Политические перемены, начавшиеся в ходе перестройки, затронули и ВВС. В первую очередь новые веяния коснулись Групп советских войск в Европе: в соответствии с соглашениями Стокгольмской конференции вводился контроль за проведением крупных военных учений. С сентября 1986 г., помимо предупреждения за 42 дня о начале учений с участием авиации, устанавливалось ограничение на её использование — не более 200 самолёто-вылетов за время учений.
Разрядка и мероприятия по снижению напряженности повлекли за собой изменения в дислокации и структуре авиационных объединений. В первую очередь это коснулось ударной авиации как наиболее грозной силы, способной нести и ядерное оружие. Бомбардировочные полки Су-24, которые могли поражать цели практически по всей европейской территории, стали выводить из стран Восточной Европы, заменяя их «менее агрессивными» истребителями-бомбардировщиками с меньшей досягаемостью и боевой нагрузкой. Обычно замена производилась «рокировкой»: на смену 727-му бап на Су-24М, перелетевшему из ЮГ в Канатово, с Украины в Дебрецена в июне — августе 1987 г. перебазировались МиГ-27Д 88-го апиб. Перед передислоцированием «кайры» были сданы в другие полки, а их убыль пополнили «дэшками». Вскоре в группировке на территории Венгрии, переформированной в 36-ю ВА, предприняли унификацию ИБА: соседний 1-й гв. апиб, базировавшийся в Кунмадараше, в 1989 г. сдав свои Су-17М2, также перешёл на МиГ-27Д, переданные из 722-го и 19-го гв. апиб. Базой для переподготовки послужил дебреценский 88-й полк. Факт замены «стрижей» на «утконосов» стал уникальным — ни в одном другом случае в ходе эксплуатации сходные по возможностям и назначению машины («шило на мыло») не меняли.
Годом спустя практику «рокировки» использовали в ЗГВ. В «духе разрядки» в 1989 г. Германию покинули оба полка Су-24. 116-й гв. бап из Бранда вывели в Белоруссию, на аэродром Лида, а оттуда в 16-ю ВА прибыл 911-й апиб на МиГ-27К, вошедший в состав 105-й адиб. 497-й бап в Гроссенхайне заменили МиГ-27М и Д соседнего 296-го апиб из Альтенбурга, куда, в свою очередь, из Белоруссии перелетели истребители МиГ-29 968-го иап. Тогда же 35-й апиб в Цербсте, летавший на МиГ-23М, получил из Шяуляя МиГ-29 и лётный состав тамошнего 53-го гв. иап и вновь стал 35-м иап (тем самым 35-й полк вернулся в истребительную авиацию, откуда в 1982 г. был передан в ИБА). Лётный состав 35-го апиб был переброшен в Шяуляй, где вошёл в состав нового 53-го гв. апиб и вскоре переучился на МиГ-27К и МиГ-27Д. Технический состав полков в ходе этой рокировки оставался на своих местах.
Часть замен диктовалась условиями Договора об обычных вооруженных силах в Европе от ноября 1988 г. Под его действие попадала и авиация на пространстве от Атлантики до Урала — боевые самолёты фронтовой авиации, средние бомбардировщики Дальней авиации, истребители ПВО, учебно-боевые самолёты и боевые вертолёты. Советскому Союзу, заявившему на переговорах общее количество боевых самолётов в 6611 единиц (в том числе ВВС — 4323 единицы), предстояло сократить их число до 5150 самолётов. В составе ВВС должны было остаться 3590 боевых самолётов (в том числе 440 — учебно-боевых), в ПВО — 1560 (60 — учебно-боевых). Превышение над установленными лимитами следовало устранить путём уничтожения машин, использования их в качестве наземной учебной матчасти или мишеней, разоружения боевых самолётов для использования в учебных целях. Всего сокращению подлежало 733 самолёта ВВС и 728 — авиации ПВО. В течение отведённых 40 месяцев ВВС предстояло разделать на металл 290 машин, 208 разоружить, 160 использовать как мишени, 15 передать в училища как наглядные пособия и 36 — в музеи. Контролировать выполнение Договора должны были группы наблюдателей, выезжавшие в части и на аэродромы.
Статьи Договора, однако, оставляли возможности для манёвра, оговаривая лимиты только для европейской части СССР и стран Восточной Европы, но не затрагивали флот и Внутренние войска МВД, что позволило сохранить часть техники и сил, передававшихся в другие рода войск (таким образом несколько танковых дивизий стали соединениями береговой обороны, а МВД обзавелось бронетанковыми частями). Другим обходным манёвром стала переброска за Урал и передислокация вглубь страны, на просторах которой они «растворялись».
В странах Восточной Европы обстановка была более «прозрачной» — контроль со стороны наблюдателей НАТО позволял им отслеживать всякое перемещение техники, состав сил и нахождение каждой машины, учитывая даже их номера. Процесс распада блока социалистических стран завершился роспуском их военной Организации Варшавского Договора 31 марта 1991 г. Ещё до официального подписания документов началась подготовка к выводу войск.
В мае 1990 г. Венгрию покинул 88-й апиб. Посетивший полк министр обороны Д. Т. Язов объявил, что часть и самолёты, которым грозит уничтожение по Договору, решили спасти, прибегнув к манёвру: из ВВС полк передавался в морскую авиацию, под ограничения не подпадавшую, для чего он перебазировался на Кольский полуостров, на аэродром Оленья. Попутно этим достигалось усиление фланговой группировки на Севере, армейская часть которой также подлежала ограничению. В авиации ВМФ полк на МиГ-27 оказался единственным, получив в порядке исключения наименование отдельный морской апиб (омапиб). Все остальные части этого рода морской авиации летали на Су-17 и Су-24 и, как устоялось с войны, именовались морскими штурмовыми авиаполками (мшап).
