В Германии баптистам их противники дали имя анабаптистов. Господствующая религиозная партия клеймила этим названием всех своих противников, хотя многие из них и не отвергали крещения младенцев. По доктору Келлеру, в Германии постепенно появились на сцене три главных рода анабаптистов, и притом в три эпохи, при различных вождях. В период 1525 — 1530 годов в качестве руководящих умов выступили Бальтасар Губмайер и Иоган Денк, которые в обширном размере направляли все движение в последующих затем пяти годах с 1530 по 1535.
По взятии Мюнстера бывшим епископом этого города Менно Симон (1492 — 1599) приобрел преобладающее влияние на прочих так называемых перекрещенцев.
Крестьянская война и устроение Иоанном Лейденским в Мюнстере тысячелетнего царства подали повод врагам баптистов взвалить всю ответственность за эти события на них, хотя анабаптисты всегда были против всякого насилия, и участие в движении нескольких лиц, не разделявших воззрений массы своих единомышленников и позволявших себе заботиться мечом об улучшении гражданской и церковной жизни, не может быть поставлено в вину всему обществу.
После этих событий все вожди их как бы были сметены с лица земли. Гонения достигли своей цели, и в XVII столетии анабаптисты исчезли из истории Германии.