Еще в 1996 году, после подписания хасавюртовского соглашения, было ясно, что на этом конфликт на Северном Кавказе не исчерпан. В то же время существовала реальная опасность распространения идей сепаратизма и в других регионах России, прежде всего в Дагестане.
К концу 1997 года Генеральному штабу стало очевидно, что именно Дагестан станет первой республикой, которую ваххабиты попытаются отторгнуть от России для создания независимого исламского государства на Северном Кавказе.
В связи с этим в начале 1998 года из состава 22-й обрСпН в г. Каспийск убыл 411-й отдельный отряд специального назначения. Спустя несколько месяцев его сменил 173-й ооСпН.
Они меняли друг друга вплоть до августа 1999 года. Отряды вели разведку местности в районах, граничащих с Чечней, изучали систему охраны и оповещения административной границы с чеченской стороны.
Также отслеживали пути движения и реализации левых нефтепродуктов, поступавших в большом количестве из Чечни. Совместно с МВД и ФСБ выявляли каналы торговли оружием.
С началом боевых действий спецназ обеспечивал войска разведданными, вскрывая оборонительные сооружения и позиции боевиков. В первую очередь эти задачи решал 8-й ооСпН, а также рота 3-го ооСпН.
В последующем группировка спецназа была усилена сводными и отдельными отрядами, прибывшими практически из всех военных округов. Руководил их действиями командир 22-й обрСпН.
По завершении разгрома очагов сопротивления в Дагестане войска вошли в Чеченю. Отряды спецназа были в составе войсковых группировок, наступавших с различных направлений.
На начальном этапе спецназовцы вели разведку в интересах наступающих войск. Ни один общевойсковой командир не двигал свои подразделения вперед до тех пор, пока не поступало добро от командира группы специального назначения.
Именно этим, в частности, объясняются небольшие потери войск при выдвижении к Грозному. Спецназовцы принимали непосредственное участие в сборе разведывательной информации о группировке боевиков, оборонявшей Грозный. Практически вся она была вскрыта с высокой степенью достоверности.
В последующем спецназ также перешел к своей тактике поисково-засадных действий и совершения налетов на обнаруженные базы боевиков. Особенно это было характерно для предгорий и горных районов республики.
Вновь использовались досмотровые группы, действовавшие, как в Афганистане, на вертолетах. 24 октября 2000 года в ЦДРА была отмечена 50-я годовщина создания рот СпН.
За особое отличие в боях по обеспечению безопасности и целостности Российской Федерации в апреле 2001 года 22-я обрСпН получила звание гвардейской. Это первая воинская часть, которой присвоено такое почетное звание после окончания Второй мировой войны.