Лукрецию похоронили в монастыре Корпус Домини. Сегодня она лежит под простой мраморной плитой вместе с Альфонсо и двумя их детьми, Александром и Изабеллой (последним рожденным ею ребенком, пережившей мать только на два года), а также с матерью Альфонсо, Элеонорой Арагонской. Рядом с ними могила старшего сына Лукреции и Альфонсо, герцога Эрколе II. В другой могиле лежит его дочь, внучка Лукреции, тоже Лукреция. Она умерла в монастыре, будучи монахиней, и там же покоится Элеонора д'Эсте, единственная дочь Лукреции. Она тоже стала монахиней монастыря Корпус Домини.
В 1570 году Феррару потрясло страшное землетрясение. Оно почти уничтожило красоту того города, который знала Лукреция. Ее внук, Альфонсо II. перестроил замок. В 1597 году, когда он, последний законный правитель из рода Лукреции и Альфонсо, скончался, многие церкви и дворцы все еще лежали в руинах. На следующий год папа Климент VIII изгнал из города Чезаре д'Эсте, внебрачного внука Альфонсо (после смерти Лукреции герцог взял себе в любовницы Лауру Дьянти). Клименту VIII удалось сделать то, чего не получилось у понтификов Юлия II и Льва X. Чезаре удалился в Модену с тем, что осталось от наследия Эсте. Папский легат, кардинал Альдобрандини. забрал сокровища Альфонсо I — картины Тициана — и увез их в Рим.
Феррара, бывшая одним из самых блестящих дворов Европы XV и XVI веков, впала в апатию и стала бледной тенью самой себя. Тем не менее Феррара сохранила романтический флер. Джеймс Босуэлл увидел «прекрасные руины великого города». В 1846 году Диккенс писал о притягательности длинных молчаливых улиц, полуразрушенных дворцов со стенами, обвитыми виноградником, напомнившим ему приспущенные знамена. Габриэле д'Аннунцио назвал Феррару «городом безмолвия». Об Эсте, увы, уже не вспоминают.