Успешно выполнив задачи боевой подготовки, «Щ-309» направилась из Рижского залива в Таллин, где должна была стать на плановый ремонт. На переходе экипаж лодки удивляло необычно оживленное движение иностранных судов, направлявшихся большей частью в сторону Финляндии. На их палубах можно было различить тщательно укрытые брезентом танки, автомашины и другие военные грузы. С небольших парусных шхун, вооруженных пулеметами, открыто фотографировали советские корабли. Иногда появлялись фашистские самолеты, которые углублялись в наше воздушное пространство на 10–15 километров.
Никто из экипажа «Щ-309» и не предполагал, что совершает последнее мирное плавание. Удовлетворенные результатами учения, одни надеялись получить краткосрочные отпуска и побывать дома, другие — отдохнуть в базе. Поэтому, когда лодка в ночь на 22 июня 1941 года стала на якорь на Таллинском рейде, ни у кого из личного состава даже не возник вопрос, почему после довольно длительного похода лодку не пустили к постоянному месту стоянки в Купеческой гавани.
Прошло не более двух часов, и по кораблю молниеносно разнеслась весть: фашистская Германия вероломно напала на Советский Союз. Началась Великая Отечественная война.
В первые же дни войны противник пытался ударами авиации, постановкой минных полей, действиями на наших коммуникациях полностью парализовать боевую активность Краснознаменного Балтийского флота, запереть в базах и уничтожить его корабли. Уже через несколько часов после начала войны некоторые корабли нашего флота были атакованы с воздуха, а другие получили повреждения, подорвавшись на вражеских минах.
Как только стало известно о вероломном нападении немецко-фашистских войск, подводные лодки 2-й бригады, как и другие корабли флота, были приведены в повышенную боевую готовность. Выступившие на митинге бойцы, командиры и политработники бригады, заверили Коммунистическую партию и Советское правительство о готовности драться с коварным врагом до полного его уничтожения.
Вечером 23 июня 1941 года «Щ-309» одновременно с другими лодками 6-го дивизиона вышла из Таллина в боевой поход. Подводные лодки конвоировали сторожевой корабль «Буря» и два малых охотника. Хотя не удалось провести запланированный ремонт, экипаж «Щ-309» сделал все, чтобы быстрее и лучше подготовиться к выходу в море. Не удалось лишь сменить аккумуляторную батарею, малая емкость которой усложняла действия лодки в условиях белых ночей. Это обстоятельство требовало экономного расходования электроэнергии, чтобы ее хватило на поиски и атаки кораблей противника.
Белые ночи, красотой которых невозможно не восхищаться в мирное время, в условиях войны крайне усложняют действия подводной лодки. Находиться долгое время в надводном положении нельзя без риска быть обнаруженным врагом. Между тем производить зарядку аккумуляторных батарей можно только в надводном положении. Обстановка определяла необходимость высокой организации использования энергоресурсов, воздуха высокого давления и других запасов, готовности в случае необходимости к длительному пребыванию в подводном положении.
Первая встреча с противником произошла почти в самом начале перехода подводной лодки в район боевых действий. На рассвете 25 июня на выходе из пролива Соэлавэйн лейтенант Богданов обнаружил летевшие низко немецкие самолеты. Лодка скрылась под водой, не замеченная, очевидно, самолетами.
В этот же день «Щ-309» заняла отведенный ей район и приступила к поиску кораблей противника. Днем она находилась под водой, время от времени всплывая на перископную глубину, и командир осматривал водную поверхность и воздушное пространство.
Около 14 часов 30 июня у опушки финских шхер был обнаружен транспорт противника, стоявший на якоре. Однако командир лодки переоценил возможности противолодочной обороны противника и от атаки отказался. 2 июля Тращенко обнаружил в перископ транспорт водоизмещением 1500–2000 тонн. Все замерли на своих боевых постах, ожидая дальнейших приказаний. Последовала команда «Приготовить торпедные аппараты к выстрелу», но торпедисты допустили ошибку, заполнив забортной водой кольцевые зазоры, тогда как для этого следовало использовать воду из специальной торпедо-заместительной цистерны. К тому же и боцман Пронин не смог удержать лодку на заданной глубине, и она выскакивала на глубину в 2,5 метра, показывая противнику надстройку. Боцман вовремя не исправил ошибку торпедистов, и лодка, потеряв плавучесть, с небольшим дифферентом на нос ушла на глубину. В обоих случаях сказалось отсутствие опыта стрельбы боевыми торпедами. Когда «Щ-309» снова всплыла на перископную глубину, транспорт укрылся в шхерах.
10 июля «Щ-309» получила приказание возвратиться в базу. Командование бригады признало действия экипажа в этом походе неудовлетворительными. На собрании личного состава были подведены итоги боевого похода, всесторонне разобраны допущенные ошибки. Бурным было это собрание. Коммунисты и комсомольцы дали принципиальную оценку действиям корабля и определили путь к успешному выполнению боевых задач в дальнейшем. Кратко этот путь определялся так: учиться воевать.
Преодолеть недостатки помогли экипажу лодки и боевые друзья. Экипажи возвратившихся из боевых походов «Щ-310» и «Щ-311» поделились опытом. В каюте командира лодки побывали командиры других подводных лодок соединения — Яроше-вич, Сидоренко, Травкин, Осипов, Вишневский, Иванцов, Момот, Афанасьев и другие. Они рассказывали об обстановке, складывавшейся в районе их позиций, о своих действиях и действиях экипажей. Часто возникали споры, помогавшие определить правильные тактические приемы борьбы с врагом. Но все сходились на одном: основное условие, которое обеспечивает успех в бою — личный пример командира, его инициатива, решительность, выносливость, умение мобилизовать в нужный момент личный состав на выполнение поставленной задачи. Просты и предельно ясны отношения людей на войне. Взаимная честность — основной закон дружбы, подвига. Если подчиненные видят, как действует их командир, как он отдается порученному делу, они равняются по нему, в труднейших условиях стараются быть достойными его…
Работа подводника опасна, иногда мелочи могут привести к срыву решения боевой задачи и даже к гибели корабля. В подводном плавании мелочей нет. Все на лодке важно. Поэтому каждый подводник, и прежде всего командир подводной лодки, должны строго следить за соблюдением организации службы на корабле, не отступая даже в малом.
Многому научил в те дни личный состав «Щ-309» командир дивизиона Григорий Алексеевич Гольдберг — высококвалифицированный подводник, бывалый моряк, требовательный начальник, уважаемый всеми товарищ. Многих, ныне прославленных подводников — Травкина, Афанасьева, Осипова и других, делавших тогда только первые шаги, выводил в море Гольдберг.
«Щ-309» готовилась к новым походам.