В результате отхода наших войск на сухопутных фронтах корабли, в том числе и подводные лодки, были вынуждены покинуть такие важные и оборудованные военно-морские базы, как Либава, Рига, Таллин и обосноваться в блокированном Ленинграде.
В городе не хватало продовольствия и топлива, был остановлен транспорт, не работал водопровод. Почти все судоремонтные заводы были эвакуированы вместе с рабочими и инженерно-техническим персоналом, поэтому очередной плановый ремонт и осмотр «Щ-309» предстояло произвести ее личному составу. Для технической консультации по ремонтным работам была привлечена небольшая группа рабочих и инженеров, но по состоянию здоровья эти люди уже не могли работать. Экипаж лодки окружил вниманием и заботой специалистов-судостроителей. Сами систематически недоедавшие, моряки делились с ними своим скудным пайком, стремясь сохранить ценнейшие кадры рабочих и инженеров.
20 февраля 1942 года на лодку пришло письмо от К. Ф. Терлецкого — одного из первых советских инженеров — специалистов подводного судостроения. Широко технически эрудированный, обладавший огромным производственным опытом, Константин Филиппович умел глубоко вникать во все нужды подводников. Терлецкий писал:
„Дорогие товарищи!
То, что я сейчас пишу вам, и то, что я дожил до сегодняшнего дня, — в значительной степени обязан вашей поддержке мне. Вы мне оказали большую помощь в один из критических моментов моей жизни, за что вам очень благодарен. Вас заботит вопрос о гребных винтах? Я для вашего корабля уже приготовил пару совершенно новых гребных винтов.
Поздравляю вас с наступающей годовщиной Красной Армии и Военно-Морского Флота и выражаю твердую надежду, что в 1942 году буду иметь возможность крепко пожать ваши руки и поздравить всех Вас с победным походом».
Несмотря на недоедание, бомбежки и артиллерийские обстрелы, матросы и офицеры готовили лодку к предстоящим походам, добиваясь самого высокого качества ремонта. Каждый подводник знал, что малейший недосмотр, незначительная оплошность при ремонте могут привести к невыполнению боевого задания и даже к гибели корабля.
Экипаж «Щ-309» еще в мирное время накопил опыт самостоятельного ремонта, но в условиях блокированного Ленинграда этого опыта было недостаточно. Требовалась большая изобретательность, чтобы достать или изготовить необходимые для ремонта запасные части и материалы. В этом отношении большое мастерство проявил личный состав электромеханической боевой части, возглавляемый теперь уже инженер-капитан-лейтенантом Аверьяновым.
В январе 1942 года старший политрук Заикин получил назначение в другую воинскую часть, и на лодку прибыл новый военный комиссар старший политрук Самуил Зиновьевич Кацнельсон. С первых же его шагов личный состав распознал в старшем политруке знающего подводника, умелого политработника и чуткого товарища.
Все работы на корабле повседневно находились в поле зрения партийной и комсомольской организаций. Коммунисты и комсомольцы взяли на себя обязательства по досрочному окончанию ремонта. Командиры боевых частей и старшины групп ежедневно подводили итоги сделанному. Группы обменивались опытом. Достижения передовиков становились известными всему экипажу — за этим внимательно следил секретарь партийной организации «Щ-309» Блажугин. Ценные рационализаторские предложения значительно ускоряли ремонт и улучшали его качество.
Хорошо организованная партийно-политическая работа обеспечила четкое выполнение заданий матросами и старшинами, способствовала повышению производительности труда, досрочному окончанию ремонтных работ. Экипаж лодки систематически выполнял план работ на 150–200 %, а группа мичмана Павленко — на 240 %.
За отличное проведение доковых работ мичман Павлюков и старший краснофлотец Давыдов были отмечены правительственными наградами; старшины Фокин, Блажугин, Павленко, Фомин, Савицкий, Анишин и матросы Зотов, Антонов и Бутаров получили грамоты Военного совета Краснознаменного Балтийского флота и Наркома Военно-Морского Флота.
Нередко экипаж «Щ-309» прекращал свои работы и оказывал помощь заводам, фабрикам и мастерским, которые подвергались систематическим налетам вражеской авиации и артиллерийскому обстрелу. Откликнулся экипаж лодки и на призыв исполкома Ленинградского совета об очистке города в целях предотвращения эпидемических заболеваний. В первом воскреснике по восстановлению трамвайного движения в городе принял участие весь личный состав лодки.
В дни блокады сложились поистине дружеские отношения между офицерами, старшинами и матросами «Щ-309» и рабочими и служащими фабрики «Красный треугольник», табачной фабрики имени Урицкого и другими предприятиями.
Не упускали подводники времени и для совершенствования боевого мастерства. Для занятий, учений и тренировок использовалась буквально каждая минута. Не одну сотню «нырков» под воду пришлось сделать на Неве, чтобы довести действия личного состава до автоматизма.
Все на лодке было целеустремлено на то, чтобы возможно скорее и лучше подготовиться к предстоящим боевым походам.