Побег из Уханя

RBM и панголины

Юрий Дейгин отмечает еще одно обстоятельство — настолько странное, что я даже колебалась, включать ли его в эту статью. В отличие от двойного кодона CGG, оно теоретически может быть результатом конвергентной эволюции, и, кроме того, оно могло произойти из-за контаминации проб. Но меня терзают смутные подозрения, что именно эта странная история может быть ключом ко всему.

Дело вот в чем.

В самом начале эпидемии, как мы помним, появились предположения, что промежуточным хозяином вируса могли быть панголины — удивительно красивые и неповоротливые родственники муравьедов, сплошь покрытые чешуей.

Впоследствии эту гипотезу пришлось оставить. Не кто иной, как д-р Дашек облазил всю Малайзию и заключил, что никаких ковидоподобных вирусов у тамошних панголинов нет.

Откуда же появилась история про панголина?

Она родилась отнюдь не на пустом месте. Дело в том, что в марте-декабре 2019 года за тысячу километров от Уханя, в провинции Гуандун, китайская таможня перехватила несколько партий контрабандных панголинов.

Бедные зверушки, которых контрабандисты перевозили в тесных клетках, перезаразились друг от друга и не смогли оправиться — хирели, чихали и погибали, несмотря на весь оказанный зоозащитниками уход. Всего погибло четыре китайских и 25 малайских панголинов.

Так вот — часть вируса, которым болели малайские (именно малайские) панголины, перехваченные в марте (именно в марте), обладала практически 100-процентным, неимоверным сходством, но не со всем SARS2, а только с небольшой его частью. А именно — с группой из 77 аминокислот, которые называются RBM — receptor binding motif, мотив связывания рецептора.

Если S-белок можно сравнить со связкой ключей, которая влезает в человеческий рецептор ACE2, то сам ключ, то есть, собственно, то самое, чем вирус цепляется, называется receptor binding domain, или RBD — домен связывания с рецептором. А Receptor Binding Motif — это, если угодно, бороздки ключа.

И вот эта бороздка ключа, состоящая из 77 аминокислот, у вируса малайских панголинов, конфискованных в Гуандуне, и у SARS2 совпадает.

Или, точнее, отличался от SARS2 всего на одну аминокислоту.

А вот все остальные части панголиньего вируса отличались от SARS2 чрезвычайно!

Конечно, это снова можно объяснить естественной эволюцией. Но как бы вам это сказать? Если вы видите человека с деревянной ногой, то, конечно, вы вправе предположить, что эволюция движется неисповедимыми путями и в древности у человека и дерева был какой-то общий предок, у которого одна нога была обычная, а другая — деревянная.

Но можно также предположить, что деревянная нога имеет искусственное происхождение. Эта гипотеза тоже отвечает наблюдаемым фактам.

Панголины-то, напомню, были из Малайзии. А вирус RaTG13, с которым они скрестились, был из Юннани. Логично предположить, что самое вероятное место, в котором бета-коронавирус малайского панголина и бета-коронавирус юннаньской летучей мыши могли встретиться и обменяться генетическим материалом, — лабораторный стол в Ухане.

Благо в своих статьях д-р Ши именно что описывала очень похожие манипуляции. Еще в 2007 году она заменяла RBD одного из коронавирусов летучей мыши на RBD SARS1 в рамках gain of function.

Почему я говорю об этой истории с оговоркой? По двум причинам. Во-первых, панголиний RBM был секвенирован не очень качественно. «Этот вирус вытащен всего из трех проб, и только девять ридов приходятся на этот RBM», — поясняет Дейгин. Во-вторых, история про полностью заимствованный у панголина RBM интуитивно противоречит утверждению о том, что S-белок SARS2 оптимизирован под поражение человеческих ACE2. Если RBM был взят у панголиньего вируса, почему он потом не менялся, когда его «пропассеровали» в гуманизированных мышах?

Один из ответов заключается в том, что он все-таки чуть-чуть менялся.

«Он поменялся на одну аминокислоту, — напоминает Юрий Дейгин, — и, кроме того, в нем произошло довольно много замен нуклеотидов, то есть букв, обозначающих аминокислоту. Сами аминокислоты не менялись».

Такие замены являются генетически нейтральными и как раз могли легко произойти при прохождении через гуманизированных мышей. Сейчас S-белок SARS2 лучше всех поражает ACE2 человека. На втором месте с небольшим отрывом — панголин.