На протяжении двух веков университеты утрачивают свой международный характер. Главной причиной этого является основание многочисленных новых университетов, имеющих все более национальное (или даже региональное) назначение.
С XIII в. по ходу испанской Реконкисты и укрепления власти иберийских монархов на полуострове рождаются учреждения, которые по своему характеру отличаются от спонтанно возникавших Болоньи, Парижа, Оксфорда, хотя иные из этих новых университетов развивались на месте уже существовавших школ. Чаще всего речь идет о совместных творениях государей и пап.
После неудачной попытки создать университет в Валенсии университет рождается в Саламанке благодаря усилиям Альфонса IX Аеонского (между 1220 и 1230 гг.). Он окончательно учреждается хартией Альфонса Х.Мудрого, который сам был знаменитым ученым, в 1254 г., и буллой папы Александра IV в 1255 г. Затем один за другим открываются университеты в Лиссабоне и Коимбре (1290), Лериде (1300), Перпиньяне (1350), Уэске (1354), Барселоне (1450), Сарагоссе (1470), Пальма де Майорке (1483), Сигуэнсе (1489), Алькале (1499), Валенсии (1500).
Начиная с XIV в., это движение достигает стран Центральной, Восточной и Северной Европы. Первым университетом Империи становится Пражский в 1347 г., созданный папой Климентом VI по просьбе императора Карла IV, отдававшего первенство своему королевству Богемии. Затем последовал Венский университет, основанный Рудольфом IV и Урбаном V в 1365 г. и заново основанный Альбертом III в 1383 г. Потом возник Эрфуртский, увидевший свет лишь в 1392 г., хотя буллы двух пап этому предшествовали, — Климента VII в 1379 и Урбана VI в 1384 гг. Затем следуют Гейдельберг (1385), Кельн (1388), Лейпциг (рожденный в 1409 г. из-за кризиса в Праге), Росток (1419), Трир (основан в 1454 г., но фактически начал действовать только в 1473 г.), Грейфсвальд (1456), Фрейбург в Брейсгау (1455-1456), Базель(1459), Ингольштадт (удостоившийся папской буллы в 1459, но организованный в 1472), Майнц (1476), Тюбинген (1476-1477). В это же время основанный в 1425 г. Лувенский университет привлекает студентов из Бургундии. Краковский университет, основанный Казимиром Великим в 1364 г., был затем открыт вновь Ладисласом Ягеллоном с помощью папы Бонифация IX в 1397-1400 гг. В Печском университете каноническое право преподается с 1367 г., в Будапеште университет основывается в 1389 г. и ненадолго расцветает к 1410 г., в Пресбурге он появляется в 1465-1467 гг. Швеция обзаводится своим университетом в Упсале в 1477 г., Дания получает свой в Копенгагене в 1478 г. Если английский ученый мир по-прежнему концентрируется вокруг Оксфорда и Кембриджа, то шотландские короли основали три университета — в Сент-Эндрю (1413), Глазго (1450-1451) и Абердине (1494).
В Италии на короткое время появляются университеты в Модене, Реджо-Эмилии, Виченце, Ареццо, Верчелли. Сиене, Триесте — нередко из-за ухода преподавателей и студентов из Болоньи и других мест. В Неаполе университет основывается Фридрихом II как орудие войны против папства; он блистал лишь в годы царствования этого монарха. Другие университеты имели значение только по мере их поддержки итальянскими князьями, желавшими возвысить с их помощью свои государства. Главным из них был Падуанский университет, основанный в 1222 г. и с 1404 г. ставший университетом Венецианской республики. В 1244 г. Иннокентий IV основывает университет при папской курии; папы старались оживить его деятельность в XIV — XV веках по мере укрепления их власти в Папской области. В Сиене университет существовал с 1246 г. и был открыт заново в 1357 г. буллой императора Карла IV, а затем вновь папой Григорием XII, даровавшим университету новые привилегии. Университет Пьяченцы, номинально основанный в 1248 г., был воскрешен Джан Галеаццо Висконти в 1398 г., чтобы стать интеллектуальным центром Миланского государства, — эту роль он передал в 1412 г. Павии, где университет появился после 1361 г. Между 1349 и 1472 гг. Флоренция играла важную роль первого центра гуманизма, но в ту эпоху Лоренцо Великолепный предпочел ей в качестве университетского центра своего государства Пизу, где университет существовал с 1343 г. Семейство Эсте возобновило в 1430 г. деятельность университета в Ферраре, основанного в 1391 г. Герцогство Пьемонт с 1405 г. имело свой университет в Турине, который изведал немало трудностей; Альфонсо Великолепный, король Арагона и Сицилии, с помощью папы Евгения IV основал университет в Катании в 1444 г.
Примером регионализации университетов может служить Франция. Помимо Парижа, Монпелье и Орлеана, родившихся из уже известных в XII в. школьных центров, помимо Анжера, история которого темна, в 1229 г. появляется университет в Тулузе, основанный, как известно, для борьбы с альбигойской ересью. История других возникших в то время университетов эфемерна или темна — зачастую они возникали из-за обстоятельств военного времени. В Авиньоне университет был основан папой Бонифацием VIII в 1303 г., но процветал он только во времена пребывания пап в этом городе. В Гренобле он открывается дофином Умбером II и прозябает с 1339 г.; в Оранже, имперском городе, университет преуспевал лишь в период между 1365 и 1475 гг. Людовик II Провансальский с 1409 г. зазывал в Экс бургундцев, провансальцев, каталонцев — согласно терминологии, применяемой для наций в Монпелье. Дольский университет, основанный Филиппом Добрым, герцогом Бургундским, с помощью папы Мартина V, исчезает в 1481 г. В Валансе университет был обязан своим существованием дофину, будущему Людовику XI; его деятельность сводилась к преподаванию права с 1452 г. Сделавшись королем, Людовик XI основал университет в своем родном Бурже в 1464 г. Герцог Бретонский в это же время создает университет в Нанте в 1460 г., который был затем открыт заново Карлом VIII в 1498 г.
Раздел Франции между англичанами и Карлом VII породил три процветавших университета: в Кане (1432) и Бордо (1441) с английской стороны; в Пуатье (1441) — с французской. Если не брать Монпелье с его медицинской специализацией, то Париж оставался главным интеллектуальным центром французских земель, равно как и тех, что находились в орбите Франции.
Это преумножение университетов, если не уничтожило, то, по крайней мере, существенно уменьшило международный характер важнейших университетов. В любом случае оно разрушило систему наций, которая ранее была столь важным элементом университетской структуры. Перл Кибр проследил это исчезновение университетских наций на протяжении XIV — XV вв [8].