«Мадонна в гроте» (около 1483, Лувр, Париж) — это первое живописное произведение, в котором Леонардо раскрывается как состоявшийся мастер. Композиция была заказана для алтаря одной из капелл в миланской церкви Св. Франциска и должна была стать центральной частью триптиха. Помимо Леонардо над алтарным образом трудились еще два мастера, один из которых исполнял боковые панели с изображением ангелов, а другой — резное деревянное обрамление готового произведения.
Контракт, который Леонардо заключил с церковниками, был более чем подробный. В нем оговаривались мельчайшие детали картины вплоть до цвета одежд, стиля и техники исполнения различных элементов, от которых художник не должен был отклоняться ни на шаг. Так, на свет появилось произведение, повествующее о встрече Иисуса и Иоанна Крестителя в младенчестве. Действие происходит в глубине грота. Здесь мать и сын укрываются от преследований царя Ирода, который видел в Сыне Божьем угрозу своей власти. Сложив ладони в молитве, Креститель устремляется к Иисусу, который жестом руки благословляет его. Глядя в сторону зрителя, ангел Уриэль является молчаливым свидетелем этого таинства. Отныне он будет призван оберегать младенца Иоанна. Все четыре фигуры расположены на картине так, что, кажется, они образуют единое целое. Композицию хочется назвать «музыкальной» — столько нежности, плавности и гармонии в ее персонажах, связанных между собой жестами и взглядами.
Художнику очень непросто далась эта работа. Временные рамки были очень важны для заказчика, но, как нередко случалось с Леонардо, он не сумел в них уложиться, что повлекло за собой долгие судебные разбирательства. В результате, художнику пришлось написать еще одну, более позднюю версию этой композиции, которая хранится в Национальной Галерее Лондона и известна как «Мадонна в скалах».