По некоторым данным, изменения, произошедшие с бонобо в результате «самоодомашнивания», также могут объясняться изменениями в экспрессии и «расписании работы» регуляторных генов, что оказывает влияние на систему гормонов стресса. Это полностью соответствует идеям Беляева. Однако подлинная роль экспрессии генов в доместикации различных животных до сих пор остается во многом неясной. См.: F. Albert et al. “A Comparison of Brain Gene Expression Levels in Domesticated and Wild Animals”. PLOS Genetics 8 (2012); Hare et al. в статье “The Self-Domestication Hypothesis” отмечают: «В качестве альтернативы гипотезе “самоодомашнивания” можно высказать предположение, что наблюдаемые различия в поведении [шимпанзе и бонобо] возникли благодаря интенсивному отбору на агрессивность у шимпанзе, чей предок напоминал бонобо. Точно так же можно полагать, что признаки общего предка обоих видов представляли собой мозаику особенностей, свойственных нынешним шимпанзе и бонобо. Но онтогенез черепа бонобо не подтверждает эти гипотезы. Рост черепа шимпанзе происходит по модели, очень близкой к росту черепа у их более отдаленного родственника, гориллы, Gorilla gorillla… в то же время череп бонобо остается небольшим и [на протяжении жизни] сохраняет ювенильные черты, чего не наблюдается не только у шимпанзе, но и у всех других человекообразных, включая австралопитеков».