню. Позже она объясняла свой поступок желанием укрыть М.В. Фрунзе от полиции, но вероятнее другое. На хуторе М.В. Фрунзе провел целый месяц. В конце декабря 1915 года он выехал на фронт.