В 88-м полку тогда насчитывались 31 боевой МиГ-27Д и 9 спарок МиГ-23УБ. Прибыв на новое место, они оказались на совершенно неподготовленном аэродроме. В Оленьей базировались ракетоносцы Ту-22М3 Северного флота, и для гостей не нашлось ни свободных стоянок, ни средств обслуживания. Первый год службы самолёты полка провели на краю аэродромной рулёжки, потом своими силами стали обустраивать стоянки и строить помещения. Из-за предыдущего места дислокации полка на флоте его прозвали «Венгерским».
1-й гв. апиб убыл из Кунмадараша в СССР 19 апреля 1991 г. К моменту вывода в нём насчитывались 32 МиГ-27Д и 8 МиГ-23УБ. Самолёты полка «осели» в Шяуляе и Лиелварде. Расформировывая часть, её номер и гвардейский титул сохранили, присвоив 707-му инструкторскому авиаполку 1080-го центра в Лебяжьем, который стал именоваться 1-м гв. иапиб. Этот полк имел МиГ-27 типов М и Д в двух эскадрильях (1-й и 3-й).
В Европе особому контролю подвергалась наиболее мощная группировка Западной группы войск (ЗГВ — бывшая ГСВГ), тем более, что дело полным ходом шло к объединению Германии. В соответствии с межправительственным договором, уже в 1991 г. предстояло сократить численный состав и количество техники ЗГВ на четверть, в 1992 и 1993 гг. вывести еще по 30 % и полностью завершить вывод войск к 31 декабря 1994 г. Однако события понеслись вскачь: с распадом СССР само понятие «Группа советских войск» утратило смысл, и принадлежность армий оставалась неясной даже самим военным, которым приходилось довольствоваться зыбкой подчинённостью Совету СНГ. Вопрос решился Указом президента РФ от 4 марта 1992 г. о переходе под юрисдикцию России прежних советских воинских контингентов за рубежом. Соответственно изменились и маршруты вывода войск — конечными пунктами большинства частей авиагруппировки 16-й ВА стали российские аэродромы. Уже к 24 июня 1991 г. с территории Германии в Советский Союз вывезли все ядерные боеприпасы, придав ЗГВ безъядерный статус.
МиГ-27, с уходом бомбардировщиков составлявшие основу ударных сил 16-й ВА, выводились из Германии последними. Боевая учёба в ЗГВ продолжалась, хотя и со значительно меньшей интенсивностью — полигоны и базы по плану передавались германской стороне, к тому же начинал ощущаться недостаток топлива и прочего снабжения, в первую очередь шедшего на обеспечение вывода войск. Чтобы «не беспокоить» местное население, плановые ночные полёты были практически свёрнуты, а на полигоны «бросали» только практические бомбы П-50-75 и П-50Ш. Последний в 16-й ВА МиГ-27 был потерян 6 мая 1991 г., когда «дэшка» 19-го гв. апиб при выполнении как раз одного из редких ночных полётов разбилась у г. Ротгентин. Причиной аварии стало выбивание масла из двигателя из-за отказавшего клапана, после чего роторы заклинило и лётчику пришлось катапультироваться.
911-й апиб, прибывший в ЗГВ позже других, ушёл первым: сокращая зону пребывания советских войск, 22 июня 1992 г. полк перебазировали из Бранда в Финстервальде, а оттуда через две недели, 6 июля 1992 г., все его самолёты (27 МиГ-27К и 8 МиГ-23УБ) вылетели домой, в Лиду. Со второй волной вывода 22 марта 1993 г. из Гроссенхайна отправились на восток 28 МиГ-27М и 8 МиГ-23УБ 296-го апиб. Все МиГ-27М полка практически сразу же по прибытии домой были сданы на базу хранения Чебеньки под Оренбургом. В тот же день 559-й апиб, насчитывавший столько же машин, вылетел, держа курс на аэродром Морозовск на Кубани. Последними через день вывели в Россию 30 МиГ-27К и 7 МиГ-23УБ 19-го гв. апиб. Все три полка перелетели на базу хранения Чебеньки, где их матчасть и была утилизирована…
Из Чехословакии самолёты 236-го апиб ушли тремя годами раньше. Базировавшиеся в Градчанах 45 «кайр» и 10 спарок полковника Л. К. Пиллера 21 июля 1990 г. были перегнаны в Лиелварде, где вскоре полк был расформирован, а часть его самолётов вошла в состав 372-го апиб в Даугавпилсе. В свою очередь, полк из Даугавпилса отдал свои МиГ-27Д в 899-й апиб в Лиелварде, заменив ими вместе с МиГ-27К бывшего 236-го апиб уже порядком изношенные здешние МиГ-21СМТ.
Вывод войск из Монголии по межправительственному соглашению начался ещё в 1987 г., а 266-й апиб покинул Налайху в апреле 1990 г., перебазировавшись в Степь. Здесь в конце 1990 г. он, сохранив почётное наименование, был переформирован в штурмовой полк на самолётах Су-25. «Кайры» полка были переданы в местный 58-й апиб, который, в свою очередь, сдал свои МиГ-27М и Д на базу хранения. В течение года после распада СССР пришлось вывести МиГ-27 39-й адиб и из бывших «братских республик» Прибалтики.